藩司馮煦念及徐錫麟的活命之恩，暗中指使劊子手先殺人再剜心。也有記載說要讓徐錫麟先死，動刀又易為人所覺，於是先“將陰囊擊碎”，再取出心臟，被恩銘的衛兵炒食殆盡。
徐會辦呈上學生手冊，突然大聲說：“回大帥，今日有革命黨起事。”這是個暗號。恩銘剛問了句“徐會辦從何得此信”，陳伯平扔上來一個炸彈，但沒有爆炸。
雖然一直不斷有人向恩銘密告徐錫麟是革命黨，我認為恩銘也一直不會太相信這種說法：如果造反是為了功名富貴，那麼一個三十五歲的二品大員、受巡撫信用的紅道臺有什麼必要造反呢？在1907年之前，像徐錫麟這樣的身份，同情、容放革命的人或可一見，自己參加革黨的聞所未聞，更何況自己待徐不可謂不厚，以中國傳統倫理而言，此人豈有刺我之理？
恩銘
此刻容不得他不信了，徐錫麟一面說著“大帥勿憂，這個革命黨，職道終當為大帥拿到”，一面掏出了雙槍。可是，徐錫麟是個大近視，距離這麼近，他居然看不清恩銘的要害，持槍亂放一氣，恩銘身中七彈，嘴脣、左手掌心、腰、左右腿都受了傷，但無一致命。徐錫麟子彈打完了，跑進內室裝子彈，手下的巡捕背起恩銘往外跑，陳伯平追上來放了一槍，“自尾閭上穿心際”，這一槍要了恩銘的命。
徐錫麟裝好子彈衝出來，發現恩銘已經不見了，只剩藩臺馮煦還呆呆在站在堂上，似乎沒回過神來。徐錫麟推了他一把：“馮大人你快走，不關你的事。”馮煦急急忙忙跑了。徐錫麟又去找毓秀，也已經蹤影全無。
以下的進程充分說明，這場起義的籌備裡有多少昏招。徐錫麟抓住了顧鬆，問他如何知曉自己是革命黨的祕密，顧鬆說，日本方面給會辦的信都是用膠水粘的，有幾封因為受潮，封口裂開了，我偷看了信，知道會辦是革命黨——就算信封膠水受潮無法可想，祕密信件就不能整點密語隱文嗎？連一個收支委員都能看懂。這是昏招一。
徐錫麟沒有告訴學生今日要起義，只是派了一個人守住門口不讓學生走，覺得刺殺恩銘後，一呼百應，自然學生們就會揭竿而起。他沒想到槍聲一響，場面大亂，一個人怎麼攔得住洶湧的人流？大部分學生都隨著省裡官吏跑掉了。這是昏招二。
誰都知道起義首要奪取軍械，但徐錫麟並沒有派人（估計也無人可用）事先控制軍械所負責人，結果負責人帶著鑰匙跑掉了，巡警學堂學生雖然佔領了軍械所，地下室彈藥庫打不開，能找到的槍彈互相不配合，戰炮上也缺少機鐵。這是昏招三。
徐錫麟倒是想到了派學生去跟六十一標的官兵聯絡，請他們進城來領子彈，共同舉事，但這人明顯派出太晚，佔領軍械所之後才出發，此時安慶四門緊閉，禁止行人往來，信根本送不出城去。這是昏招四。
徐錫麟在軍械所遇到了安慶巡防營統領劉利貞，未帶軍隊，徐對劉說：“你是漢人，我們推翻滿清是民族革命，你應當協助，現在請你到電報局去監視電報機，不準人向外發電報，起義成功之後，你自然有大官做。”劉利貞答應著走了。劉回去後立刻反水，組織巡防營向軍械所衝鋒，徐錫麟等無槍無人，力戰被擒。這是昏招五。
陶成章說徐錫麟“動與人忤，然性慈愛人”，真是沒有說錯。他不殺馮煦，輕信劉利貞，戰事不利，陳伯平提議焚燬軍械所，與清兵同歸於盡，他認為這樣會導致安慶城“玉石俱焚”。看來，徐錫麟從事暗殺尚可算人才，領導起義，難稱合格。
陶成章
此人自然極是漢子，在供詞中承擔了全部罪責：“眾學生程度太低，均無一可用之者，均不知情。你們殺我好了，將我心剖了，兩手兩足斷了，全身碎了，不要冤殺學生，是我逼偪他去的。”別人問他是不是受孫文指使，他堅持“我與孫文宗旨不同，他亦不配使我行刺”。
面對倫理方面的指控，徐錫麟說出了驚世駭俗的一段話：“爾等言撫臺是好官，待我甚厚，但我既以排滿為宗旨，即不能問其人之好壞，至於撫臺厚我，系屬個人私恩；我殺撫臺，乃是排滿公理。”清末革命，以排滿為號召者不少，但真正信仰“排滿”的不多，像徐錫麟這樣堅持“殺盡滿人，自然漢人強盛，再圖立憲未遲”的極端主義者，就更少了。他是在以種族規則為旗，與世俗倫理作戰。
倫理反過來要懲罰他。恩銘的夫人希望按照“張文祥刺馬”的逆倫案例，將凶手剜心後再斬首。如果是別的家眷，也不見得有人理會。但恩銘夫人是慶親王奕劻之女，有司不敢不重視她的要求。藩司馮煦念及徐錫麟的活命之恩，暗中指使劊子手先殺人再剜心。也有記載說要讓徐錫麟先死，動刀又易為人所覺，於是先“將陰囊擊碎”，再取出心臟，被恩銘的衛兵炒食殆盡。
就義前的徐錫麟
徐錫麟慘烈的死法，與秋瑾的被處斬一道，為上海中外報刊大肆報道。虐殺與殺女人，是西方現代文明中最不能容忍的做法。清廷在丁未年一役大大失分，為四年後的崩盤埋下了伏筆。
行刑前，循例為死囚攝影一張以備案，拍完，徐錫麟說：“面無笑容，怎麼留示後世？再拍一張！”但不笑的，笑的相片，都沒有能留下來。
