貞觀十六年（642年）,唐太宗李世民長子李承乾逼宮未遂，被李世民李承乾關押了起來。
李承乾可以免於一死，李元昌、侯君集等跟隨者可就沒有這麼幸運了。
李世民一開始還做出不想殺李元昌狀，但手下一幫大臣堅決不幹，結果李元昌被迫自盡。
至於侯君集的處理，就更曲折了。
他被逮捕之後，侯君集女婿賀蘭楚石又跑到李世民那兒告了他一狀。
女婿告岳父，那還不一告一個準。
李世民讓人把侯君集帶到自己面前，說自己不想讓侯君集受到司法部門那些小官僚們的凌辱，要親自審訊。
審訊剛一開始的時候，侯君集還不承認自己參與了李承乾的謀反集團。
不承認，好。
出來，放狗咬人。
賀蘭楚石一上堂，就把侯君集跟李承乾的那些事兒說得瓜青水白，還拿出了侯君集跟李承乾之間往來的書信。
鐵證如山，侯君集也沒話說了。
在侯君集的量刑問題上，李世民以侯君集立有大功為由，打算留他一條活命。大臣們還是不答應。
李世民對侯君集是真有感情的。在與侯君集訣別時，李世民還哭了。
侯君集也直拿頭往地上撞。
臨刑前，侯君集對監斬的官員說:我在陛下還是秦王的時候就跟著他，平定了兩個國家，懇求能留下一個兒子不要殺，好給我們家的祖先們祭祀。
李世民對侯君集的家人那是真寬大，不是留一個不殺，而是一個都不殺，只把他們全家發配到嶺南。
在抄侯君集他們家的時候，有一個驚人的發現，他家裡居然有兩個很特別的美女。
有美女並不驚人，哪個王公貴族家裡沒有幾個美女?
驚人的是這兩個美女是一直喝人奶長大的，其他的什麼東西都沒吃過。真是奢侈，驚掉眾人的下巴。
對侯君集的造反，兵法大家李靖、名將江夏王李道宗二人早就有過預言。李靖預言侯君集造反有些牽強。
當時侯君集奉旨向李靖學習兵法，看出來李靖沒有傾囊相授，就向李世民報告說李靖不把兵法的精華部分拿出來是想造反。
當李世民問李靖這件事的時候，李靖回答說:這是侯君集想造反。現在中原已經安定，我教給他的已經足以對付各少數民族，他一定要學到我所有的兵法，不是想造反又是為什麼!
如果說李靖的“預言“有倒打一耙的意味，李道宗的預言就是貨真價實的了。
李道宗曾在李世民面前這樣評價侯君集:“君集志大而智小，自負微功，恥在房玄齡、李靖之下，雖為吏部尚書，未滿其志。以臣觀之，必將為亂。”
李世民顯然對侯君集這個老部下很欣賞、很袒護，就說:以侯君集的能力，幹什麼不行?聯哪是不捨得拿重要崗位給他，只是按順序還沒輪到他罷了。不要瞎猜，平白地生出嫌隙!
到了侯君集被殺之後，李世民才認識到李道宗的預言是正確的，就向李道宗道歉，說:“果如卿言!”
侯君集和李元昌的性命都沒能保住，李安儼、趙節、杜荷等人自然也都被處死了。
太子左庶子張玄素、右庶子趙弘智、令狐德秦因為不能勸諫李承乾而被免職，只有太子詹事于志寧因為經常勸諫李承乾而沒受到處分。