雍正是清朝歷史上留下最多懸案和爭議的皇帝，雍正八案：、九子奪嫡、年羹堯賜死案、曾靜呂留良案、謝濟世案和陸生楠案、隆科多入獄、屈大均案、雍正死因。
九子奪嫡指的是康熙時期，皇子們爭奪皇位的歷史事件。這九個兒子分別說：大阿哥胤禔、二阿哥胤礽、三阿哥胤祉、四阿哥胤禛、八阿哥胤禩、九阿哥胤禟、十阿哥胤䄉、十三阿哥胤祥、十四阿哥胤禵。康熙四十七年，康熙以太子無德無能，宣佈廢除太子。之後便形成了以胤禛為首的四爺黨和以八爺胤禩為首的八爺黨兩大勢力。
康熙六十一年，康熙病故，隆科多(雍正的舅舅)宣佈康熙遺旨，“皇四子胤禛，人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統，著繼朕登基，即皇帝位”，至此，九子奪嫡以皇四子胤禛繼承皇位告終。至於野史中說雍正勾結隆科多把康熙帝“傳位於十四子”的遺囑，改成了“傳位於四子”的說法，是站不住腳的。因為當時的繁體字“於”寫作“於”，是不可能被修改的，而且清代皇帝文書都是滿漢兩種文字書寫，所以野史中記載的篡詔之事是不可能發生的。
年羹堯，字亮工，為人聰明、有膽識，辦事能力強，在雍正爭奪皇位中立下了不小的功勞，對待雍正也是忠心耿耿，甚至連自己的親妹妹都獻給了雍正，主僕二人無猜無忌，年羹堯成為了雍正的心腹。手握重兵，榮立青海大功讓年羹堯恃功自傲，年羹堯放縱驕橫的性格為自己的前途和性命埋下了禍根。
隨著年羹堯日益飛揚跋扈，居功自傲，上折彈劾年羹堯的越來越多，雍正念在與年羹堯多年主僕的情分上，一再提醒和打壓年羹堯，希望其能有所收斂。關於雍正是如何提醒和打壓年羹堯的，《雍正王朝》裡這樣描述了一段，雖然可能與真實的情況有所出入，但也是形象的演繹了年羹堯居功自傲的性格。雍正首先罷免了年羹堯的大將軍職務，降級到杭州做參將。在這樣的情況下，年羹堯依然過著極其奢侈的生活。家奴們打昏一頭豬，割下一塊肉，就為了吃上新鮮的沒放血的豬肉，給他炒一個菜；晚上由誰侍寢，年羹堯也要翻牌子。後來一降幾級，任城門官，年羹堯還是沒有認清自己，執意穿著黃馬褂守城門。這個曾經不可一世的大將軍，最終被雍正迫於朝野壓力賜死了，年僅47歲。
雍正六年，曾靜祕密書信“忠烈之後”嶽鍾琪，以滿人為蠻夷，不足以統治中華，而雍正殘暴不仁等煽動陝甘總督嶽鍾琪起兵造反，信中談到嶽鍾琪是忠烈之後，理應精忠報國，繼承先人遺志。嶽鍾琪收到密信，惶恐萬分，生怕被扣上這個大逆不道的帽子，當機立斷將此事稟告了雍正，隨後，雍正帝命嶽鍾琪將曾靜等人押至京城，雍正要親自審問，曾靜見事情敗露，自知大禍臨頭，一股腦的將自己的失足全部都推到了早已死去幾十年的呂留良身上（呂留良生前曾謀求反清復明未果，後來便開始在民間開館收徒，閉門著書，在學術界頗有名氣，浙江官員幾次推舉他為博學鴻詞科，他都拒絕了，後來上山當了和尚，從此與世無爭。1683年病逝，享年55歲。）雍正大怒，下令將呂留良和他的長子呂葆中開棺戮屍梟首示眾，就連呂留良的後人、學生都一併被株連，斬首的斬首、充軍的充軍，下場都極為慘烈。這就是雍正時期的呂留良一案，死難者多達100多人。至於逆犯曾靜，雍正卻法外開恩，命其著書《大義覺迷錄》到民間去現身說法，以警示後人。
