“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”
東漢末年，朝廷腐敗、宦官外戚、邊疆戰事，全國大旱，顆粒不收，貧苦農民在鉅鹿人張角的號令下揭竿而起，他們頭扎黃巾，高喊著“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”的口號，向腐朽的王朝發動了猛烈攻擊，這句話，拉開了東漢末年軍閥混戰的序幕，三國分立的時代由此種下了萌芽。
黃巾亂世
由於全面戰爭三國遊戲的開局時間是190年，此時黃巾起義領袖張角已經死去的6年之久，所以在遊戲中黃巾亂軍的代表選擇了之後剩餘軍勢較大的黃邵，龔都，何儀。
天道守護--黃邵
黃邵是黃巾軍起義將領之一，割據汝南與潁川一帶，後被李典生擒，為曹操所殺。
黃邵
地公將軍--龔都
初為黃巾將劉闢的同夥。由於劉闢對曹操舉兵造反，遂聯合前來援助的劉備軍，袁紹遣先主將本兵復至汝南，與都等合，眾數千人。曹公遣蔡陽擊之，為都及先主所殺。 龔都與劉闢一樣同出身於黃巾起義軍，但是對劉備極為忠誠。龔都雖無勇無謀但有一腔熱血，使他在歷史上有一個較好的名聲。
龔都
人統之才--何儀
黃巾之亂後，一直佔據汝南與潁川一帶。據《三國志》記載，何儀與劉闢、黃邵、何曼等人，各擁有數萬軍隊，先響應袁術，後來依靠孫堅。建安元年（196年）2月，曹操帶兵攻擊，殺死劉闢與黃邵，何儀率眾投降。
何儀
最富派系：自帶減腐敗
黃巾的體系不同於各個諸侯，武將主要就分為三種職業：宿將，醫士，學者。
醫士
學士
宿將
黃巾派系只能招攬黃巾派系將領，你無法俘虜招攬任何其他勢力的武將，這一點倒是很符合黃巾派系的設定，我的目的是推翻官僚地主階級，與這個時代，這個世道為敵。
黃巾派系特別是黃邵派系，開局自帶減腐敗，稱帝后的BUFF選減維護費，配上官職、改革加成一共能減45%維護費，再加上銅幣廠、大官的裝備各種減腐敗效果，收入爆表，最富派系，根本不需要所謂的傳奇領主，所有抓到的非黃巾派系殺了拿裝備就行。
科技樹
最強補員：何儀派系
黃巾派系相對最容易的是何儀，何儀開局地汝南，擁有汝南城及鐵礦，劉表，蔡瑁，黃祖，孔伷，這些派系的實力其實都不是怎麼太強。對於何儀來說最大的威脅其實是陳郡的曹操，要重點防範。
何儀開局
何儀勢力特性是人口增長快，補員快，配合黃巾各種建築加成可以做到在被打殘後兩回合內回覆滿編，所以何儀可以在己方領土上或者有前置視野的情況下積極與敵對勢力交換，以人命換空間。
獨特兵種和科技
黃巾的將領共三類分為學士、宿將、醫士，每一類又細分出來很多不同的類型，下面就根據每種類型可帶的兵種。
點滿的卷軸
學士：神箭團，神巫，文武軍
神箭團
宿將：投石機，賢貴軍，龜弩，斂拾隊/捍地軍
學士：遊俠，鐵臂軍，白波騎
遠程兵種裡神箭團彈藥多，龜弩破甲高，自帶遠程格擋，但是彈藥少，黃巾派系將領普遍熟悉數值地，所以說用神箭團更好。
騎兵裡賢貴軍比白波騎衝鋒加成低，數量也少，但是自帶免疫疲勞。
斂拾隊、捍地軍、遊俠都不差，但是捍地軍遠程防禦偏低，宿將又要帶賢貴軍和投石車，所以遊俠是最佳選擇。