1865年1月，阿古柏護送布蘇魯克來到喀什噶爾。喀什噶爾的統治者思迪克必然是滿懷著希望迎接“聖裔”的到來。畢竟，和卓家族在南疆百姓的心目中，是具有至高無上地位的。誰掌握了“聖裔”，誰就可以說掌握了大部分民心。然而，當思迪克見到陪著布蘇魯克一同前來的阿古柏時，高興的心情便要打上大大的折扣了。被新疆人稱作“安集延人”的浩罕人在新疆向來和動亂、戰爭、征服聯繫在一起，只要新疆有什麼風吹草動，這個鄰國就會趁火打劫，這簡直快成了慣例。
不過，看著阿古柏身邊寥寥可數的士兵，思迪克的防範之心便鬆懈了下來，僅僅68個浩罕士兵，有什麼威脅？雖然浩罕士兵驍勇善戰，在南疆有“四十回兵不如一安集延”的流行說法，但這些兵力，仍然顯得微不足道。然而，思迪克太小看了阿古柏，也錯估了形勢。誠然，“聖裔”是他迎回的。但這位“聖裔”比較願意依靠的還是浩罕汗國和代表浩罕的阿古柏，何況，在喀什噶爾城內有大量的浩罕商人，他們都是阿古柏潛在的力量。思迪克為自己的疏忽付出了代價，作為主人的他，還沒有如何盡到地主之誼，就在阿古柏和布蘇魯克導演的兵變中倉皇逃出了喀什噶爾。思迪克也算是一方豪強，自然不會這樣罷休。3月，率7000餘柯爾克孜兵回襲喀什噶爾。
阿古柏此時顯露出了超群的軍事指揮能力，僅率100名騎兵夜襲敵軍，思迪克敗得窩囊而徹底，自己的主力被阿古柏收編，成了他進入南疆的第一支武裝力量。4月11日，阿古柏攻克了英吉沙爾，將思迪克殘部消滅。阿古柏扶持布蘇魯克建立了“哲德沙爾汗國”，意為七城之國，也就是說，南疆的喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和田、阿克蘇、庫車、烏什七座城市都將是他的目標。4月下旬，葉爾羌的阿奇木伯克尼亞孜被回民武裝和熱西丁和卓的軍隊圍攻，向布蘇魯克求救。阿古柏立即率數百人馬前去，他當然不是去救援，而是要趁機拿下葉爾羌。不過，這一次他失算了，在偷襲葉爾羌的巷戰中失利。回軍途中，又遭遇熱西丁和卓的軍隊，在罕南力克戰役中復大敗，逃回喀什噶爾。
庫車和葉爾羌聯軍打敗阿古柏後，又相約一同出兵喀什噶爾。熱西丁和卓糾集40000部隊，由巴楚向英吉沙爾迂迴。但葉爾羌軍隊由於還在圍攻漢城而沒有如約派兵，熱西丁和卓的軍隊孤軍深入，被阿古柏截擊，損失慘重。但靠著人多勢眾又重新展開攻勢，兩軍展開了正面對決。處於兵力絕對劣勢的阿古柏率軍死戰不退，身上多處受傷。熱西丁和卓的部隊終於沒能再前進一步，只得乘傍晚撤回巴楚。這是阿古柏在南疆最後一次被攻擊，從此以後，便是他主動向各地進攻，完成他建立“哲德沙爾汗國”的大業了。阿古柏沒有追擊敵軍，轉而攻擊仍在清軍守備下的喀什噶爾漢城。9月1日，清軍守備何步雲投降獻城，清朝喀什噶爾辦事大臣奎英舉家自殺，殘部被迫皈依伊斯蘭教。
1865年秋，浩罕被俄國支持的布哈拉汗國再次戰敗，丟失塔什干，約7000名殘部在玉努斯江率領下逃入新疆投奔同族阿古柏。得到這支生力軍的阿古柏實力大增，再次進攻葉爾羌。正在戰鬥出現膠著時，不安於做傀儡的布蘇魯克在喀什噶爾發動兵變，意圖擺脫阿古柏。阿古柏立即與葉爾羌回軍簽訂合約，撤出戰鬥，回師喀什噶爾。布蘇魯克雖是“聖裔”，打仗卻是不行，堅守41天后失敗。布蘇魯克被驅逐出新疆，阿古柏立其堂兄卡塔條勒為汗，繼續做自己的傀儡。
