企業開展稅務籌劃應以合法性為前提，但是伴隨“金三”的全面上線和不斷優化，稅務籌劃外在的“合理性”風險凸顯，也應引起企業的關注。“金稅三期”在本質上是一個大數據信息系統，從政府角度可以提升監管、服務的效率，從企業角度則意味著在稅務機關面前更加“透明化”，不斷優化升級的“金三”無疑將對企業的財務、稅務管理帶來前所未有的挑戰。
“金三”監控什麼？
“金三”不僅覆蓋全稅種，涉稅信息收集也更加全面，而且企業的財務系統都會留有金稅三期的接口，稅務機關可以通過對財務、稅務數據的比對，可以發現企業涉稅“異常”事項。典型的如：
1、開具發票的時候進銷項的品名是否嚴重背離;
2、個稅、企業所得稅工資薪金支出、社保費繳費基數等是否匹配；
3、企業當年的所得稅貢獻率是否大大低於本行業當年所得稅貢獻率;
4、企業的成本費用變動是否與銷售收入同比例變動一致；
5、企業的應納稅額情況是否與營業收入同比例變動一致；
6、企業的增值稅發票增量、使用量情況是否與往期存在異常;
7、企業的稅負變動是否與上期存在變動異常;
8、企業的期末存貨與增值稅留抵稅額是否做到匹配;
9、商貿企業一定時期內進項銷項稅率是否異常;
10、企業的進項稅額變動率是否大大高於銷項稅額變動率，等等。
如何把握稅務籌劃的“合理性”？
實踐中，許多過激的稅務籌劃方案因缺少合理性，未能獲得稅務機關認可而最終失敗。這裡的“合理性”可以從內在和外在兩個層面去理解：
1、合理商業目的（內在）
何為缺少合理商業目的，《企業所得稅法實施條例》第一百二十條的界定為“以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的”，《一般反避稅管理辦法（試行）》給出的標準有二：（一）以獲取稅收利益為唯一目的或者主要目的；（二）以形式符合稅法規定、但與其經濟實質不符的方式獲取稅收利益。然而，由於稅法對“合理商業目的”界定的抽象性決定了其在實操中價值非常有限。
2、實際稅負率（外在）
與“合理商業目的”的判斷相比較，一個更具有實際價值的指標是企業的實際稅負率，如果企業（或一項業務）的實際稅負率觸碰了稅務機關設定的警戒線，將會引發稅務機關的高度關注。由於財務數據是企業經營活動的全面記錄，也是企業納稅申報重要的依據，通常而言，財務數據和納稅信息具有很高的一致性。企業納稅申報信息與財務數據信息的明顯不匹配，將會直接引起稅務機關的注意。典型的如，高利潤房地產項目，土增稅納稅申報額卻很低。具體而言，企業的稅負率，又可以分為橫向和縱向兩個方向：
（1）橫向稅負率。也即，企業與同行業相比較，稅負率過低，作為參照標準，行業稅負率一般為稅務機關根據統計樣本計算得出的平均稅負率，對於行業納稅情況具有很高的參考性，並據此設置稅負警戒線。
（2）縱向稅負率。也即企業同自身以往經營期間（或可比業務類型）比較，稅負率過低，與橫向稅負率相比，縱向可能更容易引發稅務機關的關注。
“合法、不合理”稅務機關會納稅調整麼？
需要說明的是，稅務籌劃的開展應該以合法性為前提，“合理性”因素並不是稅務籌劃的必要條件，實際稅負率的高低，應以經營業務和稅法規定為準，稅務機關不得隨意進行納稅調整。
但是，實務中，也有不同的認識和做法。在最高院再審廣東德發公司訴廣州市地方稅務局第一稽查局一案中，最高院在判決書中雖承認“對於一個明顯偏低的計稅依據，並不必然需要稅務機關重新核定；尤其是該計稅依據是通過拍賣方式形成時，稅務機關一般應予認可和尊重，不宜輕易啟動核定程序，以行政認定取代市場競爭形成的計稅依據”，但最終還是認為：“拍賣行為的效力與應納稅款核定權，分別受民事法律規範和行政法律規範調整，拍賣行為有效並不意味稅務機關不能行使應納稅額核定權，另行核定應納稅額也並非否定拍賣行為的有效性。保障國家稅收的足額徵收是稅務機關的基本職責，稅務機關對作為計稅依據的交易價格採取嚴格的判斷標準符合稅收徵管法的目的。如果不考慮案件實際，一律要求稅務機關必須以拍賣成交價格作為計稅依據，則既可能造成以當事人意思自治為名排除稅務機關的核定權，還可能因市場競價不充分導致拍賣價格明顯偏低而造成國家稅收流失。因此，有效的拍賣行為並不能絕對地排除稅務機關的應納稅額核定權，但稅務機關行使核定權時仍應有嚴格限定。”