連鎮位於東光縣城之南，隔河西北與阜城、西南與景縣鼎足而立。連鎮南鄰吳橋，東出百里即渤海。連鎮，古名連窩鎮，因運河兩岸的六個小村莊連在一起而得名。南運河將連鎮分為東西兩鎮，水陸交通十分方便，歷來為兵家必爭之地。
1854年太平天國北伐軍攻取天津失利，回師南返，於阜城受挫，突圍後攻佔水陸要塞連窩鎮。清參贊大臣僧格林沁率十萬大軍包圍連窩鎮。北伐軍只剩萬餘人，在此構築約三十華里的“木城”，欲憑藉有利地勢堅守待援。
此時，留守連鎮的太平軍僅有六七千人，而僧格林沁則擁軍二三萬人。清軍也在連鎮四周挖掘了深壕，構築土城，壕深寬各有二丈餘，土城高有一丈五六尺，厚有八九尺，上面安有抬槍、火炮，每隔一丈支起帳篷一座，設士兵十名，嚴密對北伐軍進行圍堵，企圖將太平軍困死此地。可是圍攻數月後，清軍不但不能取勝，反而損兵折將，士氣越來越低，以致僧格林沁不斷受到清廷的申斥。
1854年5月5日，林鳳祥、李開芳率部自阜城突圍到東光縣之連鎮，得到天京援軍到山東的消息，林鳳祥、與李開芳商定分軍，由李開芳率馬隊600餘騎於5月28日自連鎮突圍，前往接應援軍。李開芳馳抵山東高唐，才得知援軍已經潰散，乃據城固守計。 李開芳率精騎南下接應援軍，馳抵山東高唐，方悉援軍已在臨清敗沒，乃據高唐作固守計。林鳳祥則繼續困守連鎮，內缺糧草，外無援兵，以劣勢兵力頑強抗擊科爾沁郡王僧格林沁部清軍。
李開芳走後，林鳳祥率部堅守待援，其間多次和清軍交戰，雙方均死傷慘重，清軍的幾名將領先後戰死，北伐軍也所剩幾千人。七月份，清軍引運河水將連鎮淹沒，死人無數，使得林鳳祥所部處境愈加艱難。
1855年1月，北伐軍已不足兩千人，此時城中糧草已盡，百姓家的雞鴨豬羊和糧食也被吃光。後來，實在沒有法了，就宰戰馬，剝樹皮，後騾馬吃光，刀鞘吃光，野菜與樹皮吃光，天天都有餓死者，最後實在也沒得吃的了，就開始人吃人，把抓獲的清軍與己方的逃兵殺了當乾糧，活者吃死者，好不悽慘。百姓多有想逃脫者，但有土城阻擋，又有兵士看守，終未成功。於是，許多百姓也被活活餓死。最後清軍展開了攻心戰，日日讓太平軍投誠過來的人高舉“投誠免死”牌在營壘外轉悠，招降了數百名太平軍。此時李開芳採納工匠的建議，製造幾十輛冰車用以對敵，把幾輛冰車連為一體，如同城垣，既能固守又可衝鋒，冰車備有長木頭、草束，遇水就拋入，可以凍成冰橋，便於前進。有幾次幾百個太平軍推著冰車在冰上行走如飛，往復衝鋒，而清軍步兵、騎兵到冰面上就滑倒，被滑倒的清兵大多被太平軍砍死，清軍趕忙收兵。
1855年1月7日，清軍猛攻連鎮，太平軍非死即降，見俘虜人人身上都有作為口糧的人肉，審問才知這些肉是他們從已掩埋的同伴的屍體上割下，由於士兵餓得不行，林鳳祥只得下令挖掘屍體當軍糧。2月中旬，林鳳祥在連鎮樹木城，掘深壕堅守，抗擊清軍。僧格林沁則在連鎮周圍挖壕、築壘進行圍困。清軍急攻連鎮，林鳳祥督師苦戰，屢創清軍。但因長期缺糧，軍士羸餓至不能舉戈矛，連鎮失陷。2月17日，林鳳祥放棄西連鎮，集中力量堅守東連鎮。林鳳祥利用僧格林沁的誘降陰謀，於2月18日派原清朝縣丞蕭鳳山等九十餘人詐降清軍，以便聯絡降眾為內應，配合守軍出擊，打破清軍的圍困。但這項計劃被清軍識破，詐降的九十餘人全部被害。
清軍統帥僧格林沁將連鎮層層包圍，待至雨季到來，清軍又引南運河水，將連鎮淹泡，使北伐軍陷入彈盡糧絕的境地。可是林鳳祥鎮定自若，繼續指揮突圍作戰，連僧格林沁也認為，北伐軍“雖被圍萬分窮蹙，糧米斷絕，以人為糧，或戰或守，從容不迫，毫無潰亂情形”。
