第一種說法：
曹操聽說華佗醫術精湛，就把他叫到許昌為自己看頭風病。曹操的頭風病被華佗使用針刺治療後有所好轉。後來，隨著政務和軍務繁忙，曹操的頭風加重，便想讓華佗專門給自己治療頭風。華佗不願意，就藉口說自己的妻子有病，告假回家了。曹操很憤怒，讓人去華佗家調查，並囑咐去查探的人?如果華佗的妻子真的有病，就送他小豆四十斛，如果沒有，就把他逮過來治罪。
據說華佗被逮過來後，曹操並沒有治他的罪，而是繼續讓他看病。華佗對曹操說：你的病在短時期內很難徹底治好，長期內也只是延續生命而已;如果你想徹底治好，我可以給你使用一些“麻沸散”，把你的腦部麻醉，然後用斧子砍開你的腦袋，取出“風誕”，只有這樣才能徹底為你去掉病根。這樣的話在原本就多疑的曹操聽來，簡直是荒唐可怕至極!他以為華佗是想為關羽報仇，所以藉機殺自己，便惱羞成怒地將華佗給殺死了。
第二種說法：
華佗身處東漢末期，作為一個醫生，他的社會地位很低。雖然因為醫術高明而時常為達官貴族治病能出入上流社會，但這改變不了他自身卑微的事實，《三國志》記載他“然本作士人，以醫見業，意常自悔”，《後漢書》說他“為人性惡，難得意”。原來華佗是不甘於貧賤的，他也想飛黃騰達、出人頭地。
機會來了。曹操請他給自己治病，華佗本來是很想抓住這次機會的，通過為曹操治病，讓他給自己加官進爵。曹操識破了華佗的居心，他說：華佗能治好我的病，他為我治病，想借此抬高自己的身價(“佗能愈此。小人養吾病，欲以自重”)。所以曹操仍然用對待醫生的態度對待華佗，並沒有滿足他的要求。
所以後來把華佗給殺了。
一切都是臆測，真正歷史只有當事人知道，是怎麼回事。我們用旁觀者的身份看待歷史，但是我們也需要正視歷史問題，或許那就在我們的身邊發生著。
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