1922年10月，由於北洋政府屢屢拖欠教育經費，各大學財政狀況大多不理想，而講義印刷需要費用，以北大為例，此項開支便“歲達一萬餘元”。為此，北大評議會通過一項議案，規定需要講義的學生必須先購講義券，然後才可得到講義。此舉未能得到學生理解，迅速升級為學生抵制學校決定的“講義風波”。數百學生集合示威，要求學校收回成命。
蔡元培聞訊，立即趕到現場，告諭學生必須服從學校規定。多數學生散去，但仍有一些示威學生不予理睬，甚至湧進辦公室，要找主張這條“可惡規定”的人算賬。蔡元培一改往日的溫良，在紅樓門口揮拳作勢，怒目大聲道：“我給你們決鬥！”包圍他的學生見此紛紛後退。後來，蔡元培還對那些來勢洶洶的學生說：“我是從手槍炸彈中歷練出來的，你們如有手槍炸彈，盡不妨拿出來對付我”。最後，風潮由胡適調停解決。
歷來強調“思想自由，兼容幷包”的蔡元培，更受不了官僚、政府對北大辦學的橫加干涉。
早在1919年“五四”運動中，蔡元培因不滿北洋政府對學生的鎮壓和迫害而憤然辭職，5月9日悄然離京。這次辭職引發各方廣泛的“挽蔡行動”，北京各大專學校校長於5月13日齊上辭呈。
6月15日，蔡元培發佈《不肯再任北大校長的宣言》：我絕對不能再做那政府任命的校長，為了北京大學校長是簡任職，是半官僚性質......天天有一大堆無聊的照例的公牘。要說稍微破點例，就要呈請教育部，候他批准??我是個痛惡官僚的人，能甘心仰這些官僚的鼻息麼？蔡元培還在宣言中表示：“我絕對不能再做不自由的大學校長”，“我絕對不能再到北京的學校任校長”。不過，在各方的極力“慰留”下，蔡元培還是再度出任北大校長。
1923年1月17日，蔡元培再次憤而辭職，次日在《晨報》上刊發聲明：“元培為保持人格起見，不能與主張干涉司法獨立、蹂躪人權之教育當局再生關係，業已呈請總統辭去國立北京大學校長之職，自本日起，不再到校辦事，特此聲明。”
蔡元培這次辭職，緣於“羅文幹案”。羅文幹字鈞任，廣東番禺人，清末留學英國，專攻法學，獲牛津大學碩士學位，歸國後長期任職於司法界，時任財政總長，曾是北大法科兼課講師。當時的直係軍閥和部分官僚政客們一手製造了“羅文幹案”，控告羅文幹貪汙受賄，脅迫黎元洪下令逮捕羅文幹；羅文幹第一次被捕後因證據不足被無罪釋放，但新任的教育總長彭允彝卻在內閣會議上提議“再來過”，結果羅文幹再次被捕入獄。
蔡元培憤怒了，他尤其對“頂頭上司”、教育總長彭允彝的卑汙人格憎惡萬分，毅然提交辭呈，以示恥於為伍，並毫不留情地抨擊了軍閥政客們的所作所為——“耳目所及，舉凡政治界所有最卑汙之罪惡，最無恥之行為，無不呈現於中國”，“元培目擊時艱，痛心於政治清明之無望，不忍為同流合汙之苟安，尤不忍於此種教育當局之下支持教育殘局，以招國人與天良之譴責”。7月，蔡元培偕家人赴歐從事學術研究，直到1926年歸國。
“如果讓我加入國民黨，我就不做這個院長”
西南聯大在反對行政干涉和黨化教育方面，尤為難能可貴。
為堅守民主治校，西南聯大堅決反對“官本位”意識。就連稱呼上，西南聯大隻有“先生”、“學生”兩種稱呼，學校教職員一律稱“先生” 或者“某某師”，而不會有“某院長”、“某處長”、“某主任”之稱。
1938年3月，國民黨頒發通過了《戰時各級教育實施方案》等文件，明確規定以“三民主義”為抗戰行動的最高準繩，把各級教育納入“最高準繩體系。”
同年秋，教育部又明文規定“黨義（三民主義）為當然必修科目。”對此，西南聯大工學院院長吳有訓曾非常不滿地說：“三民主義”被蔣介石搞成了“三迷主義”——官迷、財迷、色迷。
據說當時西南聯大開黨義課時，講師往講臺一站，馬上給學生鞠一個躬說：兄弟這門課是奉送的。後來隨著抗戰形勢的發展，西南聯大的三民主義教學幾乎到了舉步維艱的地步。不但聽課的學生寥寥無幾，就連為獲得成績的讀書報告，很多學生也懶得交。學校也採取敷衍態度，交不交作業都給學生及格以上的分數。
1939年，陳立夫為教育部長，政府又規定說：西南聯大院長級別以上的人，都得是（或要成為）國民黨黨員。對此，西南聯大很多教授不以為然。法商學院院長陳序經就說：“如果讓我加入國民黨，我就不做這個院長。”聞一多發現同屋的教師是國民黨員後，專門就此向學校提出換房，理由是在房間裡罵國民黨不方便。
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