《九陰真經》和《九陽真經》（又稱《九陽神功》）兩部武功祕籍都屬於金庸小說中的武功絕學，學會任何一種都可以獨步武林，如果這兩部武學祕籍比較的話，會怎麼樣呢？
《九陰真經》在射鵰三部曲（《射鵰英雄傳》、《神鵰俠侶》、《倚天屠龍記》）中都有出現，其中在《射鵰英雄》傳中只有《九陰真經》，《神鵰俠侶》中也是以《九陰真經》為主，只在末尾提到了《九陽神功》，書中基本完全可以忽視它的存在。但是在《倚天屠龍記》中，卻改成了《九陽神功》為主，大部分時間中《九陰真經》一直被封存於倚天劍中，只在最後周芷若取出學習了它。
這兩部武學祕籍都有哪些不同呢？就其特徵而言，《九陰真經》是一部武學的典籍，裡面包羅萬象，既有內功心法，也有武學技藝，既有療傷方法，也有臨敵陣法，既可以速成，也可以長期練習，裡面的九陰白骨爪，鬼口陰風吼，摧心掌等等，練成後都可以作為一種武學技能而縱橫江湖。
但是《九陽真經》卻偏向於內功心法，雖然《九陰真經》上的內功心法已經非常厲害，但是九陽神功應該有所勝出，這主要是在於《九陽真經》是在借鑑了《九陰真經》的基礎上創作而成的，所以在《倚天屠龍記》中，張無忌練會九陽神功後如同開掛了一般，有了九陽神功作基礎，天下的武學皆可運用，就連乾坤大挪移也是易如反掌。
但是《九陽真經》在武學技能上所下的筆墨較少，所以它不強調攻擊技法，卻非常強調內功修為、防禦力和療傷恢復能力，比如張無忌能在防守的時候就能震死滅絕師太，被倚天劍刺個洞也能很快恢復，雖然《九陰真經》的療傷能力也很強，比如郭靖和黃蓉用《九陰真經》上的療傷方法給郭靖治歐陽鋒的蛤蟆功的傷，用了七天七夜，但如果用九陽神功的話應該會更快。
所以《九陽真經》在其內功心法，防禦能力和療傷恢復技能上，應該是勝過《九陰真經》的。之所以是這樣子，和金庸在故事結構中的設定有關係，最初的時候金庸把兩部武學祕籍都設定為達摩所創，如果只是這樣的話，那麼這兩部祕籍應該是一陰一陽，各具特色並平分秋色。但從第二版開始，金庸把它們的出處都改了，《九陰真經》的作者改成了黃裳，說是他看了道家的萬部道藏才創作了《九陰真經》；而《九陽真經》的作者則改成了一位儒釋道三教皆通的奇人。
這位奇人本來就對天下武學很有研究，武功修為並不下於五絕之首的王重陽，他在與王重陽斗酒的時候獲勝，因此得以一睹《九陰真經》的內容並默記於心，仔細研究後認為《九陰真經》偏向於陰柔，還是有不少可以改進的地方，於是自己又創作了《九陽真經》，所以從這個故事設定上看，《九陽真經》是吸收了《九陰真經》的武學精華之後創作的，如果說《九陰真經》是一座山峰，那麼《九陽真經》應該就是這座山峰之上的又一種拔高，是成功後的再創新，所以在《九陽真經》所寫到的這些方面，是比《九陰真經》要強一些的，因此《倚天屠龍記》中練了《九陰真經》的周芷若（速成）在和身懷九陽神功的張無忌比武的時候，周芷若在內功修為上明顯差得太多。