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地方經常遇到這樣的案例：申請人以登記原始資料缺少公告、權屬來源等材料為由，認為不動產登記簿記載的權利人錯誤，要求登記機構撤銷登記。申請人可能提供，也可能無法提供相關的權屬來源證明，僅有親屬關係等繼承關係證明。很多時候登記發生在多年以前，甚至超過20年最長訴訟時效。由於檔案保存等原因，登記機構難以按照複議機關或法院要求提供當時登記合法性的依據材料，可能被認為登記不合法而要求撤銷登記。不動產登記相關法律法規及操作規範沒有撤銷登記的規定，《不動產登記暫行條例實施細則釋義》認為可以按照更正登記的程序來做撤銷登記。筆者認為，更正登記和撤銷登記的情形完全不同，發生原因也不相同，難以適用。撤銷登記並非登記類型，從性質上看是對錯誤行政行為的糾正，《不動產登記法》應對此予以明確，限制登記機構擅自撤銷登記，也要對法院由於登記瑕疵導致的登記錯誤予以撤銷登記予以限制，只有在登記原因無效、不存在及違反法律、行政法規規定的情況下方可予以撤銷登記。
一、已經登記的不動產權利不得擅自撤銷
目前不動產登記相關法律沒有撤銷登記的規定，由於物權變動的效力是申請加登記的行為，申請人常認為不動產登記是登記機構所為，所以登記機構也可以撤銷登記，很多登記機構也有這樣的迷思。最高法院江必新副院長在2016年國土資源系統的一次視頻講座中提到，登記機構的登記行為是基於申請人提交的申請材料，是一種程序性的行政行為。不能因為法律將登記作為物權變動的生效要件，而錯誤地認為財產權是登記機關賦予的。物權變動的原因是當事人之間的實質法律關係，登記是因法律的規定成為物權變動的要件，但對物權變動的內容並沒有決定權。不動產登記機構作出不動產登記的行政行為後，即具有確定力及執行力，併發生權利推定效力，原登記機構也應受其約束，不得未經必要的程序就撤銷登記。這是行政法上信賴保護原則即“禁止反言”的具體應用，籍以維護政府行政行為的公信力，並保護善意相對人。
所謂權利推定效力，即不動產物權登記推定真實的效力，是不動產登記的核心效力，在依法律行為發生物權變動的情形，只有登記了才能發生物權變動的效力。不經登記，法律不認為發生了物權變動。除非有相反證據證明，法律推定記載於不動產登記簿的人是該不動產的權利人。推定意味著立法者以一定的事實（推定基礎）直接推導出另外一個特定的法律要件（法律效果）。不動產登記簿的推定力是一種權利推定而非事實推定。一般而言與事實推定相同，可以通過反證推翻。但登記的推定力是基於非訟事件的權利推定，必須依法律程序比如更正登記或者民事訴訟程序更正，不能直接推翻其登記推定力。
雖然不動產登記是行政行為，因其牽涉到相對人的權利，法院也不能僅因為登記行為存在程序上的瑕疵而撤銷登記。最高法行申（2017）181號判決認為，房屋行政登記是對房屋所有權轉移、變更等物權變動的確認，登記程序存在瑕疵，但雙方存在轉移登記的真實意思表示，不應撤銷該頒證行為。在 “易A等三人訴漵浦縣人民政府、懷化市人民政府土地行政登記糾紛案”中，最高人民法院認為，頒證程序雖然存在一定瑕疵，但該瑕疵不構成嚴重程序違法，在沒有證據證明該瑕疵是不能補正的情形下，撤銷頒證的行政行為法律依據不足。登記機構行政行為的瑕疵不影響物權登記的效力。
二、行政機關只能以撤銷行政行為的方式撤銷登記
我國物權法採取債權形式主義立法模式，沒有承認物權行為的無因性，物權行為（即申請登記行為）與作為原因行為的債權行為（即合同）或權屬來源證明文件同一命運，因此只有登記原因行為無效、意思表示不存在或無效的情形才能導致登記無效，法院及行政機關方可予以撤銷登記。