雍正四年，直隸總督李紱上任路過河南，見田文鏡在河南接連罷免幾位科甲出身的官員，就痛斥田文鏡不尊重讀書人，並上折彈劾田文鏡。田文鏡也密奏雍正，說李紱因與那幾位官員同年科舉，而有意庇護，言下之意就李紱結黨營私，正是田文鏡抓住了雍正的心裡，知道雍正經過多年黨爭登上皇位，深知黨爭的危害，對私結朋黨的官員更是深惡痛絕。不久，李紱進京面見雍正，還沒等李紱把話講完，雍正就喝斥李紱有意包庇同為科甲出身的官員，給李紱扣上了私結朋黨的罪名。同年，浙江道監察御史謝濟世、吳縣知縣陸生楠也都上書參劾田文鏡等人，因內容與李紱所彈劾田文鏡所寫內容一模一樣，被雍正認為是朋黨，將二人發配到新疆阿爾泰。
隆科多在康熙晚年的皇子奪嫡之中扮演了重要的角色，康熙死前宣隆科多到床前，親手把遺詔交與隆科多保管和宣佈，正因為隆科多是康熙旁的近臣，又是雍正的“舅舅”，所以民間才有很多關於隆科多合謀雍正篡位的傳說。做為雍正身邊的紅人，又是雍正的“舅舅”，隆科多獨攬用人大權，多年的黨爭使得雍正不相信任何人，他必須牢牢的把權力掌握 在自己的手中。在處死年羹堯後，雍正便開始著手對付隆科多，年羹堯案中，隆科多包庇年羹堯的罪行，被雍正抓住了把柄，雍正下書痛斥隆科多，認為隆科多結黨營私，拉攏群臣，將隆科多和年羹堯相提並論。雖然隆科多之後有所收斂，但是最終還是被雍正囚禁在暢春園附近，雍正六年，隆科多死在囚禁之所。
雍正八年，廣東巡撫傅泰在翻閱《大義覺迷錄》時，從其中所供稱的廣東“屈溫山先生”想起了本省的著名學者屈大均號翁山，疑想“溫山”是“翁山”的同音字，於是追查屈大均所著的書籍。發現其中“多有悖逆之詞，隱藏抑鬱不平之氣”，於是上奏朝廷。當時，屈大均已死去三十多年，其子屈明洪知情後，主動到廣州投案，並上繳出父親的所有詩文著作和手稿。刑部在受理案件時，判罪屈大均開棺戮屍、梟首示眾。後來雍正念屈明洪能投案自首，便免除其父戮屍之刑，僅將屈明洪及家人發配福建，並將屈大均的書籍手稿焚燒後便作罷。
雍正無疑是清朝歷史上留下最多懸案和爭議的皇帝，就連雍正真正的死因，直到今天也沒有一個準確的答案，尤其是近年來，影視作品中對雍正之死的演繹和附會越來越多，使這本來就謎雲重重的懸案，更加撲朔迷離。有說雍正是被宮女和太監合謀勒死的，有說是曹雪芹和竺香玉合謀毒死的，有說是被湖南盧氏夫人刺死的，類似雍正死因的傳說還有很多，大多都與呂四娘刺殺有幾分相似，不過，對於這種說法，經過近年來學者們的研究，普遍認為呂四娘刺殺雍正帝完全是子虛烏有的傳說，而雍正的真正死因很可能是服用丹藥引起的中毒死亡。有文獻記載，雍正死於八月二十三日，就在八月初九，總太監陳久卿和首領太監王守貴還一同傳話，命人往圓明園運送了200斤黑鉛。黑鉛是煉丹的常用原料，更是一種有毒金屬，過量服食會致人死亡。就在12天后，雍正便突然暴死在圓明園中，這不禁讓人們把雍正的死和服用丹藥中毒聯繫在一起。但這也只是一種推測，事情的真相還要靠進一步的研究來澄清。