《神鵰俠侶》結束的時候，黃藥師沒有死還活著，在江湖上沒有什麼仇恨，再加上自己也沒有受到什麼傷害，那麼黃藥師最後是怎麼死的呢？為什麼當年郭靖和黃蓉鎮守襄陽的時候，黃藥師沒有趕去幫忙呢？要知道黃藥師武功高強，他在當時還被稱為是天下五絕之一，武功在江湖上都難逢對手，原來黃藥師沒去的原因，竟然是因為黃藥師去了一個地方，跟著自己的徒弟程英。
當年襄陽城被攻破的時候，黃藥師並沒有出現，但是這並不代表黃藥師不知情，也並不代表黃藥師不管郭靖和黃蓉，第三次華山論劍的時候，又過了幾年之後，黃藥師開始了在江湖上的遊走，但是黃藥師已經不是一個年輕人了，他年事已高，再也不能像之前那樣翻山越嶺了。
他還是在襄陽城周圍，我們知道襄陽城外還是會發生一些小規模的戰亂，黃藥師如果碰到了有元朝士兵欺負百姓，就會懲治這些士兵，當然一般情況下，選擇按兵不動。在襄陽城破之前，黃藥師已經年齡很大了，很明顯的能夠看出黃藥師已經精力不足了，他知道自己可能時日不多了，所以將這件事告訴了自己的小徒弟程英。
黃藥師說自己想要回到自己最初的地方，桃花島，黃藥師自己的女兒黃蓉和女婿郭靖離不開襄陽城，畢竟襄陽城需要他們，國家與百姓需要他們，而且他也知道自己的女婿是一個愛國愛民的大英雄，郭靖有很大的志向，所以不忍心將自己的想法告訴他們。程英看到黃藥師，想到了當年那麼風度翩翩的桃花島主，今日已經老去，忍不住流下了眼淚。
再看黃藥師和程英回到桃花島以後，其實他們二人已經決定在桃花島安度晚年了，畢竟程英的師父是黃藥師，一日為師終身為父，程英已經決定照顧黃藥師一直到他死去，當年秋風蕭瑟，程英和陸無雙兩個女子和黃藥師一起回到了桃花島，黃藥師來到了自己妻子阿蘅的墳墓前，久久地看著，一直不願離去，而在這之後，黃藥師就病倒了，一直沒有好轉。
想必黃藥師已經知道自己時日不多了，所以希望能夠回到自己的故土，而黃藥師的故土正是桃花島，前半生都生活的地方，自然值得留戀，落葉歸根，也是黃藥師一直期盼的，再加上這裡還有黃藥師最愛的妻子，當年黃藥師的妻子阿蘅，有過目不忘的本領，假借周伯通的《九陰真經》一看，之後阿蘅將《九陰真經》默寫下來。
但是我們知道，《九陰真經》內容繁多，阿蘅因為用腦過度，在難產的時候死掉了，黃藥師對待阿蘅的感情無人能懂，因為阿蘅去世的原因，黃藥師還性格大變，雖然後來黃藥師決定出去闖蕩江湖，但是在黃藥師晚年的時候，仍然想要回到這裡，因為這裡是一切美好回憶的開始。
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