長門因為彌彥的死，曉組織徹底成為了黑暗中的魔手，長門在製造出了佩恩之後，便開始重新籠絡一批強大的忍者，作為曉組織的新鮮血液和中堅力量，收納了蠍、宇智波鼬、幹柿鬼鮫等不少人。
但在長門為曉組織尋找成員的時候，卻得知了已經叛出木葉忍者村的大蛇丸正在調查曉組織，為了不讓曉組織過早的曝光，長門決定派天道佩恩與蠍一起抓捕大蛇丸將其殺死。
當大蛇丸、佩恩天道以及蠍一碰面就火藥味十足，大蛇丸之所以調查曉組織，除了獲取他們的情報之外，更想得到宇智波鼬的寫輪眼和長門的那雙輪迴眼。
於是蠍和大蛇丸沒多久，就陷入了苦戰中，並且是使用的是最強的三代風影傀儡，大戰幾百回合之後，蠍便利用傀儡術直接將大蛇丸打倒在地，而蠍更是嘲諷大蛇丸的實力如此的低。
但蠍沒看出來的是，大蛇丸是故意藉助蠍的攻擊，自己佯裝被打倒在地，實則是利用他們放鬆警惕的那一刻，大蛇丸快速的衝向在一旁觀戰並未出手的佩恩天道，希望也可以直接奪得輪迴眼。
佩恩天道雖然一直沒有出手，但一直都在觀察他們的戰鬥，他知道大蛇丸並沒有出全力，當大蛇丸衝到自己的面前，準備用手挖輪迴眼的時候，佩恩天道直接輪迴眼開啟，一招神羅天徵便將大蛇丸震到遠處。
看到佩恩天道的實力，大蛇丸知道自己不是對手，但並不想就此放棄接觸輪迴眼和鼬神寫輪眼的機會，於是便想加入曉組織尋求機會，而蠍也知道大蛇丸沒安好心，便提醒長門控制的佩恩天道。
只是佩恩天道看中了大蛇丸的實力，但也知道大蛇丸的小心思，與其讓大蛇丸四處打聽曉組織，不如收復大蛇丸，讓其加入曉組織，因為佩恩天道自信，在他的輪迴眼下，大蛇丸是不敢做出什麼忤逆之事。
大蛇丸也明白自己無論如何是得不到輪迴眼了，所以在加入曉組織後，大蛇丸除了得到曉組織的情報之外，便就是想趁機奪取宇智波鼬的寫輪眼。
但大蛇丸萬萬沒想到的是，即便是宇智波鼬的寫輪眼，也不是他唾手可得的，相反而是難於登天，在大蛇丸對鼬神出手沒多久之後，大蛇丸就只能灰溜溜的跑了，重新開始了自己的科學研究。
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