孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

可視化 GitHub 科技 生信者言 生信者言 2017-08-28

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

矩陣數據變量多,信息量大,要想一目瞭然的可視化,大家的第一反應我相信一定是heatmap,不過今天要給大家分享一個和pheatmap、complexheatmap包不一樣的包corrplot,corrplot包專注於相關性矩陣可視化,使用起來更加簡單方便。

corrplot主要偏向於使用在相關性矩陣分析中,當然不僅限於相關性矩陣,只要數據類型符合要求。

corrplot(https://github.com/taiyun/corrplot)是發表在github上的開源R包,使用之前需要安裝:

安裝最新的開發版本:

install.packages("devtools")

devtools::install_github("taiyun/corrplot", build_vignettes=TRUE)

安裝穩定版本:

install.packages("corrplot")

睜大你的眼睛,一大波原圖來襲:

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

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孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

以上圖片來源於:

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

corrplot包的主函數是corrplot,另外還有一個封裝的函數corrplot.mixed,可以對上三角和下三角分別控制其顯示方式,常用參數如下:

參數

說明

corr

用於繪圖的矩陣,必須是正方形矩陣,如果是普通的矩陣,需要設置is.corr=FALSE

method

可視化的方法,共有7中,默認是circle

type

展示全矩陣,還是半角矩陣,默認full

add

邏輯值,若為TRUE,可以添加到現有圖形中

col

顏色設置

is.corr

邏輯值,若為TRUE,表示矩陣不是正方形的相關性矩陣

diag

是否顯示對角線值

tl.cex

標籤字體大小

tl.col

標籤字體顏色

cl.lim

值域範圍

孫老溼舉栗子

corrplot繪圖比較簡單,我們使用mtcars模擬數據演示,head(mtcars)查看:

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

install.packages("corrplot") #安裝包

library(corrplot) #加載包

M <- cor(mtcars) #計算mtcars變量之間的相關性,返回值是相關性矩陣

corrplot(M, method="circle") #繪圖

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

corrplot.mixed(M, upper = "ellipse")

孫老溼畫圖系列第十二彈丨相關性矩陣可視化工具corrplot

corrplot繪圖相對簡單,大家可以到:

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

網站查看更多的使用例子。

另外ggplot2中可以繪製,略顯繁瑣,而且ggplot2中也有一款輔助包ggcorrplot大家感興趣的可以去看一下:https://github.com/kassambara/ggcorrplot

有任何問題,歡迎在文末留言討論。

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