錦衣衛和東廠是明代兩大特務機構，雖然它們惡名昭著卻被明代皇帝視為心腹，也是維護政權最有力的工具之一。大清入關後，儘管在順治時期也有錦衣衛這個機構，但其性質卻發生了巨大的變化，主要負責一些儀仗方面的事務。這倒不是說清代統治者不需要特務機構，而是不能再走明代的老路，需要有自己的創新。
相對於明代，清代在這方面確實也有所收斂，摒棄了令人恐懼的錦衣衛和東廠，採用了更加溫和的“密摺”制度。所謂的密摺，也稱奏摺、摺子，這是清代專門用來向皇帝陳情言事的一種文書。其實，在清代以前也有各種奏疏公文，多少可算是密摺的前身，但沒有哪個朝代會像清代這樣重視密摺。
康雍乾時期，圍繞密摺逐漸形成了一套完整而又嚴密的規章制度，並將密摺與政治生活和政權安危緊密聯繫在一起。自從雍正七年設立軍機處後，密摺的發展也成了一個標誌性的事件。此後，密摺制度成為清朝皇權政治的重要節點。
密摺之順治時期開始使用，從康熙時得到重視。奏摺之所以稱為密摺，也和康熙皇帝有很大的關係。康熙前期，密摺開始投入使用，但是在相關奏摺的辦理、傳遞即保管等方面沒有形成正式的制度，不過康熙帝認為密摺在瞭解地方政務、軍情方面有著獨特的作用，於是開始改進密摺制度。
起初，擁有密摺上奏權的人數很少，只有高級官員和皇帝心腹才能染指這一祕密性質的文書。從史料記載來看，擁有密摺權的人大致有五類。一類是宗室姻親、漢族異姓王公；第二類是中央官員系統，如內閣、六部；第三類是地方督撫；第四類是蒙古王公和外藩系統；第五類是一些特殊官員，如江寧織造等心腹。
不難看出，康熙時期，擁有密摺權的人都是皇帝極為信任之人，也需要很高的政治地位。即便是到了康熙後期，擁有密摺權力的人也就一百多人。也就是說，大清兩萬多官員中，只有這些人才有單獨向皇帝上密摺報告機要政務的權力。
對於密摺的管理，康熙帝也建立了一套完善的機制。一般情況下，康熙帝從不借他人之手批閱奏摺，只會在偶爾的情況下，才會將一些密摺公之於內閣批答，但這種情況後沒有維持多久，批閱奏摺的權力很快被康熙帝回收。
比如，康熙四十六年（1707年）四月，甘肅巡撫齊世武奏報甘肅災害情況，當時康熙正在南巡路上，密摺被遞交內閣處理。康熙回京後，發現被密封的密摺已經拆閱，便嚴厲責備齊世武糊塗，他說：“朕不在之時，奏摺應該送給管事的阿哥批閱，怎麼能交給內閣呢？”
不難發現，康熙對內閣還是不太信任，認為他們沒有批閱奏摺的權力，而從中也體現出密摺一定要強調保密性。這件事發生以後，凡是康熙外出巡遊時，密摺都規定要交給管事阿哥閱覽，其他人一概不能染指。
康熙晚年，九子奪嫡，局勢幾乎一度失控。為了及時掌握情況，康熙下令朝臣可以在請安折中隨時報告所見所聞，但一定要如實奏報。而且，康熙帝始終堅持親自批閱奏摺，不容別人插手。康熙執政的最後幾年，因為身體中風導致右手無發生書寫，但是他為了防止中間出現差錯，還是堅持用左手批閱密摺。他認為，只要是抓住了密摺的批閱權，就好比是抓住了大清的命脈。
到了雍正時期，密摺制度被髮揚光大，從中央到地方擁有密摺上奏權的官員越來越多，甚至是到了只要雍正看順眼了，不管是何官職都可授予密摺的權力，其人數也從康熙時期的一百多人上升到一千多人。雍正帝對外省官員尤其重視，他通過密摺隨時瞭解地方政務，也讓各地的督撫、布政使、按察使都擁有密摺權力，讓他們互相監督。
在密摺大行其道的清代，皇帝建立了一個嚴密的監控網絡，尤其對漢人和重要官員實施嚴密的監控。雖然密摺制度不像錦衣衛和東廠那般殘酷，可最終發揮的作用也是極其巨大的，況且密摺制度也顯得不那麼血腥。就這一點來說，清代的密摺制度是一項重大的創舉，也更適合皇帝掌控百官。