也許每位少女的童年都有這樣一個魔法少女吧，她本來平平無奇，卻無意間簽訂契約成為了魔法少女，她有著漂亮衣服和絢爛的魔法，作為正義使者保護世界，從一個醜小鴨變成了所有人憧憬的象徵。似乎所有的魔法少女都是那樣順風順水，但有一部魔法少女卻否定了這一切，就像是世界上沒有免費的午餐一樣，世界上也沒有免費的奇蹟，成為魔法少女後你就註定要揹負奇蹟帶來的詛咒。
“我認為，告訴小孩子世界上沒有黑暗是一件很糟糕的事情。”一個號稱愛的戰士的男人如是說道，他就是虛淵玄。
2011年一月，在日本電視臺開始每日放送一部名為《魔法少女小圓》的動漫，導演新房昭之，編劇虛淵玄。也就是在這部動漫之後，魔法少女們的平靜徹底被打破了，自此，魔法少女黒深殘系列層出不窮，魔法少女網站，魔法少女特殊站明日香等，雖品質一般但熱度不減，但無論是哪部魔法少女，都無法複製魔法少女小圓所帶來的成績和奇蹟。
故事是開頭是恍如夢境的場景，少女小圓奔跑在黑白顛倒的螺旋圖案中，命運的螺旋指針悄然開始了轉動。在黯淡的世界中，她的眼前出現了另一位少女，她在獨自一人的對抗著什麼拯救著這個世界。
眼前萌萌噠的吉祥物丘比對她說道：放棄的話就到此為止了，但是，你可以改變命運。無法迴避的毀滅與嘆息，一切都由你來顛覆即可，你具有的正是為此而生的力量。所以請與我簽訂契約，成為魔法少女吧。
小圓思索了幾秒，目光逐漸堅定……
故事正式開始，主角小圓，全名鹿目圓。目前剛剛從夢中甦醒，過著平淡無奇的初中生活，是一個沒有什麼特點的女孩。她和往常一樣與好友沙耶加一起上學，不同的是她們班上來了一位轉學生——曉美焰。
小圓驚訝的看見曉美焰，毫無疑問曉美焰就是她夢中出現的那個一直在與什麼對抗的人。而小焰的行為看似又認識小圓，對學校也很熟悉，並問了很奇怪的問題，這讓小圓很疑惑。
某天放學，小圓聽見了“救救我”的聲音，她尋覓著聲音救了一個外表萌萌噠的吉祥物丘比，而追殺者正是曉美焰。
通過丘比，小圓和沙耶加慢慢了解魔法少女的世界並認識了金髮的學姐巴麻美，原來魔法少女與丘比簽訂契約後可以附贈一個願望和漂亮的靈魂寶石，而平日裡對戰的是的魔女，對戰結束後吸收的悲嘆之種可以淨化靈魂寶石。小圓她們有些被這種絢爛魔法閃爍的美好衝昏了頭腦，加上附帶的奇蹟，兩人都有些蠢蠢欲動。
故事中第三集之前，都是美好平靜的日常。但崩壞和晦暗早在故事的第一秒就蔓延了，都說三集定律，第三集也是著名的學姐斷頭回。在學姐滿懷期待希望的以為要擁有新同伴不再孤身一人後頭就被咬斷了，別說小圓沙耶加了，觀眾都是一臉懵逼。在充滿希望的剎那就被無盡的絕望所吞噬撕碎，甚至還來不及反應。曾經聽過一句話：“悲劇就是把美好的東西撕碎給你看。”虛淵玄可以說是完美的詮釋了這一句話。
晚來一步的曉美焰只救了小圓和沙耶加，面對學姐的屍體，她也只是平淡的說：“現在知道了吧，魔法少女的下場。”面對沙耶加的憤怒責問，曉美焰只是轉身離開。
但沙耶加有一位深愛的青梅竹馬，他喜歡音樂只可惜一場意外讓他再無法拉小提琴，沙耶加為其許願，讓他傷勢痊癒能再次站上舞臺演奏。
而城市中因為學姐死亡，出現了一位新的魔法少女杏子，紅髮張揚，嘴角帶笑。原本和沙耶加敵對的杏子因為沙耶加與之相同的遭遇，警告了沙耶加為他人許願是不會有好結果的，並說沙耶加想成為正義夥伴之類的最好放棄從今往後為自己而活之類的話語。
