常有人將漏洞掃描與滲透測試的重要性搞混。漏洞掃描替代不了滲透測試的重要性，滲透測試本身也守不住整個網絡的安全。
這兩者在各自層面上都非常重要，是網絡風險分析所需，PCI、HIPPA、ISO 27001 等標準中也有要求。滲透測試利用目標系統架構中存在的漏洞，而漏洞掃描（或評估）則檢查已知漏洞，產生風險形勢報告。
滲透測試和漏洞掃描都主要依賴3個因素：
1. 範圍
2. 資產的風險與關鍵性
3. 成本與時間
滲透測試範圍是針對性的，而且總有人的因素參與其中。這個世界上沒有自動化滲透測試這種東西。滲透測試需要使用工具，有時候要用到很多工具，但同樣要求有極具經驗的專家來進行測試。
優秀的滲透測試員，在測試中總會編寫腳本，修改攻擊參數，或者調整所用工具的設置。
滲透測試在應用層面或網絡層面都可以進行，也可以針對具體功能、部門或某些資產。或者，也可以將整個基礎設施和所有應用囊括進來。只不過，受成本和時間限制，這在現實世界中是不切實際的。
範圍的定義，主要基於資產風險與重要性。在低風險資產上花費大量時間與金錢進行滲透測試不現實。畢竟，滲透測試需要高技術人才，而這正是為什麼滲透測試如此昂貴的原因。
另外，測試員往往利用新漏洞，或者發現正常業務流程中未知的安全缺陷，這一過程可能需要幾天到幾個星期的時間。鑑於其花費和高於平均水平的宕機概率，滲透測試通常一年只進行一次。所有的報告都簡短而直擊重點。
而漏洞掃描是在網絡設備中發現潛在漏洞的過程，比如防火牆、路由器、交換機、服務器、各種應用等等。該過程是自動化的，專注於網絡或應用層上的潛在及已知漏洞。漏洞掃描不涉及漏洞利用。漏洞掃描器只識別已知漏洞，因而不是為了發現零日漏洞利用而構建的。
漏洞掃描在全公司範圍進行，需要自動化工具處理大量的資產。其範圍比滲透測試要大。漏洞掃描產品通常由系統管理員或具備良好網絡知識的安全人員操作，想要高效使用這些產品，需要擁有特定於產品的知識。
漏洞掃描可針對任意數量的資產進行以查明已知漏洞。然後，可結合漏洞管理生命週期，使用這些掃描結果來快速排除影響重要資源中更嚴重的漏洞。
相對於滲透測試，漏洞掃描的花銷很低，而且這是個偵測控制，而不像滲透測試一樣是個預防措施。
漏洞掃描和滲透測試都可以饋送至網絡風險分析過程，幫助確定最適合於公司、部門或實踐的控制措施。降低風險需二者結合使用，但想得到最佳效果，就需要知道其間的差異——因為無論是漏洞掃描還是滲透測試，都是非常重要，而又用於不同目的，產生不同結果的。