1866年6月，阿古柏第三次進攻葉爾羌，熱西丁和卓派伊斯哈克救援，加上原有的阿奇木伯克尼亞孜的部隊以及回軍，共計兩萬多人，足有抵抗能力。而尼亞孜卻暗通阿古柏，透漏了聯軍夜間偷襲的情報。阿古柏用埋伏重創聯軍。伊斯哈克、回軍頭領見取勝無望，相繼投降，葉爾羌終於為阿古柏所有。12月，阿古柏進軍和田，為了避免損失，首先派人知會統治者哈比布拉“帕夏”，稱自己只是想參拜聖人陵墓——烏魯克麻扎，別無他意。哈比布拉是個沒頭腦的宗教信徒，以為阿古柏於自己一樣，便出城迎接。阿古柏豪不客氣，將他囚禁，迅速佔領和田。和田軍民發現受騙紛紛拼死反抗，阿古柏下令屠城，一月之間，和田5萬軍民倒在血泊中。
1867年7月，兵精糧足的阿古柏向著南疆最後一個大勢力——熱西丁和卓政權發起總攻。首先攻克阿克蘇，長驅直入偷襲牙依德，招降哈木丁率領的庫車援軍，奪取拜城，然後又攻佔賽裡木黑孜爾要塞，兵臨庫車城下。熱西丁和卓雖然組織過宗教屠殺，但在危機面前倒不是一個軟骨頭，率領軍民死守，最後在巷戰中戰死。和卓一死，庫車剩下的軍隊失去了領導，徹底潰散，喀拉沙爾的守軍向阿古柏投降。至此，南疆七城在不到兩年時間裡，全部成為“哲德沙爾汗國”的領土。已經站穩了腳跟的阿古柏不再需要傀儡了，可憐的卡塔條勒被毒死，阿古柏改國名為“洪福汗國”，自稱“畢杜勒特”（洪福無量的人），這一年，他四十七歲。
有了自己國家的阿古柏，開始了外交活動。早在1865年，俄國就已經承認了“哲德沙爾汗國”，以此換取在南疆的貿易利益。但是，自己的祖國浩罕被俄國吞併，阿古柏對於俄國有著天然的防衛心理，反而和英國走得更近，對俄國的其他要求丟予以拒絕。67年，俄國要求修建一座橫跨納倫河的大橋和一條直通喀什噶爾的公路，阿古柏予以拒絕，俄國於是在納倫河岸修建碉堡，以次懲罰“阿古柏伯克對他的輕蔑態度”。阿古柏於是和英國走得更近，68年派親信納扎爾訪問遮旁普，試探英國對自己的態度。並在喀什噶爾熱情接待英國特使羅伯特.蕭，英國決定向其贈送大批軍火，並允許其在印度招募工匠回喀什噶爾設立軍工廠。
在得到大批先進裝備後，阿古柏於1870年5月攻佔了吐魯番，切斷了北疆和河西走廊的聯繫。這時候，陝甘回民亂軍餘部在白彥虎的率領下來到新疆，阿古柏將其收編，進一步擴充了自己的實力。到1871年底為止，烏魯木齊、瑪納斯、鄯善先後被阿古柏攻克。而對於俄國的要求，阿古柏一律不予理睬，堅決要求俄國先要承認自己的合法地位，否則不會有任何談判，“想要進來只有踏著我自己和我忠實軍隊的屍體才有可能。”俄國於是在1871年7月佔領了伊犁，以震懾阿古柏。
阿古柏害怕了，不得不與俄國簽訂了《俄阿條約》，規定俄國承認“洪福汗國”，“洪福汗國”給予俄國控制區內貿易權，關稅按2.5%收取。為了遏制俄國，阿古柏隨即派遣阿吉托拉訪問奧斯曼帝國。身兼伊斯蘭教領袖哈里發的奧斯曼蘇丹阿卜杜勒.阿齊茲封阿古柏為埃米爾，並派遣軍事教官去喀什噶爾，此舉使“洪福汗國”在伊斯蘭教法上獲得了合法地位。同時，還於1874年2月2日與英國簽訂《英阿條約》，除了和《俄阿條約》類似的條款外，還規定雙方互派大使。
阿古柏做得很漂亮，把俄羅斯狠狠的耍了一回。《英阿條約》簽訂後，俄國在南疆的貿易特權全部喪失。這個從來之佔便宜不吃虧的大帝國，竟然在阿古柏手中小栽了一次，僅這一點，阿古柏也當得“梟雄”的稱號了。1874年，阿古柏54歲，對於中亞各族的統治者來說，已經是暮年了。他所要得到的，應該都得到了。雖然新疆在他的統治下，百姓們被抽取重稅，派遣繁重的勞役，並且隨時受到宗教警察的威脅，150萬人口要養活6萬多人的常備軍。真可說是民不聊生了。但這對於他的功業來說，算得了什麼呢？俄國、英國在互相制衡之下，都無法對自己有什麼實際的威脅，還有什麼可擔心的呢？