杏子的父親一直執著於向他人傳授教會的信仰奈何沒有人理會，而杏子機緣巧合成為魔法少女後許願讓父親的信仰受人信任尊重，果真有了許多信徒，但父親得知真相後才發現所有人都是被魔法吸引罷了，教會信仰都只是他自以為是構建的虛假沒有人在乎也沒有人在意，連他最心愛的女兒也用魔法否定摧毀了一切，精神奔潰自殺了。儘管這並非杏子本意，但那時候她就明白了，為他人許願是不會有好下場的。
沙耶加的青梅竹馬被好友告白了，沙耶加卻無可奈何，隨著時間推移她也洞悉了一下魔法少女的祕密比如她們現在已經是一塊靈魂寶石了，身體只是軀殼，靈魂寶石不被破壞她們就不會死。但這樣的她，真的能配之稱為人類嗎？沙耶加自卑，對本我開始了無窮無盡的自我否定，最終錯過了青梅竹馬。與此同時，各種外因的刺激下，沙耶加開始懷疑這個世界是否還有守護的價值，還傷害了最重要的朋友小圓，終於在悲傷絕望達到頂端之時，在杏子眼前化為了魔女。
就像童話中的小美人魚般，那個執著愛著王子的人魚說道：我真是個笨蛋啊。然後就化作泡沫了，人魚沉溺在海中，而沙耶加亦是沉溺於絕望包裹的晦暗之海。
這個國家把成長期的女性稱為“少女”，那麼終將成為魔女的你們，就該稱為“魔法少女”吧？遠方的丘比說道。
每位魔法少女心中都有一位魔女，在包裹靈魂的靈魂寶石破碎之時，那位孕育愛慾恨意悲願懊悔失落罪惡的魔女就會溢出，宛如打開潘多拉魔盒。那一瞬人的本我就會消失，遺物只有一具軀殼和無盡絕望。
而被指責的小圓原本想與丘比簽訂契約，這樣就能與沙耶加感同身受一起戰鬥了。但丘比被擁有時間回溯能力的曉美焰爆頭，契約並沒有成功。而曉美焰能力被丘比察覺：曉美焰，你不是……這個時間線的人吧。
曉美焰的往事也猶如畫卷般展開，在曉美焰還是一個帶著眼鏡土氣打扮的少女時，小圓就出現了，帶著她進入了魔法少女的世界，她給予她溫暖，與她一起歡笑。但在最終大決戰魔女之夜時，面對一週目小圓的請求：能否去拯救那個還沒有被丘比欺騙的我時？曉美焰選擇了答應，最終一次次輪迴，尋找拯救的方法，但現實只是殘酷的給其一次次打擊。
而小圓最開始做的那個夢就是某個周目，小圓答應魔法少女，一擊便摧毀了魔女之夜，最終也化作了救濟魔女。而曉美焰悵然若失，最終看著千瘡百孔的世界說道：我的戰場不在這裡。便開始了下一週目的輪迴，從此往復，不斷循環。
而一次次輪迴中，因為曉美焰的初衷是拯救小圓，所以纏繞在小圓身上的因果線越來越多，因此小圓也愈發強大，丘比也愈發想讓小圓成為魔法少女。曉美焰的每一次輪迴其實都是在增加小圓成為魔法少女的機率。並且越是重複，曉美焰就越是偏離與小圓生活過的時間。心意也相互偏離，言語也漸漸無法相通。她大概早已經迷路了。“要拯救你”這是曉美焰最初的心意，而到如今，這是最後留下的唯一路標。
曉美焰則冷漠的稱呼丘比為孵化者，丘比僅此一笑，也不再隱瞞。丘比是不同於人類的另外一個種族，他們有史以來就在干涉人類的歷史了，目的是為了收集魔法少女化作魔女那一刻由絕望產生的巨大能量，而魔法少女許下了祈願作為代價就要承受與祈願同等的絕望，在絕望達到頂峰便會化作魔女。因為丘比這個種族沒有感情所以只能來到地球。而如果告訴魔法少女們真相她們一般都難以承受，所以丘比選擇了隱瞞，構建了一個魔法少女的騙局。
