1913年3月20日晚10時45分，上海火車站，一輛開往北京的列車升火待發，月臺上人影憧憧，旅客如潮。應袁世凱急電相邀，北上共商國是的國民黨代理理事長宋教仁，在黃興、于右任、廖仲愷等友人陪同下，從車站特設的議員休息室出來，大家有說有笑地向檢票口走去。突然，一顆子彈向宋教仁射來。沉悶的槍聲過後，宋當即彎下腰來，捂住中彈的肚子，對近旁的于右任痛苦地說道：“我中槍了。”送行的人們一邊七手八腳地將他扶上一輛汽車送往就近的老靶子路滬寧鐵路醫院急救，一邊呼喊巡警抓捕凶手。
子彈從宋教仁右腰射入，傷及小腹與大腸，逼近心臟，傷勢十分嚴重。醫院組織醫術高明的醫生立即實施手術，取出槍彈。術後雖注射了止痛藥，但宋教仁仍痛不欲生，輾轉呼號，令人慘不忍聞。他自認為“從未結怨於私人”，實在想不出遭致何人暗算，呻吟中不由得連聲嘆道：“罷了，罷了！惜凶手在逃，不知誤會吾者為何許人。”
1913年3月22日凌晨4時48分，宋教仁因搶救無效與世長辭，年僅31歲。臨終前他有三事相囑：第一所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館；第二我本寒家，老母尚在，如我死後，請克強與公及諸故人為我照料；第三是諸君仍當努力進行，幸勿以我遭不幸，致生退縮，放棄國民責任。我欲調和南北，費盡苦心，不意暴徒不諒，誤會我意，置我死地，我受痛苦，也是我自作自受呢！”
隨著偵破工作的有力開展，原本撲朔迷離的案情真相，如剝筍般逐漸展現在世人面前：身材矮壯、滿臉橫肉的凶手——原清軍武官、山西人武士英被抓。可他並不認識宋教仁，也不知道所殺何人，只是流落上海生活無著，為了1000元大洋賞金，按他人提供的照片，如此製造了震驚天下的“宋案”。一番審訊之後，武士英很快就供出了主使人——江蘇駐滬巡查長、中華共進會會長應桂馨（應夔丞）上海租界巡捕房緊急搜查了位於法國租界的應桂馨住宅，在一無所獲的情況下，一位名叫周南陔的警探靈機一動，以計謀騙得應桂馨一名小妾的信任，從一個藏在牆角洞穴中的小箱內，獲得大量極其重要的信件與電報。令人吃驚的是，這些電報、信件竟與北京政府有關，牽涉到國務總理趙秉鈞、國務祕書洪述祖——此二人乃袁世凱心腹。事關中國政局，緝查此案的巡捕房不得不慎之又慎。但無可更移的確鑿證據足以證明宋案確與國務院相連，且臨時大總統袁世凱也有推脫不掉的責任與無法洗清的嫌疑。
然而，此案在審訊過程尚未結束時，國民黨便發動了“二次革命”，希圖推翻袁世凱的統治。只是“二次革命”僅一月有餘便宣告失敗，孫中山、黃興、陳其美等被通緝，相繼逃亡日本。1913年10月6日，國會選出袁為第一任正式大總統。11月4日，袁世凱以“叛亂”罪名下令解散國民黨，並驅逐國會內國民黨籍議員。國會由於人數不足而無法運作，不久即被解散。袁世凱從此成為寡頭總統，並於數年後稱帝。可以說，此後中國的民主發展受阻、軍閥混戰、黨爭不止，都與奪去宋教仁生命的那一聲槍響，有著莫大的關係。
多年以來，學界一直認為宋教仁案與袁世凱、內閣總理趙秉鈞有著莫大的關係，尤其是袁世凱後來復辟稱帝，又加深了人們認為其“必然指使謀害宋教仁”的印象。然而這種說法難以經得起推敲：深諳宦海規則的袁世凱，若顧忌宋教仁到京後的諸種掣肘，可以用多種方法對其進行限制（尚小明教授在書中也指出，袁世凱當時已經著手聯合其他黨派，力圖在國會中與國民黨抗衡），而謀殺宋教仁實在是最等而下之的做法，除了給袁世凱惹來一身麻煩之外沒有任何好處；而內閣總理趙秉鈞，一直被認為是宋教仁被刺殺後的最大受益者，但尚小明教授指出，是時趙秉鈞內閣已經到了快要交卸政權之時，他本人也沒有爭取留任之意，殺害宋教仁對他而言實在是有百害而無一利，也無法找到他這麼做的動機。
多年以來，“宋案”儘管證據頗多，但因為其間線索錯綜複雜，檔案電報又多涉及人名密語，研究者稍有不慎便易被當事人的別有用心誤導，以致後來的研究中還曾出現“國民黨人陳其美殺害宋教仁”等觀點。故一部“宋案”研究史不得不令人感嘆，治史如老吏斷獄，需將材料竭澤而漁，需上下左右比勘對照，解讀其間暗語密碼，方能撥開迷霧，一窺真相。
正如尚小明教授所言，“過去一百年的宋案研究史，其實是一部失敗的歷史”，研究者甚至連宋案的基本案情都沒能準確把握，更不用說案件細節了。故2013年“宋案”發生百年時，尚教授本僅準備寫篇論文，但後來發現此事須從頭探起，於是決定研究到底。跑遍各大檔案館，尋找與宋教仁案件相關的檔案、電報、書信、報紙新聞、時人文集以及相關的研究著作，抽絲剝繭，尋找線索，經過五年時間，最終寫成了五百餘頁，54萬字的著作《宋案重審》。
