魔法禁書目錄因為劇情做的太趕，導致暗部亂鬥篇只用了3集就做完了，很多人恐怕看的是一頭霧水。暗部亂鬥究竟講了什麼故事呢？暗部各自的目的又分別是什麼呢？
block(區塊)
block的成員有佐久辰彥(首領)、手鹽惠未(原警備員)、山手(被艾扎克幹掉並被頂替)、鐵網(穿水手服的妹子，打醬油的)
block的目的很簡單，就是幹掉學園都市的理事長亞雷斯塔。為此他們聯繫上了學園都市外面的5000傭兵，準備攻陷少年療養院（能力者監獄）裡的人，並以此來威脅結標淡希，將炸藥傳送到大樓裡炸死亞雷斯塔。可惜最後被集團阻止計劃，鐵網被艾扎克炸飛手指，因劇痛失去行動能力，首領佐久辰彥也因為不顧學生的生命，被手鹽惠未(原警備員)幹掉，手鹽惠未則被結標淡希生擒。
school（學校）
school的成員有垣根帝督(首領，學園都市老二)、心理定規(漂亮的禮服妹子)、砂皿緻密(外部找來的狙擊手大叔)、譽望萬化(那個把車劈成兩半，幹掉人才派遣的人)、弓箭獵虎（原狙擊手）
school的目的就是見到亞雷斯塔，並且獲得更高的地位，為此他從粒子研究所裡奪取超微粒干涉器（簡稱鑷子），目的為了收集亞雷斯塔散佈在學園都市的納米情報機器人滯空回線，並準備用這些機密作為籌碼。為此需要擾亂學園都市的治安，準備了狙擊手砂皿緻密來暗殺學園都市董事（前一個狙擊手弓箭獵虎被芙蘭達和佐天淚子聯手幹掉，動畫開頭濱面仕上撒的骨灰就是弓箭獵虎的）。
雖然暗殺失敗，不過也成功擾亂了學園都市的治安。與暗部組織“道具”圍繞“鑷子”發生爭鬥，襲擊了原子粒子工學研究所，在戰鬥中，譽望萬化被麥野沈利殺死。
垣根帝督殺掉了前來找茬的Member的首領博士，並且抓到了尾隨而來的芙蘭達，芙蘭達被抓，供出了Item的所在地。利用這一情報，以瀧壺理後為目標襲擊了Item。期間Item的絹旗最愛、school的砂皿緻密均重傷退場，Item其他成員全部逃跑，這一行動導致Item內訌。
在調查鑷子後，垣根帝督發現裡面的情報不足以見到亞雷斯塔，於是盯上了某個蘿莉控家的蘿莉，順帶重傷了掩護最後之作的初春飾利。被趕來的蘿莉控同學暴打一頓。不死心的他還偷襲了前來阻止一方的黃泉川愛穗。最後發怒的一方打變成碎塊扔到生命維持裝置中（冰箱）
Member（人員）
Member的成員有博士(首領)、馬場芳郎(躲在暗處的黑客)、查樂（找一方麻煩的LV3)、索綺特（魔法師），Member是大光頭直屬的暗部，其目的是消滅失控的暗部，以及任何對理事會有威脅的存在。
可惜的是Member全員雜魚，博士被垣根帝督幹掉，馬場芳郎被困在避難所、查樂死的不能再死、索綺特使用了原典，雖然艾札力強行獲得原典的使用權救下了索綺特，但是剩餘肉體只剩三分之一，被送往第七學區的醫院治療。
Item（道具）
Item的成員有麥野沉利(首領)、芙蘭達·塞維倫、絹旗最愛、瀧壺理後、濱面仕上。目的姑且是守護學園都市的治安，但一般是麥野沉利在任性妄為。
因為被school襲擊，導致Item發生內訌，芙蘭達被麥野肅清（變成芙非達了），絹旗最愛被垣根帝督重傷，瀧壺理後身體到了極限，不能使用能力。反叛的濱面仕上幹掉了首領麥野沉利（第二個達成了LV0幹掉LV5的壯舉）
Group（集團）
Group的成員有一方通行、土御門元春、結標淡希、艾札力。他們的目的就是維護治安，他們是這次暗部亂斗的勝利者，所有成員無一死亡（受傷還是有的），除了item小隊以外，他們和其他所有暗部為敵。並且擊敗全部敵人。
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