清朝，中國歷史上的最後一個王朝。清朝十帝，在康熙、雍正、乾隆年間，這個王朝也是逐漸達到了鼎盛時期，最終成了統一的多民族國家。但是，民族之多，疆域之大，對於國家的治理來說便是一個很大的難題。特別是西北地區，一直是叛亂不斷，充斥著動盪與不安。
順治三年，衛拉特各部（包括準噶爾部）首領二十二人聯名奉表貢，清廷賜以甲冑弓矢，命其統轄諸部。此舉跟是確定了主權關係，青藏高原和新疆等地 正式納入清朝的主權版圖。所以說，自此以後，噶爾丹如對抗清朝，在關係上就算是叛亂。
當然，這也是最讓清王朝的統治者們頭疼的一個問題，可以說，西北地區為何一直如此動盪不安，這背後卻是有一定原因的。
邊境遊牧民族的挑釁——清王朝前期，也就是傳統的西域經營時期，西北地區一直沒有得到統一管理，一些遊牧民族仍然在邊境地區遊蕩。雖然，這些部落表面上一直向清王朝朝貢，維持著和平狀態，但是，背地裡它們卻野心勃勃，甚至，意圖謀反。
而在各遊牧部落中，準格爾部就是這些部落中實力最強的，並且，其勢力不斷髮展。它不斷吞併其他部落，並與清王朝政府發生了一系列的衝突。康熙二十六年底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支持他進攻喀爾喀蒙古。
面對準格爾部落的不斷擴張，清王朝不得不採取一定的措施，康熙帝親自出徵，讓準格爾部落連連受挫，此舉更是大大消磨了準格爾部落的銳氣，直到最後慘敗於清王朝。然而，後來其部落的實力的恢復和增長，準格爾部落再燃戰火，兩度掀起叛亂，歷經六十八年，康、雍、乾三個朝代，最終才平定了叛亂，自此，徹底停止了戰爭。
由此，也就有了清王朝三朝三平定準格爾的說法。
其實，清王朝如此大費心思，百般周折的平定準格爾部落也說明了西北地區對清王朝的重要性，西北地區是清王朝統治的一部分，更是主權的一部分，但是，它也是清王朝的側門，甚至，西方列強都妄圖打開這扇側門。
伊斯蘭教勢力的干擾——“和卓”這個詞來自伊斯蘭教，由波斯語轉譯過來的。“和卓”是伊斯蘭教中的尊稱，是對那些有地位、有身份的人稱謂，這更是代表了穆斯林對一些人的敬畏。
在西北地區的一些遊牧部落中，很大一部分部落都信仰他們自己的宗教，穆斯林則成了新疆地區的主流教派。清政府統治前期，這些西北地區的教徒勢力並沒有做出任何反清王朝的舉動，邊疆地區也一直處於和平穩定的狀態。但是，由於信仰的統一，導致西北地區的一些上層教徒的反動勢力開始逐漸壯大，開始敢於干涉政權，妄圖建立和卓政權，造成了西北地區以及整個國家的長期動盪不安。
這種宗教上層勢力對當時朝廷的統治造成了巨大威脅，為此，清廷也加強了對宗教事務的管理。
大小和卓是著名的伊斯蘭教首領。在三度鎮壓分裂勢力的準格爾部落後，乾隆皇帝收復了伊犁，同時也釋放了當時作為人質被禁錮的新疆回族伊斯蘭教中白山派的大和卓波羅尼都和其弟弟小和卓霍集佔，他們被釋放後都投靠了清王朝，自此，小和卓也成了當時伊斯蘭教的掌門人。
但後來，大小和卓又舉兵叛變，集眾數萬叛亂，無奈之際，乾隆只能再次發兵征討，鎮壓大小和卓。
當然，清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久，除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因，增加了戰爭的複雜性外，清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因。當然，清軍在平定此地的時候，其手段也是及其狠辣的，據清朝文獻記載：
乾隆帝在重新統一新疆後為了杜絕後患，採取了極為殘酷的屠殺政策。準噶爾原有60多萬人口，由於戰爭，內訌，瘟疫，清軍屠殺，擄掠，逃亡，準噶爾部人丁殆盡，倖存者依附於外蒙古賽音諾顏部者曰額魯特，遊牧青海者曰綽羅斯。綽羅斯部轄旗二：南右翼頭旗，北中旗，共有佐領6個半。
沙俄的如狼似虎——在我國的北方，沙俄一直就如狼似虎般的覬覦著清王朝的這一塊肥肉，加上清政府後期的腐敗無能，沙俄不斷向清王朝發動進攻，不斷侵蝕清王朝的領土。
據瞭解，沙俄總共佔據了中國數百萬平方公里土地，可以說，它是歷史上佔據中國領土最多的國家。當談，沙俄本身就是一個很具侵略性的國家。從十九世紀開始，西方列強開始大肆侵略清王朝，沙俄更是首當其衝，從北方開始，到後來的西北地區，此時新疆便成了兩國對弈的關鍵之地。
為了滿足自己的侵略慾望，沙俄不斷吞併著清王朝的疆域，武力脅迫清王朝，並在西北取得經濟特權，佔領了西北地區幾十萬平方公里。沙俄野心勃勃，趁著清政府內憂外患之際，試圖吞併整個新疆。雖然，清政府在經過百般周折後仍收復了部分土地，但是，這些侵略行為對清政府對新疆百姓都造成了巨大影響。
對國內外而言，新疆等一些西北地區都是兵家必爭之地，它們是打開清政府大門的關鍵，由於，這些地方都處於國家的邊境地區，邊境的部落並沒有參加到清王朝的核心政治當中，然而，隨著自身實力的發展，加上境外勢力的吹鼓，西北地區的叛亂之火便熊熊燃燒。