原國土資源部《不動產登記操作規範（試行）》並未將撤銷登記作為獨立的登記類型。《國土資源部辦公廳關於辦理不動產登記類行政複議案件有關問題的通知（試行）》認為複議決定可以對登記行為予以撤銷登記，應該是考慮到目前登記機構的能力和業務水平。由於登記機構沒有司法認定的權力，無法審查和認定登記原因行為是否具有無效或可撤銷的事實，其審查缺乏職權上的依據。登記機構可以依據法院認定登記原因行為無效或撤銷的判決書予以撤銷登記，不宜由登記中心直接予以撤銷登記。
但是往往會遇到相對人因訴訟時效屆滿或不願向法院訴訟直接向登記機構申請撤銷登記的情形。不動產登記作為一個行政行為，如果有瑕疵，是可以通過撤銷的方式予以糾正。對於違法或不當的行政行為以及由於事實和法律變遷而不宜存續的行政行為，屬於行政機關自我糾錯的權力和職責。自我糾錯的價值在於減少或者避免行政爭議的產生，儘早結束行政行為效力的不確定狀態，維護行政法律關係的穩定，增強公眾對行政機關的認同和信賴。但是不動產登記具有特殊性，基於保護行政相對人的合理信賴利益和減少行政爭議產生的考量，行政機關應當採取足夠審慎的態度，只有在該行政行為的瑕疵足以影響到實質處理結果時，才採用撤銷的方式進行糾錯。筆者認為，登記機構可以以重新作出行政行為的方式自我糾錯，即經過調查、詢問等程序，發現確實存在登記原因無效、不存在等情況的，確實需要撤銷登記的，應告知登記簿上的名義權利人聽證的權利，由登記機構作出撤銷登記的行政決定，登記中心予以撤銷登記。（2018）最高法行再97號判決書認為，雖然現行法律對於行政註銷行為相關程序規定中，沒有必須舉行聽證的具體要求，但行政機關實施具體行政行為時仍應遵循程序正當原則，充分保障行政相對人的知情權、申辯權。國土局未實際進行聽證即將相對人所持國有土地使用證公告廢止，程序失當。可做參考
三、不動產登記法應明確撤銷登記的情形和程序
不動產統一登記後，各地常有相對人對若干年前的不動產登記發證行為提出行政訴訟申請撤銷登記，很多申請已過20年的訴訟時效，法院不受理，直接找到登記機構信訪或複議。我國的不動產登記制度是不斷完善的，由於歷史原因，90年代的不動產登記一般都是首次登記，帶有確權的性質，可能存在程序上的瑕疵，但不能以現在的程序和法規來要求當年的不動產登記。比如在農村土地登記中，很多時候直接越過父母的首次登記，將土地房屋直接登記到各個子女名字，一般當時都有分家析產的約定，權利人的具結和村委會的證明，可信度較高。20多年過去，另一子女提出自己也是法定繼承人但是沒有記載在登記簿上，要求撤銷登記。從登記簿的效力看，僅僅根據繼承關係就提出登記錯誤是不夠的，權利推定未經法定程序如法院判決或行政撤銷決定，登記機構不能擅自推翻原登記結果並撤銷登記。法諺有云，法律不保護在權利上睡大覺的。何況經過20多年和平和連續的佔有，即使登記簿名義權利人沒有實際權利，在法理上已經滿足取得時效的要件，撤銷登記要慎之又慎，儘量不開先例破壞穩定的法律秩序，否則類似的案件將如洪水般淹沒不動產登記機構。
《不動產登記法》制定在即，建議應明確規定不動產登記簿的權利推定效力，並規範撤銷登記的情形及程序。可參考原《房屋登記辦法》的規定，將司法機關、行政機關、仲裁委員會發生法律效力的文件證明當事人以隱瞞真實情況、提交虛假材料等作為撤銷登記的情形。這可以看做是依囑託撤銷登記。對是否賦予登記機構自我糾正及撤銷登記的權力，應斟酌法律對登記人員的能力、審查標準、賠償責任等方面的規定確定，嚴格限定登記機構依職權主動對不動產登記簿記載予以撤銷的情形和程序，可以考慮將撤銷登記的權限上收一級，或只能由行政複議方式方可作出。