陳雲接手中央組織部工作時，全黨只有4萬黨員，同當時形勢的需要很不適應。他上任不久，就提出要面向全國理順組織機構。在他的努力下，我們黨建立了一套適合當時實際情況的體系，由中央局、分局、省市委構成，根據地推到什麼地方，組織建設、組織機構就跟到什麼地方。
1937年12月，陳雲在延安
1937年11月至1944年3月，陳雲任中共中央組織部部長。在長達7年的時間裡，他把馬列主義建黨學說與中國實際結合起來，在黨的建設方面提出了許多獨到的見解和觀點，做出了不少科學的決策，在為黨的政治路線服務方面起了關鍵性作用，使黨的建設取得了長足的進展。
“大量的十百倍地發展黨員”
1937年11月29日，32歲的陳雲同王明、康生一道乘飛機從蘇聯回國到達延安。這時，陝北的天氣已經變得很冷，毛澤東等中共中央領導人冒著寒風到機場迎接。毛澤東神采奕奕，滿臉笑容，走上去和他們一一擁抱，互致問候。陳雲特地把大皮帽摘下來，給毛澤東戴上，自己換成布棉帽。王明、康生、陳雲穿著黑色馬褲、長筒馬靴，跟延安的服裝不一樣，看著特別高大，特別有精神。毛澤東致歡迎詞，用濃重的湖南方言說：“喜從天降。”在說這句話的同時，把帽子拋得高高的，拋到空中，接下來又說：“喜從天降。”不斷地重複，大概有三四次重複，還說：“是馬克思給我們送來了天兵天將。”
12月9日至14日，中共中央召開政治局會議(史稱“十二月會議”)，討論抗戰形勢和黨的任務。會議根據形勢發展的變化，對各地的工作重新作出部署，對中央領導機構成員也進行了調整。由於博古同王明、周恩來、董必武等被派往武漢長江局工作，會議決定由陳雲接替博古擔任中央組織部部長，李富春任副部長。
陳雲接手中央組織部工作時，全黨只有4萬黨員，同當時形勢的需要很不適應。他上任不久，就提出要面向全國理順組織機構。在他的努力下，我們黨建立了一套適合當時實際情況的體系，由中央局、分局、省市委構成，根據地推到什麼地方，組織建設、組織機構就跟到什麼地方。
1938年3月，陳雲組織起草了中央《關於大量發展黨員的決議》，決議指出：“為了擔負起擴大與鞏固抗日民族統一戰線以徹底戰勝日本帝國主義的神聖的任務，強大的黨的組織是必要的。但應該指出，目前黨的組織力量，還遠落在黨的政治影響之後，甚至許多重要的地區，尚無黨的組織，或非常狹小。因此大量的十百倍的發展黨員，成為黨目前迫切與嚴重的任務。”決議還指出，黨內在發展黨員問題上要打破兩種錯誤傾向：一種是關門主義傾向；另一種是在統一戰線中忽視黨的發展，以為黨的擴大無足輕重，甚至於取消黨的發展的傾向。決議要求，把發展黨員作為每一個黨員及各級黨組織的經常的重要的工作之一。
陳雲認為，中央組織部在黨的組織工作上，不僅要面向延安、陝甘寧邊區，而且要面向全國各個敵後根據地，面向國統區、敵佔區的黨組織。他要求中央組織部要建立相應的機構，確定人員，來儘量瞭解各方面黨組織的工作情況，以便制訂不同的政策，進行有針對性的領導。這個具有戰略意義的建議，立即得到中央的批准，成為了中央組織部的指導方針。陳雲還適時地提出建議，協助中央制定了一系列適用於不同地區的組織工作方針政策。
關於根據地，陳雲提出“發展、鞏固，再發展、再鞏固”的方針，主張既要抓黨員的數量，又要抓黨員的質量。
關於國民黨統治區，陳雲提出要警惕國民黨“反水”，要執行“精幹隱蔽，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”和“黨內小黨外大”的方針，既要加強黨和群眾的聯繫，又要學會保護自己。陳雲主張打破國統區“中上層分子都不好”的舊傳統觀念，把統一戰線工作重點放在中上層人士身上。
