對中國曆代封建王朝而言，如何管理疆域內的少數民族地區，一直是一個難題。
兩漢時期，中央政權對疆域內分佈於西北、西南的少數民族實行直接管理，在當地駐軍，設立郡縣、官署，但效果不佳，政府派駐的官員與當地民族首領、老百姓之間的矛盾長期積壓，最終導致了造成東漢王朝百年疲敝的西北羌亂，以及導致魏晉南北朝四百年天下大亂的永嘉之亂。
唐宋時期吸取了漢王朝的教訓，創造了“羈縻州”制度，所謂“羈縻州”制度可能是我國曆史上最早出現的“一國兩制”制度了，以當地的民族首領管理當地的民族群眾，中央政權給予他們相當高的自治權，而羈縻州的領袖則代表中央政府管理地方事務。
到了中國古代第一個真正意義的多民族多元化帝國元代的時候，改“羈縻州”制度為土司制度，土司又稱土官、酋；是古代中國邊疆的官職，元朝始置。用於封授給西北、西南地區的少數民族部族頭目。
元代的土司的權力比唐宋兩代的羈縻州領袖更大，他們儼然是地方上的土皇帝，對地方的政治、經濟和民族事務具有高度的話語權，最重要的是，土司可以和君主一樣，世襲罔替。即所謂的“世有其地、世管其民、世統其兵、世襲其職、世治其所、世入其流、世受其封”，有的土司佔據的地盤很大，而且擁有數量龐大的部曲或者武裝，完全可以稱之為元朝的“國中之國”了。
明太祖朱元璋建國以後，加強中央集權，朱元璋以後的歷代君主，多主張在少數民族地區恢復唐代以前的中央直接管理的制度，將少數民族土司管理的方式改為政府官員管理方式。這就是歷史上著名的“改土歸流”政策。
而這一政策就與與很多在西北、西南少數民族地區以羈縻州或者土司方式割據了上百年甚至幾百年的少數民族首領希望繼續維持割據局面的想法背道而馳，於是，地方少數民族對明王朝的反抗幾乎從明朝建立一直持續到明朝滅亡。經明朝二十七十六年的統治，改土歸流不但沒有在全國境內完全實現，其引發的叛亂和戰爭反而最終成為壓垮明朝的最後一根稻草。
以下，我們簡單介紹一下明朝與地方土司之間的幾次規模較大，影響較深的衝突。
明成祖時期，貴州的思州土司田氏家族與朝廷對抗：
思州田氏自隋開皇二年田宗顯為黔中刺史起統治思南地區時間長達800餘年。永樂皇帝推行的改土歸流政策引起了田氏家族極大的不滿，在田宗鼎、田琛等人的帶領下，田氏家族煽動周邊少數民族與明朝對抗，最後被明軍打敗，田氏被滅。
兩廣瑤族戰爭：
兩廣地區是明朝較早也較為徹底的實現改土歸流的地區，但當地土司家族不滿自己的利益受損，於是在景泰、天順、成化時期，煽動當地的瑤民對抗朝廷，史稱大藤峽起義，這次起義侵擾了明朝數十年，朝廷花費了許多人力物力才予以平定。後來，由於明朝當地官吏管理不善以及土司土官煽動等原因，在明朝正德。嘉靖時期，廣西瑤人再度反叛。
萬曆播州之役：
播州楊氏，自唐朝末年楊端起，割據播州，到明代萬曆朝已歷經二十九代，八百餘年。
萬曆時期的播州宣威使楊應龍囂張跋扈，不聽朝廷號令，於萬曆十七年和萬曆二十四年兩次起兵作亂。後被明朝平定，明朝廢播州宣威司，這場戰爭耗費了明朝大量的兵力、財力。作為“萬曆三大徵”的最後一役，接近掏空了明朝當時的家底。
奢安之亂：
明天啟年間，四川永寧宣撫司奢崇明及貴州水西宣慰司安位叔父安邦彥的叛亂。這場戰爭從天啟元年打到崇禎十年，前後持續17年，波及川黔雲桂四省，死傷百餘萬。這期間，明朝有至少九年的時間裡，幾乎同時保持著三線作戰（西北農民軍、東北的女真、西南的土司）。
三線作戰的結果就是，明朝在不斷的分兵，拆東牆補西牆，最後疲於奔命，全線被動，而連續多年的戰爭讓明朝國庫空可見底，明朝不得不在全國範圍內徵收“三餉”以維持戰爭開銷，最後導致了嚴重的財政危機，以及更大規模的農民起義。
最終，明朝在內部農民軍和外部清朝軍隊的雙重打擊下，走向了崩潰。
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