1855年3月7日，在孤軍奮戰9個月後，僧格林沁指揮數倍於北伐軍的清軍，集中炮火轟擊木城，在火炮的協助下，北伐軍將士拚死抵抗，最後清軍對林鳳祥固守的東連鎮發動總攻，連鎮終被清軍四路攻陷，清軍紛紛突入。太平軍將士與敵人展開白刃戰，大量殺傷清軍。林鳳祥在督戰時身受重傷，士氣大受影響。偕部分將士退入地道暗室，北伐軍大部陣亡，其餘或被俘，或從運河潛逃。清軍攻入連鎮。此時的連鎮已是餓殍遍野，滿目蒼夷，許多百姓家中亦是十室九空，而生者的頭髮長達數尺，慘景可見一斑。
清軍在連鎮徹搜了三晝夜，把連鎮查了個底朝天，又在運河中下網進行撈尋，清軍就是找不到林鳳祥的屍身。這樣一直搜到了第四天，清軍終於在連鎮內的一處帳篷之下，查到了一個地道的小入口。這個地道上面蓋著石板，石板上又堆放了大量的磚瓦。僧格林沁一聞彙報，立即親自率人前來看看。當挖開洞口之後，清軍開始喊話，可地洞之中沒有一點回音。
此時有一個昔日在北伐軍中當過廚師的太平軍叛徒施紹垣自告奮勇，隻身一個人入到洞中去查看。入到洞裡面之後，施大廚嚇得一大跳。他看見了洞裡面異常的寬闊，而且其中有燈，有床帳，有桌椅，生活陳設樣樣齊全。再仔細一看，他發現了林鳳祥與檢點、指揮、總制等30多名北伐軍將領躲藏在其中，壁間堆滿著糧食，看上去這些糧食可以供這些人消費一個多月。洞中太平軍看見施大廚入洞後，紛紛要求提刀去殺，後被林鳳祥喝止：“洞口已破，天意可知，殺他無益。”由於林鳳祥右臂左腿均受重傷，只得率眾與部下大將汪一中、江玉道、蕭在仁、李開蘭、吉金祥、黃益峰、陳亞末、歐振彩等出洞認載。
僧格林沁粗略審訊之後，將北伐軍師帥楊文清，軍帥楊吉金等34個人押解滄州紅孩口凌遲。然後派清恃郎瑞麟、總兵經文岱等將林鳳祥等多人押上囚車檻送到北京，由大將軍綿愉辦理此案。在清廷嚴刑的逼供下，林鳳祥僅留下有一份403字的《供詞》，錄下其身世以及經歷。3月15日，林鳳祥被凌遲於北京西市菜市口。行刑時，林鳳祥毫無懼色，行刑的劊子有16人，因多年未行此刑，劊子手就找來細漁網，緊勒其身，就網眼大小，塊塊割之，據說林鳳祥十分英勇，刀割向哪裡，目光就盯向哪裡，就是不出一聲，一直將四肢和胸部的肉割完，換了幾個劊子手才行刑完畢，他到死都沒呼一聲。“刀所及處，眼光猶視之，終未嘗出一聲”，時年31歲。
林鳳祥之被寸解，尤為慘烈，致有驚懼而死者。清李桓《寶常齋叢稿》記載：凌遲之法，由劊子手十六人，各持木柄小鐵抓，四面環鋤，頃刻間自頂至踵，肉筋俱盡，僅餘骨骼。有監刑官連姓者，其債務人山西朱氏，欲觀刑，立於連姓身後。頂白氈帽，反穿羊皮襖，其實官人無不頂紅帽者。諸劊子手見其怪異，相與言曰此必為御史親故，謀所以虐之。於是背向監刑者四人，每施一鋤，即挑向後擲，血濺肉飛，飛越官員，悉中朱面，其人立處，多人緊擠，兩手不能舉，兩腳不能移，呼吸間血肉滿面，頭目盡腫。待刑畢人散，則已昏暈倒地。及欲颳去血肉，則熱肉親生人之膚，氣血相固，牢不可脫。強扶回寓，遂死。劊子手心術狠矣，其手法則絕工矣。遠於《莊子》郢人運斤成風神話矣。
北伐軍是太平軍中最能打的漢子，太平天國北伐軍在連鎮與清軍血戰一年，最終林鳳祥部北伐軍在連鎮全軍覆沒，李開芳部的北伐太平軍處境就更加艱難了，由於在連鎮殲滅了林鳳祥部北伐軍，僧格林沁立了大功，而攻高唐不下沒有立功的勝保遭到革職，清廷把勝保遣戍發配到新疆勞改。
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