大約5萬年前，神河文明贏得第一次形體戰爭，獸體完敗，三角體隱匿，神河文明隨後盛極而衰，太陽熄火，文明湮滅，神河遺民將其稱之為終極恐懼。大發明家丁格黑用最後的智慧創造了第一位神，他的學生基蘭，時光神基蘭帶著神河文明的智慧結晶流浪宇宙，開辦超神學院，試圖振興神河文明。
3萬年前，天刃王凱莎、天基王鶴熙、天啟王涼冰聯手推翻天帝華燁的統治，男天使遭驅逐，天使文明進入女性時代，凱莎主政，三王共治，隨時局變化各有主次，此時的天使之城繁榮昌盛，百業興旺。
三角體捲土重來，第二次形體戰爭爆發。
2萬年前，基蘭來到天使星雲，在天使之城設立超神學院，神河文明的科技大大加速了天使文明的進程，超神學院培養了大批戰鬥力極強的高級天使，同時也引發了嚴重的社會問題，天使變得越來越好戰以至於全民皆兵。在此期間，鶴熙沉迷科技而棄王位鑽研技術，涼冰熱愛最高智慧，棄王位加入超神學院。17000年前，凱莎的正義旗幟統一天使族，結束三王時代，為區別以往故稱神聖凱莎，鶴熙和涼冰成為第一任神聖雙翼，不久卸任。凱莎女王憤怒於超神學院的造神工程給天使社會帶來的傷害，再加上關於虛空生物的學術分歧，下令將超神學院逐出天使之城。為了解決天使社會矛盾，也是向神河文明的妥協，凱莎女王接過形體戰爭大旗，以正義之名對外征戰宇宙，保留庇護了大量低級神河體文明，龐大的數量優勢徹底堵死了海洋生物的進化之路，三角體完敗，第二次形體戰爭結束。
凱莎女王庇護低級文明的政策引起涼冰的不滿，低級文明無法產生最高智慧，長此以往會影響天使文明的未來，於是涼冰叛出天使之城建立惡魔文明，主張以永恆生命為基礎的墮落自由思想。惡魔文明大量採用天使文明已有的成果，初期發展迅猛，很快達到了與天使文明比肩的程度。為了進一步發展壯大，惡魔文明開始掠奪低級文明以求獲得資源，這違背了天使的正義秩序。
15000年前，第一次天使與惡魔的聖戰爆發，從此天使與惡魔成為死敵，天使文明畢竟底蘊深厚，惡魔文明敗北，永恆的光芒逐漸黯淡。
另一方面，基蘭在神河體世界傳播文明也有了可喜的成果。在德諾星系和天道星系，基蘭分別主持了三大造神工程：神河之力、弒神之力、太陽之光。然而強大的力量總會伴隨膨脹的野心，德文之星和諾言之星為了打壓對方，私下各自打造了德星之槍、暗影獵手、諾星尖刀等一系列超級戰士，長期的軍備競賽最終導致德諾星系爆發慘烈的戰爭。德諾內戰波及烈陽星，烈陽長老們為求自保，向太陽神烈陽王諫言啟動大規模造神計劃，烈陽文明主張國泰民安，太陽神否定了造神計劃，動身前往德諾星系調停。
10000年前，德諾內戰如火如荼，烈陽王捲入其中，以引爆太陽相威脅，逼迫雙方停戰，但是造神之人卻控制不了神，戰爭無法停止，最終德諾文明毀滅，烈陽星也遭受重創。在滅頂之災降臨的那一刻，德星選擇疏散人民，諾星選擇同歸於盡，向烈陽星發射了毀滅武器，與此同時，諾星戰神拼盡全力斧劈太陽神而力竭而亡，太陽神來不及救援，烈陽星毀去一半，星球上近三分之二的生靈瞬間消失。戰爭狂人杜卡奧反思戰爭造成的後果，帶著部分德諾遺民和超級戰士基因流浪宇宙。太陽神有愧於自己的衝動帶給烈陽星的災難，決意傳位女性繼承人，烈陽文明在戰後的廢墟中耗時萬年才完成自己僅有的一項造神工程，太陽女神帝蕾娜。
超神學院在天使文明和德諾文明的相繼失敗，使基蘭重新審視自己的文明理念，並最終選擇放手。卡爾作為最先提出虛空理論的學者，在超神學院被逐出天使之城後，來到偏遠的冥河星系繼續探索虛空。其他神河遺民也都繼續流浪宇宙，繼續探索破解終極恐懼的方法。
大約1400年前，某個神河遺民吳老師路過地球做了一番實驗，創造了一隻猴形半獸人超級戰士，後人稱呼其為鬥戰勝佛孫悟空。恰巧死神卡爾在冥王星附近設置大蟲橋，模仿著創造出了一隻鱷形半獸人超級戰士，取名索頓。索頓以人肉為食，危害一方，被聞訊而來的天使戰士追苦戰降服。地球文明開始進入諸神的視野。烈陽文明代理神河，緊隨天使之後，潘震奉命前來降服孫悟空，可惜打的兩敗俱傷，孫悟空受唐僧感化，收斂獸性，立誓守護人間。杜卡奧來到地球，對華夏民族熱愛和平的性格深受感動，於是將超級戰士的基因種子散播於幾戶品德高尚之家，而他自己也在漂泊了多年之後成家立業，並將時空基因種子播種在自己的後代身上，親自撫育成長，之後就是漫長的等待，等待歷史的一刻到來。