他忘了另一個國家，一個已經衰落，但仍然對他有著泰山壓頂力量的國家——清朝中國，雖然在他開疆擴土的時候，清朝君臣還弄不清他到底是中國人還是外國人。但對於他的“洪福汗國”，清朝已經要有所行動了。其實，在他收留白彥虎的時候，一個在清朝響噹噹的人物就已經間接的和他有過接觸，他應該從白彥虎口中瞭解將聲勢浩大的甘陝回民起義用鐵血手段鎮壓下去的那個人，而後，對自己的下一步有個謀劃。可是他沒有。
那個人，叫左宗棠，是有著“中國不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”聲名的大清中興名臣。左宗棠的眼光，已經落在新疆。而現在，左宗棠可以騰出手來了，當然，在他眼中，阿古柏根本不足為慮，要注意的倒是那個從康熙年間便對中國虎視眈眈的俄國。1875年，該如何處理新疆問題，清廷開始了“塞防”“海防”之爭，左宗棠是其中的主角，他主張“塞防”。而與他持相反意見的，則是另一位中興名臣李鴻章，李主張“海防”，所注意的也是一個對中國野心勃勃的國家——日本。
1874年，日本在吞併琉球之後，開始圖謀臺灣，這個後起之秀的鋒芒，比那些老牌殖民帝國還要咄咄逼人。李鴻章看到了這個威脅：“彼日本恃欺詐力，以鯨吞蠶食為謀，廢滅琉球一事顯露端倪，貴國不可無以備之。”所以，他力主加強海防，把可用的資金都用於東南，加強海軍，提防日本，提議西進之兵“可撤則撤，可停則停，則停撤之餉君做海防之餉”，因為“新疆不復，於肢體元氣無傷；海疆不防，則腹心之大患愈棘。”
左宗棠則反對此說，直言“東則海防，西則塞防，二者並重”，“若此時停兵節餉，自撤藩籬，則我退寸，而寇進尺”，“宜以全力注重西征，俄人不能逞志於西北，各國必不致構釁於東南”，“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師，西北臂指相連，形勢完整，自無隙可乘，若新疆不固則蒙古不安，匪特陝趕山西各邊時慮侵佚，防不勝防，即直北關山，亦將無晏眠之日”。
左宗棠的戰略眼光高於李鴻章，這是對於國政的看法不同。而現在，卻成了賣國和愛國的區分。中國比較不幸，不但要應付那些跨海而來的西方列強，身邊更有兩個總是有著徹底吞併之心的惡鄰。李鴻章看出日本的威脅，但他錯在看得太早，而所提的意見，又太不合理，把合理的部分也掩蓋掉了。左宗棠得到了朝廷的支持，1875年5月，清廷任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。軍隊遠程作戰，首先要整頓軍隊，其次就要籌糧籌餉籌轉運。左宗棠籌集了四千萬斤糧食，用5000輛大車，5500頭的驢和騾子，還有29000頭的駱駝逐步運到前線。可除了糧草以外，軍隊還需要用錢。當時清朝財政危機，地方財政也很困難。左宗棠無奈，只能借外債，而西方各國趁火打劫，把利息定的高達一分二釐五，而當時英國和法國平常貸款的利息只是三點五釐到四釐之間。
上海的《申報》發表了一篇評論，批評左宗棠的高利借外債，說此舉是“剜肉補瘡，飲鴆止渴”。左宗棠深受煎熬，在給朋友寫信中說：“乎用兵而知借餉，養鼻息於外人，其不敬也，其無恥也，臣之罪也。”但在當時的情況下，舍此別無辦法。清朝政府批准左宗棠借了500萬兩的外債，同時又要求海關，各個海關劃撥200萬兩，中央的財政解決300萬兩，給左宗棠湊足了1000萬兩的軍費。籌餉的問題總算完成。左宗棠準備他人生當中最後一次拼搏，若要成功，自己的將達到輝煌的頂點；一旦失敗，自己一生的功績將不再有人提起——他的賭注押得太大，而自己已經63歲，沒有翻盤的可能了。