工藤新一從第一集就遭到了黑衣組織的暗算，然後變成了現在的小學生模樣，面對黑衣組織的作風，只要自己的事情暴露，絕對會對這個人滅口，琴酒讓他吃下了這個藥物，當時並不確定工藤新一已經死亡。
不過後期的劇情中，黑衣組織對於這個高中生好像已經淡忘了，他們只關心背叛組織的雪莉，還記得當時新一變小的時候阿笠博士是怎麼警告他的麼？
“如果說你的身份曝光了，那麼你身邊的人和你的家人都會遭到危險”，
這麼說的話其實並非誇張，黑衣組織的實力大家都是有目共睹的，當時琴酒僅憑一根頭髮就可以確定這個人是雪莉（小哀），可以說他們覺對是不會放過任何一點蛛絲馬跡的，此刻的新一更是為了身邊的人不會暴露身份，黑衣組織他的目光暫時也不再工藤新一的身上。
就在劇情馬上要一千集的時候，新一居然大搖大擺的出現在小蘭身旁，並且在光天化日之下秀恩愛！沒錯就是在人群很多的旅遊景點，當時園子還把這一幕發給了她們同班同學，並且把她們兩個在英國表白的事情也說了出去，我的意思並不是說園子八卦，而是現在的新一越來越膽大了，他就真的不怕那些黑衣組織的人員嗎？
之前也有過新一恢復成原來的模樣去見小蘭，可是當時知道的人並不多，而這一次新一則是太膽大了，我都覺得他是想要全世界都知道，果然戀愛的魅力才是最大的。
當時小哀剛脫離組織的時候，每次出去都會戴著口罩，雖然身體現在是小學生模樣，但是她還是很擔心被那些黑衣組織發現，就連解藥也很少給柯南（新一），現在則是口罩也不戴了，帽子也不戴了，並且還多次給柯南（新一）解藥讓他撩妹，話說黑衣組織是真的把他們給忘記了吧。
當時新一秀玩恩愛後還順手解決了一個案件，結果卻是被旁人給發到了網絡上面，當時就已經讓黑衣組織的人再次提高了警覺了，雖說新一的老爸老媽在第一時間解決了發帖的事情，並且讓那個人改口說自己看錯了。
可是此時已經晚了，可以從朗姆發給波本的短信看出來，本來組織就已經差不多淡忘了這個高中生偵探，沒想到他卻自己跑了出來，因此可以推理出，工藤新一的事情是由他全面負責的，至於琴酒無非就是打下手解決後事。
其實工藤新一在這段時間已經被黑衣組織給漫迷淡忘了，最終卻因為自己作死大意再一次的讓黑衣組織注意到了他，今後小蘭可能就會有危險了，不知新一會怎麼辦。
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