關於敵佔區，陳雲創造性地提出“除了本身精幹以外，領導機關要放在外頭”的新方針，就是將領導機關放在離根據地近一點的地方，在外面指揮，以避免領導機關一被破壞就導致白區工作的癱瘓。陳雲說：“過去在白區工作時，領導機關一被破壞，就全完了，連人都找不到。這怎樣能行呢？一定要改變！”把“領導機關放在外頭”的主張，適合敵佔區的情況，既便於保存我們的力量，又能及時做好敵佔區黨的工作。後來，打敗日本侵略者以後，蔣介石公開地進行反共，這一方針得到繼續執行。
上述切合實際又有極強操作性的方針政策，極大地調動了各級黨組織的積極性，擴大了統一戰線，有效地促進了黨組織的迅猛發展。到1938年底，黨的組織有了很大發展，全國的黨員人數從4萬多增加到50多萬。
“用父母愛兒女之心來愛護幹部”
抗日戰爭時期，中國共產黨堅持團結、進步，堅持全面抗戰，吸引了一大批有識之士來到延安。面對這樣的有利形勢，陳雲適時地提出“廣招天下士，誠納四海人”的主張。如何“招”“納”天下士呢？陳雲在延安抗日軍政大學作的題為《論幹部政策》的講演作了回答，他說：“我現在來講幹部政策，只想用12個字，分成4個問題來解釋：第一，瞭解人；第二，氣量大；第三，用得好；第四，愛護人。”時任中共中央組織部幹事袁寶華後來回憶說：“陳雲真是個非常公道的人，非常公道，他看一個人總是看他的長處。我到中央組織部第一次和我談話，他就這樣講：你到中央組織部來工作，要樹立一個觀念，要看幹部的長處。你要光看他的短處，沒有一個可用之人了，必須發現他的長處，這樣我們才能使用每個人的長處。”
“用父母愛兒女之心來愛護幹部。”這是陳雲當中央組織部部長時的口頭禪，也是他對待幹部的行動準則。他經常告誡大家：“愛護人很重要。凡是提拔幹部，得全面估計他的德和才；既提拔起來，就得多方面幫助他，不使他垮臺。對幹部一切不安心的問題，都要很耐心很徹底地去解決。當牽涉到一個幹部政治生命問題的時候，要很鄭重很謹慎地處理。對於幹部，不要‘抬轎子’，要實事求是。做到這些，才能算真正的愛護人。”
陳雲特別強調要大量吸收知識分子，提出要“搶奪”知識分子。他說：“現在，大家都在搶知識分子，日本帝國主義搶，國民黨搶，我們也要搶，我們搶得慢了就沒有了。如果我們把要求救中國，要求抗戰，要求革命的各種知識分子都搶到手裡，那我們不能說天下完全是我們的，但至少三分之一是我們的了。”他還說：“不要再把這個機會錯過了，否則將來悔之晚矣。”
他是這樣說的也是這樣做的。整風時，由於康生髮動搶救失足者運動，大批滿懷火熱激情從國統區來延安的青年幹部被打成叛徒、特務。陳雲心急如焚，一面向毛澤東及有關領導談自己的看法，一面積極組織人員進行調查，儘快澄清事實，解放幹部。一位青年因有人供說他是託派，被開除黨籍。陳雲知道後立即派人內查外調，很快將各方面證詞收集齊全，搞清這一青年不僅不是託派，而且是一個堅定的具有光榮歷史的共產黨員，為他平反，恢復黨籍。
陳雲不僅在工作上關心、支持、愛護幹部，而且在生活、家庭、婚姻中也十分關心體貼幹部。他告誡中組部的同志，凡是幹部擔心的事，也是從事組織工作幹部的事，只有解決好他們的事，才能使他們解除後顧之憂，安心工作。正因為陳雲對幹部愛護有加，延安的幹部、學生遇到困難和矛盾都願意到中組部傾訴衷腸。時間長了，中組部成了各根據地和前線將士的“家”，他們每次回延安，都要來“家”看看，說說心裡話，以陳雲為領導的中組部幹部也成了大家的親人。