五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海，留下宗介與媽媽相依為命。因此五歲的宗介從小就超齡的懂事，也知道自己必須擔起家中的責任，要代替父親照顧媽媽。一天當他在山崖下岩石遍佈的海灘上玩耍，他拾回了一隻頭困在玻璃瓶裡的人魚波妞，宗介救出波妞並且將她養在一個綠色的塑膠水桶裡。
波妞與宗介相互著迷。宗介跟波妞說：“別擔心，我會保護你、好好照顧你！”，但是波妞的父親魔法師藤本，逼著波妞跟他回海里。波妞堅決不肯並開始大吵大鬧，她心意已決，要變成人類小女孩回到宗介的身邊，於是波妞竟然決定離家出走！
就在她離家之前，波妞把爸爸最珍藏的“生命之水”倒到海水裡。這個舉動造成極大的動盪，海平面開始快速上升，波妞的妹妹們都變成了魚形的巨大海浪併吞噬了宗介住的小鎮，還差點連宗介山崖上的家都波及。
宗介偶然間在海邊撿到了一條小金魚，這是一隻有靈性的金魚，超級喜歡吃火腿，宗介叫她波妞。這時宗介還不知道波妞是一條有魔法的金魚，直到有一天波妞莫名其妙的不見了，又突然在一次颱風中出現。再一次見波妞就不再是一條僅能夠生活在水裡的金魚了，而是一個可愛的小女孩。
大大的擁抱就能看出來波妞是有多喜歡宗介了。波妞會把小船變大，他們可以開著小船去找媽媽。對於小孩來說，喜歡就應該在一起，能夠在一起就是幸福。
波妞從海底逃出來，終究是躲不過被捉回去的命運。不論在哪她最想念的還是可以一起玩耍的那個宗介啊，波妞對他的喜歡就像是命中註定一樣不可逆轉。
波妞的媽媽問她，如果和宗介在一起，她就會失去魔法成為一個普通人，而且如果有一天宗介不愛她了，她就會化作泡沫。波妞想也沒想的就一口答應了，大概心裡只有能永遠和宗介的喜悅吧。愛與魔法，波妞選擇了愛。
有人說，他們畢竟才五六歲還是一個什麼都不懂的孩子，喜歡與不喜歡在他們心中還是一件簡單的事情。如果宗介真的有一天不愛波妞了，波妞豈不是很悲哀，因為波妞為他放棄了一切。我想說他們目前很幸福不就可以了嗎，只要是和喜歡的人在一起，每一分鐘都是幸福的，何必杞人憂天考慮那麼久遠。
動漫想讓我們感受的就是那種單純美好的感情，現實生活中根本不會有的或者我們根本就不敢想象的感情。