面對曉美焰的詰問，丘比笑著說道：數不清的少女們與我們契約、完成願望，然後因絕望而葬身 從祈禱中誕生 而結束於詛咒，這就是時至今日眾多魔法少女不斷重複的輪迴。背叛她們的不是我們，而是她們自身的祈願。無論什麼願望，只要不符合常理，就一定會孕育出某種歪曲。最終從中產生災難也是當然的法則。
在大決戰魔女之夜，學姐已死，杏子與沙耶加同歸於盡，城市中的魔法少女只剩下曉美焰一人。面對空前強大的魔女之夜，曉美焰怎麼也無法打敗，她正想再次輪迴時卻想起了丘比的話語，真的要一次次增加小圓的因果線嗎？她所做的一切是否都是徒勞？正在絕望蔓延時，小圓握住了她的手。
“如果僅僅是因為我的祈願就可以拯救所有人，那麼我願意成為魔法少女。我想讓所有魔女消失在誕生之前，成為什麼都無所謂，面對著與魔女戰鬥至今的各位，面對著一直相信希望的魔法少女，我不希望她們流淚，希望到最後一刻，她們都能夠面帶笑容。我會打破阻礙她們微笑的一切規則，會改變這一切規則，這就是我的祈禱，也是我的心願。”小圓並非是實現希望，而是成為了希望本身，實現了他人的希望。
因為許下的祈願是與自身能力有關，所以小圓的許願甚至可以歪曲宇宙的法則。小圓選擇消滅過去和未來的所有魔女，那些被汙濁的靈魂寶石終於得以淨化，魔法少女的靈魂得以安息。最終小圓化作圓理之環的概念存在，消散在了除曉美焰外所有人都記憶中。小圓對世界的愛比希望更熾熱，比絕望更深邃，正因如此她擁有一顆神的心，最終也化作救濟的存在。魔女消失作為替代魔獸出現，而曉美焰守護著小圓所在的城市，就像曾經守護小圓，揹負著對小圓的愛和希望戰鬥下去。
雖然這是一個不斷重複著悲哀和憎恨的無可救藥的世界。這裡畢竟曾是她試圖保護的地方。我會牢記這一點：永不放棄——《魔法少女小圓》。
看似已經算是happy end的結局卻並不是那麼幸福，犧牲了一切卻被所有人忘卻的小圓，渴望小圓幸福卻徹底失去小圓的曉美焰。即便這已經是最好的結局，但世界迷茫的悲願愛慾還是無法根除，詛咒變換了形式，依然在黑暗中窺伺著人們。所以即使沒有魔女也會出現魔獸，魔法少女仍然就無休無止的戰鬥下去，永遠無法逃離既定的命運，而圓理之環只是在宇宙某個角落給予了魔法少女最後的溫暖救贖。
《魔法少女小圓》的故事暫告一段落，劇情反轉重重愛慾結合，龐大的世界觀也得以完美展現，畫風詭譎獨特，BGM恰到好處，宗教感和儀式感展現的淋漓盡致，可以說將最好最特別的東西雜糅在一塊，細細雕琢所構成的作品，即是魔法少女小圓。過大的世界觀並沒有失真，反而融入了各種宗教信仰文化帶來的隱喻，使其內容更加深邃，可以融和各種程度的解析。人物的性格貼近真實，都帶有人類固有的性格，即便是最接近神的小圓都有凡人的優柔寡斷和怯懦，但故事的最後一刻她拋棄了人的一切，作為神改變了世界法則，而選擇的原因正是因為對世人的“愛”。
故事中的小圓扭曲了宇宙法則創造了奇蹟，而小圓也為這部動漫在現實中創造了無與倫比的奇蹟。是唯一同時獲得日本動畫指標性三大獎的電視動畫，也是史上獲獎最多的日本電視動畫。更重要的是，改變了一般性的對魔法少女的既定印象，至此，魔法少女也成為了——高危職業。
