按照發票管理辦法的規定，存根聯是發票基本聯次的第一聯，納稅人申領發票並開具後，需要將存根聯留存備查。

隨著稅收優惠政策的不斷推進，使用發票的納稅人越來越多，但是很多人對發票的使用和保管要求還不太瞭解。特別是對稅控開具的發票，認為發票是加密開具的，信息也傳遞給了稅務局，剩下的紙質發票聯無所謂了。特別是普通發票的存根聯，有的納稅人就不太注意保管，認為記賬用不到它，就隨意擺放，甚至有丟失的情況發生，其實這種認識是不對的。

按照發票管理辦法規定，申領發票的納稅人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自銷燬，已經開具的發票存根聯，應當保存5年，保存期滿後，報經稅務機關查驗後銷燬。

所以納稅人平時對開票後的存根聯還是要妥善保管的，不然就會被稅務局處罰的。如果累積的發票存根聯比較多，並且超過5年，可以向稅務機關申請銷燬。具體操作方法各地略有不同，但應該履行的程序必須包括

1. 自行歸類整理並對需要銷燬的發票存根聯進行造冊登記。
   

2. 填寫 銷燬審批表 ，並向主管稅務機關申請銷燬。
   

3. 在稅務機關同意後，一般是將需要銷燬的發票存根聯到指定的造紙廠銷燬（現在一般不讓燒燬了），並做好現場記錄，如照片、視頻等備查。
   

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會計管理辦法裡規定，存根必須保留5年，下面就是管理辦法的規定：

一、根據《會計檔案管理辦法》的規定，原始憑證的會計檔案保管期限是十五年。

二、會計檔案保管期限：

1、會計憑證類15年:包括原始憑證、記賬憑證、彙總憑證。

2、會計賬簿類：日記賬 15年、現金日記賬和銀行存款日記賬25年 、明細賬15年 、總賬 包括日記總賬15年。

3、財務報告類：月、季度財務報告3年、年度財務報告 永久。

4、會計移交清冊15年、會計檔案保管清冊 永久、會計檔案銷燬清冊 永久、銀行存款餘額調節表5年、銀行對賬單 5年。