“蔡元培厚胡適可謂多矣”，但在對《紅樓夢》的看法上他們並不相同，胡適說“我們就不得不愛真理勝過愛朋友了”，胡適說蔡元培的《石頭記索隱》“花這麼多心力是白白的浪費了”，而蔡元培則反駁說“胡先生之言，實有不能強我以承認者”。
蔡元培作為胡適供職的大學校長，他們互相之間有如此平和中正的批評，對待學問和不同見解之間，大家還是有公開指明道姓的批評的，而這些批評大多是心平氣和的，而被指錯一方也有接受的雅量，並非從此交惡，沒有抓把柄、放冷箭傷著對方而後快的秋後算賬。這在古今中外都是難能可貴的，在有些人看來這是不可想像的！
胡適對“索隱紅學”的抨擊，是不留情面的，也被許多人認為是有見地，是切中要害的。1921年9月下旬，胡適將《紅樓夢考證》一文送給蔡元培一份，蔡元培閱後覆信說：“《考證》已讀過。所考曹雪芹家世及高蘭墅軼事等，甚佩。然於索隱一派，概以‘附會’二字抹殺之，弟尚未能贊同。弟以為此派之謹嚴者，必與先生所用之考證法並行不悖。稍緩當詳寫奉告。”可知，蔡元培一方面讚許胡適考證《紅樓夢》作者的方法，另一方面不接受胡適對索隱派的評判，並表示了自辯和討論的意願。
胡適對此在日記中寫道：“此老也不能忘情於此，可見人各有所蔽，雖蔡元生亦不能免。”這是蔡元培、胡適就《紅樓夢》研究展開爭議之前的各自態度。
翌年1月30日，蔡元培發表《石頭記索隱》第六版自序，副題為“對於胡適之先生《紅樓夢考證》之商榷”，對胡適的批評提出“商榷”。他首先闡明瞭自己進行《紅樓夢》疏證的起因和取用的方法：“------自以為審慎之至，與隨意附會者不同。近讀胡適之先生之《紅樓夢考證》，列拙著於‘附會的紅學’之中，謂之‘走錯了道路’，謂之‘大笨伯’、‘笨迷’，謂之‘很牽強的附會’，我實不敢承認。意者我亦有敝帚千金之俗見，然胡先生之言，實有不能強我承認者。今責其疑於下”接著，他從四個方面與胡適展開商榷，他先肯定胡適先生考證出作者的生平和家世，固有功於紅學研究，但“吾人與文學書最密切之接觸，本不在作者之生平，而在其著作。著作之內容，即胡先生所謂‘情節’者，絕非無考證之價值”。接著蔡元培詳細列舉中外文學研究中的許多實例，證明考證情節不能一概視為附會而加以排斥。
而後，蔡元培指出：“胡先生謂拙著中劉姥姥所得之八兩及二十兩有了下落，而第四十二回王夫人所送之一百兩，沒有下落；謂之‘這種完全任意的去取，實在沒有道理’。案《石頭記》凡百二十回，而餘之索隱，不過數十則；有下落者記之，未有者故闕之，此正餘之審慎也。”最後，蔡元培仍堅持認為：“《石頭記》原本，必為康熙朝政治小說，為親見高、徐、餘、姜諸人者所草。後經曹雪芹增刪，或亦許插入曹家故事。要麼可以全書屬之曹氏也。”
對於蔡元培的這篇駁論性“自序”，胡適頗不以為然，他在日記中寫道：“蔡先生對於此事，做得不很漂亮。我想再作一個跋，和他討論一次。”
胡適於1922年5月撰寫了《跋紅樓夢考證》，其中的第二部分便是“答蔡孑民先生的商榷”。他就蔡氏的“性情相近，軼事相徵，姓名相關”這三種推求小說人物的方法指出：蔡先生的方法是不適用於《紅樓夢》的，有幾種小說是可以採用蔡先生的方法的，最明顯的是《孽海花》，這本是寫時事的書，故書中的人物都可採用蔡先生的方法去推求。
蔡元培與胡適紅學爭議一來一往，至此而止，結果誰也未能說服對方。但兩人此後對於《紅樓夢》研究的關注持續了很長時間，胡適終其一生而未有改變，直至其逝世前兩日仍在致友人的書中談及《紅樓夢》問題。
胡適因後來說了這樣一句話，懷念蔡元培先生：“當年蔡先生的《紅樓夢索隱》，我曾說了許多批評的話。那時蔡先生當校長，我當教授，但他並不生氣，他有這種雅量。”
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