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孫中山先生安葬在南京的墓地是他親自選的。早在1912年3月31日，孫中山辭退了中華民國臨時大總統職務，4月1日一早，便約了胡漢民等人騎馬去紫金山打獵，他在攀登到紫金山的中部南坡時，向遠處眺望，頓覺心曠神怡，悠然自得，看中了這塊風水寶地，就高興地對同行人說：“候他日逝世，當向國民乞求一塊土，以安置軀殼耳！”傳說孫中山任臨時大總統時，靈谷寺的主持長老也曾向孫中山推薦過這塊葬地。
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1925年3月12日，孫中山先生病逝於北京。根據他生前的願望，當時的北洋軍閥政府下令國葬孫中山於南京紫金山南麓，由孫中山夫人宋慶齡女士偕同兒子孫科，林煥廷等人，來實地勘察，選定墓址，並從登報懸賞徵得的40餘份陵墓建築圖案中，選定採用獲得首獎的著名建築師呂彥直設計的自由鐘形圖案，於1926年3月12日奠基動工，1929年春建成。
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1929年5月28日上午，停放在北京碧雲寺的孫中山先生遺體由專列運來南京。孫中山靈櫬抵達南京後，停靈於國民黨中央黨部禮堂。從5月28日起由中央委員、各特任官輪流在中央黨部守靈，3人為一班，每班4小時。第一班由蔣介石、譚延闓、胡漢民守靈。守靈共22班，直至6月1日奉安日為止。
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5月29日至31日為公祭日。三天公祭結束後，5月31日下午6時，舉行封棺典禮，由蔣介石主持，席楚霖任宣贊。參加封棺典禮的有宋慶齡、孫科、陳淑英、孫治平、孫治強、孫穗英、孫穗華、孫婉、戴恩賽、孫滿、孫乾、陳少白、林煥廷、何香凝、宋靄齡、宋美齡、宋子良、鄭洪年、胡漢民、譚延闓等人。
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眾人鞠躬默哀後，由蔣介石率領依次至靈前瞻仰孫中山遺容，然後封棺。蔣介石、孫科、孔祥熙率領孫中山生前衛士黃惠龍、馬湘、陳興漢、劉鉞、肖芹將銅棺安蓋。蔣介石、孫科、孔祥熙親自塗殯。7時，奏哀樂，行三鞠躬禮，然後依次退出，封棺典禮結束。\n
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6月1日是奉安日。凌晨2時，奉安委員會特備的汽車已停在中央黨部二門前院內。奉安總指揮朱培德、總幹事孔祥熙以及各組正副主任都已到場，指揮各幹事分別作好準備。從凌晨2時起，沿中山路兩旁已擠滿送殯的群眾。 3時20分，宋慶齡、孫科夫婦及子女、蔣介石夫婦、宋子文夫婦、宋靄齡、楊道儀、以及全體中央委員、國府委員、葬事籌備委員、等陸續到達中央黨部。
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9時20分靈車緩緩開到廣場，停在靈輿前。家屬下車，進黑色布幔中肅立於靈櫬之側。中央委員、國府委員等送櫬人員由總指揮朱培德、總幹事孔祥熙指揮，各按規定地點肅立。9時30分，由孔祥熙、吳鐵城、鄭洪年等率領槓夫10人將靈櫬從靈車上降下，移上弼輿。9時45分起槓，步石級而上。國民政府樂隊40名樂師奏哀樂前導，宋慶齡率領眾親屬等女眷在布幔內步行送殯，執紼人員在兩側恭扶前進。
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10時零8分，靈輿抵達祭鯔前平臺，槓夫換用小槓，宣贊員宣贊，執紼人員恭扶靈櫬入靈堂，停於中央，肅靜片刻後，由宣贊員宣贊，舉行奉安典禮。奏哀樂後，全體行三鞠躬禮，典禮完畢後，孔祥熙率領槓夫將靈櫬移入墓室，孫中山親屬、中央代表蔣介石、故舊代表犬養毅、各國專使代表歐登科隨同進入墓室，率領槓夫將孫中山靈櫬奉安於壙內。
