1983年12月31日，尼日利亞政局發生鉅變，一批高級軍官以反對貪汙腐化、挽救國家經濟崩潰為號召，推翻了存在僅僅四年的第二共和國。軍事政變主要策劃者有兩位，分別是陸軍參謀長巴班吉達將軍和最高司令部參謀長伊迪亞邦將軍，他們勢均力敵，一番折衝後推舉參加政變的布哈里將軍為國家元首。布哈里將軍執政後，採取鐵腕治國方式，重拳出擊反腐敗，嚴打違規經濟行為，無奈積重難返，經濟不但仍無起色，而且進一步惡化，使得社會問題越來越尖銳。與此同時，軍政府內部矛盾不斷激化，布哈里地位虛弱、處境艱難，1985年4月遂以健康原因提出了辭職。
布哈里提請辭職，使得巴班吉達將軍和伊迪亞邦將軍爭權鬥爭趨向白熱化。巴班吉達屬於北方豪薩·富拉尼族，得到陸軍支持；伊迪亞邦屬於西部約魯巴族，支持者是海軍、空軍。布哈里的辭職一時未得到軍事委員會批准，但允許將行政大權交給了伊迪亞邦，兩雄交鋒巴班吉達暫時處於劣勢。為了奪取最高權力，巴班吉達決定鋌而走險，當年8月27日，他乘伊迪亞邦出國訪問之際，發動軍事政變廢黜了布哈里將軍，奪取了國家最高權力，成立了新的軍政府。在整個軍事行動中，巴班吉達採取避免流血的和平手段，也沒有以往大規模地打擊前政權人員的做法，從而使得新政權快速穩定下來。
與過去歷屆軍政府一樣，巴班吉達首先對參與政變的軍官論功行賞，按功勞和勢力大小排座次，同時照顧了各軍兵種的權益以及地區和部族的利益。相較於布哈里的嚴厲和果斷，巴班吉達的執政風格更加註重靈活和策略。但是，面臨經濟危機以及由此產生的一系列社會和政治問題，巴班吉達也沒有任何高明做法。為了刺激經濟增長，巴班吉達通過貶值貨幣來提升出口行業的競爭力，雖在一定程度推動了經濟增長，但是大幅度貶值貨幣代價很大，城市階層實際收入銳減，在不斷抗議聲中不得不終止這一政策。尼日利亞的經濟經過這一折騰，破壞嚴重。
新軍政府成立初期，針對“還政於民”這一問題，巴班吉達表現很不主動，他曾表態："我們每個人，特別是軍官團的每個成員都非常熟悉治國之道。”不過，迫於國內外壓力，巴班吉達不得不給國民一個交代，他慢騰騰拿出一個"還政於民”計劃，承諾1992年成立第三共和國文官政府。為此，巴班吉達“欽定”全國推行兩黨制，由軍政府發起、組織並提供經費，成立了兩個官辦政黨——社會民主黨和國民共和大會黨。社會民主黨主要代表南方勢力，國民共和大會黨主要代表北方勢力。1992年7月，國民議會參眾兩院舉行了選舉，社會民主黨取勝，在上下兩院中均佔多數席位。
翌年六月，兩黨各自推出了總統候選人蔘加角逐，大選初步結果揭曉後，社會民主黨候選人得票數處於領先地位。對於這一選舉結果，國民共和大會黨表示質疑，指責社會民主黨和選舉委員會存有勾結，巴班吉達本來不情願將權力移交給文官政府，乘機以大選中存在舞弊為由，宣佈這次總統大選無效，終止"還政於民"計劃。這一決定公佈後，立即在全國範圍內引起強烈反響，成千上萬群眾走上街頭，抗議巴班吉達違背承諾取消大選，強烈要求還政於民。一時間，全國上下社會動盪，政治危機四伏。迫於國內外壓力，當年8月17日，巴班吉達被迫宣佈辭去總統等全部職務，將政權移交給臨時政府，結束了他8年軍政府的執政生涯。
然而，由於倉促移交權力，全國臨時政府根本無力支撐局面，僅僅執政82天就宣告垮臺。在混亂局勢下，巴班吉達麾下最凶悍的將軍、國防部長薩尼·阿巴查接管了政權，開始了新的軍事獨裁統治，就這樣，尼日利亞第三共和國尚未誕生就胎死腹中，巴班吉達難辭其咎。阿巴查上臺後，實行鐵腕治國，使尼日利亞實現了政局穩定和經濟大幅增長，但同時也把尼日利亞政府的專制和腐敗推向了一個新的高度。不過，隨著1998年阿巴查的猝死，尼日利亞黎明前最後一段黑暗時期神奇般結束，一年後歷經坎坷的尼日利亞第三共和國終於誕生。