綜合多家外媒報道：在沒有總統巴希爾參與的情況下，蘇丹軍方在該國首都喀土穆的總指揮部召開了閉門會議，隨即，政變發生：攜帶有裝甲車輛的武裝部隊包圍了總統府，佔領國家電視臺，宣佈解除總統巴希爾所有職務並解散內閣，巴希爾身邊的現任和前任高官均已被捕，軍方宣佈將成立軍事委員會，在過渡時期領導國家，直到選出新的總統，過渡時期最多持續一年。
蘇丹總統巴希爾目前下落不明，有消息稱其已被軍方逮捕，也有消息稱其已逃往國外，但從軍方控制了喀土穆國際機場，禁止一切航班起飛的情況看，巴希爾似乎目前尚未被軍方控制，而是試圖逃走，喀土穆周邊的所有道路，也已被軍方封鎖。
軍方在通過廣播發布聲明的同時，就有大批民眾走上街頭，高呼“下臺”，尤其巴希爾下臺，當地時間4月11日，蘇丹全國範圍內停止了無線電廣播，被軍方控制的官媒紛紛開始播放軍樂和民族主義歌曲。首都喀土穆街頭佈滿軍隊，看不到警察。
巴希爾控制蘇丹已近30年，從1993年10月改任蘇丹共和國總統兼政府總理後，在蘇丹實行了超過20年的獨裁統治，美國政府長期指控蘇丹政府支持恐怖組織，對蘇丹實行了20餘年的制裁，蘇丹經濟一直狀況不佳，在為沙特提供僱傭兵參加也門戰爭後，蘇丹政府獲得了沙特的大力支持，包括免除其鉅額債務，給與大量貸款，但很明顯，這些錢並沒有對該國經濟起到多大作用，大多落入了總統巴希爾及其親信的腰包。2009年3月4日，國際刑事法院以戰爭罪和反人類罪對蘇丹總統發出逮捕令，這是國際刑事法院首次對一個國家的現任元首發布逮捕令。
從2018年12月18日開始，蘇丹民眾開始持續抗議，從最初的抗議物價上漲、收入減少，轉為要求獨裁總統巴希爾下臺，巴希爾隨即宣佈在蘇丹全國範圍內實施緊急狀態，從上週末開始，大量抗議者聚集在該國國防部前舉行示威，要求軍方推翻巴希爾，據英國衛報報道，正是從那個時候開始，蘇丹武裝部隊開始分裂，不少人，尤其是底層官兵們站在了示威者一邊，反對忠於巴希爾和該國情報機構的武裝民兵，在武裝民兵向示威者開槍的時候，不少士兵自發向武裝民兵開火保護民眾。
事實上，對於該國的緊張狀態，以及可能發生的政變，蘇丹總統巴希爾早就有所察覺，今年一月，美媒就爆料，有大量屬於瓦格納公司的俄籍僱傭兵出現在蘇丹，部署在首都喀土穆，照片顯示，大批俄軍僱傭兵乘坐俄式軍車，公然出現在大街上。很明顯，這些僱傭兵的到來是為保護巴希爾的，像很多國家獨裁者一樣，其本人並不信任本國軍隊，而更信任為錢作戰的外國僱傭兵，不過，此次政變，蘇丹軍方站在了人民一方，俄籍僱傭兵沒有敢於與之交戰，目前很可能已經失蹤的蘇丹總統巴希爾，或許就正被這些俄籍僱傭兵保護，伺機出逃國外。
