時間來到了十九世紀中葉，相比於六百年以前，歐洲的科學已經有了長足的發展：隨著教會勢力的式微，解剖學的發展蓬勃喜人，有關各系統各器官的功能構造都有了基本瞭解；列文虎克的顯微鏡讓人類找到了與微觀世界溝通的橋樑，對生命的研究從單獨的生命體細化到細胞層面；法國和德國的兩位偉大科學家——巴斯德和科赫，各自攻破了狂犬病和炭疽者兩大幾乎沾之必死的疾病，他們的實驗室/研究所也成為了當時世界微生物學的兩大核心。
巴斯德
而中國呢？十幾年前的鴉片戰爭打得天朝上國之夢驚醒，這邊廂又和英國人因為“亞羅號”事件鬧得滿城風雨，大戰一觸即發。而在第二次鴉片戰爭爆發前夕，雲南的回民又趁著廣西的洪秀全起事之際準備搞點事情，逼得清政府被迫要向滇用兵。
滇西回民起義
按理說除了即將抵達北京準備在圓明園大肆搶掠的英法聯軍以外，巴斯德研究所和雲南的回民叛亂半點關係也扯不上，但命運就是如此奇妙，他們之間被一隻看不見的小動物聯繫起來，那就是老鼠。
十九世紀中葉被認為是第三次鼠疫大流行的起始點，而源頭就在雲南。清朝大軍壓境，卻始終斬獲不大，從咸豐六年（公元1856年）到同治十二年（1873年），前後十七年，差不多熬死了兩個皇帝（次年同治去世），才算徹底鎮壓住了叛亂。這一場戰爭不僅讓本就財政吃緊的大清朝銀根更加窘迫，還帶來了一個巨大的副產品，就是把在雲南流行的鼠疫打包帶回了內地。
同治帝
清末國家四處用兵，鼠疫也隨著這些到處走的大兵被帶到了各地，很快全國各地就都有了鼠疫病人，也許是疫情不算太嚴重，也許是清政府根本無暇顧及幾個老百姓的死活，總之先後二十餘年未有人發掘此次鼠疫的主要原因，直到甲午年的到來。
這一年的北境，中日兩國爆發了決定兩國國運的血戰；而在南方，已經被劃為英國殖民地的香港，也出現了淋巴結腫大、全身黑斑的病人，這些在中國已經讓人見怪不怪的東西立刻讓港英政府毛骨悚然：只存在於古籍和報紙上的黑死病來了！
鼠疫流行圖片
不過這已經是十九世紀的最後幾年了，人類面對瘟疫不再只會靠祈禱和各種稀奇古怪的偏方了。面對這種情況，港英政府一方面抓緊時間隔離病人，另一方面向全世界廣發英雄帖，邀請全世界的微生物學家和醫學家來香港處理此次疫情。
在河內的耶爾森醫生也得到了消息，他準備去香港試一試身手。他是法國人，在瑞士生長，他算是巴斯德和科赫的雙料弟子：早年在巴黎大學醫學院讀書時他曾被狂犬病毒感染，幸虧巴斯德的狂犬病毒血清才能活下去，為了報答這份恩情他決定去巴斯德研究所工作。而出於學術交流的目的，他也曾去德國在科赫研究所接受過幾個月的科赫的指點，因此他又可以算作科赫的弟子。但他不是個安得下心搞科研的主，在巴斯德研究所幹了幾年就覺得無聊，便跑到法國在印度支那的殖民地去當了個全科醫生。但他好歹是巴斯德研究所的一份子，又離香港最近，因此在港英政府的求賢令發出去以後，巴斯德研究所就指派耶爾森前去香港指導並研究防疫工作。
耶爾森
初到香港的耶爾森並不招英國人待見：首先，他帶的器械很少，團隊更小（只有他自己）；其次，英法兩國相互看不順眼古已有之；第三，他已經脫離第一線微生物學工作很多年，肚子裡還有幾兩貨讓人放心不下；最關鍵的是，由日本頂尖微生物學家北里柴三郎帶領的團隊已經抵達香港，並且即刻就開展瞭如火如荼的解剖工作，並且已經在血培養中找出了細菌。
北里柴三郎
雖然多年不搞科研，但是耶爾森的底子還在，他發現日本人雖然老是在搞解剖，但是全部都是在搞大體解剖，就是把病人的整個身體全部刨開，心肝脾肺腎挨個檢查一遍，最後的細菌培養也只是培養血而已。鼠疫病人的最主要表現就是淋巴結腫大，日本人卻沒有考慮解剖淋巴結並做淋巴液培養。這讓耶爾森覺得他還是有工作可做的。
雖然港督方面不支持，但是耶爾森腦子活，他花重金賄賂了看守屍體的士兵，弄出了幾具屍體。經過幾天的工作以後，他也發現了細菌，但是與北里柴三郎的觀察結果不同的是，他的細菌經過革蘭染色（微生物學最常見的染色方法）全部是陰性，而北里的細菌卻有一部分是革蘭陽性菌。
革蘭染色下的鼠疫菌
七月三十日，耶爾森的論文在法國國家科學院被宣讀，文中他將他所發現的細菌稱之為“鼠疫巴斯德菌”，以紀念他的恩師巴斯德；八月二十五日，《柳葉刀》雜誌刊登了北里的論文，他將他所發現的細菌命名為鼠疫桿菌，為了體現大和民族的優越性也不妨叫它一聲北里桿菌。
那麼這神奇的細菌到底是“北里桿菌”還是“鼠疫巴斯德菌”呢？都不是，鼠疫的致病菌現在我們叫它“鼠疫耶爾森菌”，以紀念耶爾森的貢獻。事實證明，耶爾森的發現是對的，鼠疫桿菌是革蘭陰性桿菌，而北里柴三郎之所以搞出了一些陽性菌，純粹是因為他操作不嚴謹，被其他細菌汙染了標本。耶爾森還不僅僅分離出了純粹的鼠疫桿菌，他還製備出了抗鼠疫血清，這在抗生素髮明之前是最有效的治療鼠疫的藥品。也正是因為這個原因，後人才違背了耶爾森的本意，將這個細菌冠以了他的名字，讓他流芳百世（感覺有點膈應）。
Wayson染色下的鼠疫耶爾森菌
需要指出的是，無論是無功而返的北里柴三郎還是頗有收穫的耶爾森，都沒有對控制香港的鼠疫作出什麼太大的貢獻。隨著香港這個大碼頭，鼠疫被傳播到世界各地，僅中國的病死者據估計至少就以百萬計。在中國的地盤搞研究卻並不關心如何救治中國病人，這似乎是列強的一貫操作。