尚小明教授在著作中，對北京大學圖書館古籍部所藏《前農林總長宋教仁被刺案內應夔丞家攫獲函電文件檢查報告》進行深入細緻的解讀，提出“宋案”≠“刺宋案”，而是要與“刺宋”之前所發生的如收撫共進會、調查歡迎國會團、操弄憲法起草、構陷“孫宋黃”、“匿名氏”攻擊、低價購買公債等一系列情節相聯繫。從歷時性的角度考察洪述祖命人暗殺宋教仁的動機。他通過對大量史料的綜合解讀，指出中華民國成立之後，袁世凱下令解散此前反清的祕密會黨，宋案的主謀洪述祖就是在受命解散祕密會黨的過程中，與共進會會長、後來刺宋的直接執行者應夔丞建立了聯繫。與此同時，1912年12月，上海的國民黨激進派發起組織“歡迎國會團”，要求正式國會在南京召開，試圖擺脫袁世凱的控制。這一倡議，自然引起了袁世凱的反對，洪述祖 “乘機運動當局”，提出親自南下，與應夔丞調查並解散了“歡迎國會團”。洪、應二人本打算炮製一篇敗壞孫中山、黃興和宋教仁等國民黨領袖的文章。然而令洪述祖沒想到的是，文章還沒出來，“歡迎國會團”的發起人已經向袁世凱政府投誠。最終，無路可走的洪述祖，才有了拼死一搏派人暗殺宋教仁並藉機謀利的想法。
雖然真凶已獲，但是否能夠洗脫袁世凱、趙秉鈞等人的責任呢？尚小明教授認為，此案之複雜，恰恰在於其牽涉甚廣，而各方利益交織，諸人無論有心無意，均被牽涉其間。袁世凱雖然並無意殺害宋教仁，但由於洪述祖、應夔丞之舉涉及諸種暗中破壞國民黨、損害國民黨領袖聲譽之行為，所以在“宋案”發生後，袁世凱幫助洪述祖潛逃青島德國租界，又多次阻止趙秉鈞出庭對質，目的還是要隱瞞背後的各種暗箱操作；趙秉鈞雖然並無殺害宋教仁之嫌疑，但卻為袁世凱背了一個黑鍋，不久後便病重而逝。
對於國民黨而言，從同盟會時起內部就有不同派別。進入民國後，圍繞實行總統制還是內閣制，國民黨內部意見並不一致；在對待袁世凱的問題上，也有激烈派與穩健派之分。但在“宋案”問題上，國民黨克服內部意見分歧，試圖通過法律途徑搞清宋案真相的時候，卻發現洪述祖、趙秉鈞兩名被告遲遲不能到案；而袁世凱為了應對宋案給自己帶來的衝擊，將宋案定性為刑事案件、法律問題，不許國民黨人和輿論將其與政治問題混為一談。雙方各有算盤，在無法達至法律解決的前提下，最終只能用激烈的軍事衝突解決問題。這一轉向，從黃興身上體現頗為明顯，他最早還是力圖勸誡黨內同志以法律手段解決問題，但逐漸發現此事難以以純粹的法律審判完結後，他便將矛頭直指袁世凱，而這一指控，也成為後世判斷此案的重要依據：
“前年殺吳祿貞，去年殺張振武，今年殺宋教仁；你說是應桂馨，他說是趙秉鈞，我說是袁世凱。”
讀畢全書，不僅掩卷嘆息。尚小明教授的全力考證，還原了當年震驚一時的大案真相，也釐清了涉案眾人的權責揹負。然而“宋案”的最大影響，是改變了近代中國的命運進程，在此之後的諸種政治分歧，都無法用協商的方式平衡各方政見與利益，而不得不用武力的方式決一高下，其付出代價之慘重，值得今人認真考量。
“宋案”之發生，恰是中國在近代知識與制度轉型過程中，舊官僚與新觀念衝突下的典型案例：以洪述祖為代表的晚清官吏依舊以取悅上官為行事考量，為了自身利益甚至願意鋌而走險不擇手段；以袁世凱為代表的執政權者以勝負為目的，覆雨翻雲，以結果為唯一取向；以宋教仁為代表的國民黨憲政派，滿腔熱血卻對政治現實考慮不足；而以孫中山、黃興、陳其美為代表的國民黨革命派，在武力與立法抗爭之間搖擺不定。而最後“二次革命”失敗、袁世凱權力日趨集中甚至復辟稱帝，恰恰說明了這一轉型之複雜與艱難。
近年以來，不少近代史上的著名問題，均在學者潛心挖掘史料、復原細節的基礎上得以推動深入，如桑兵教授對庚子勤王的研究、關曉紅教授對清末停科舉及地方官制變革的研究、茅海建教授對戊戌變法的研究、李細珠教授對張之洞與晚清新政的研究等等。尚小明教授的力作，為釐清近現代史上的又一重大事件，提供了史實和研究方法上的重要借鑑。尚小明教授在書中提到，為了寫作該著，他專門在海南租了一個沒有任何通訊工具的房子，屏蔽一切外界干擾進行研究。正是此種態度，才為重現“宋案”的歷史真相，打下堅實基礎。相較於研究的結果，這一態度與過程，才是後輩學人更應仿效的對象。