911事件之後，美國情報部門很快就知道幕後策劃者是本拉登了，當時小布什發誓要將本拉登抓獲，要為死去的數千美國人復仇，當時美國啟動2500萬的懸賞金，對本拉登全面搜捕，這一搜捕持續了十多年時間，到小布什下臺都未能將本拉登抓獲。
2001年之後，本拉登就像從世界上消失了一樣，一直沒有人知道他的下落。後來曾有六次報道，都說本拉登已經被擊斃，但是不斷有本拉登的錄音傳出，證明本拉登並沒有死，這讓美國焦頭爛額。儘管小布什用盡了各種辦法，但始終沒有將本拉登抓獲。
本拉登是沙特的公民，不過後來他沒有了國籍，這樣一個人，也是沒有國家敢收留他的，阿富汗戰爭之後，本拉登通過隱藏的方式，一直逃避美國人的追捕。奧巴馬上臺後，把抓捕本拉登作為國家安全方面的重要工作。不過，奧巴馬上臺後的初期，對本拉登的事情也是一籌莫展，工作並沒有什麼推進，此時美國已經在抓捕本拉登的問題上耗費了九年時間了。
事情發生轉機是在2010年夏天的時候，當時，美國情報部門通過對一名落網的基地分子進行審判，得到了一份祕密情報，該情報稱，本拉登極有可能藏在巴基斯坦西部一棟別墅之內，而且當時還有一位深受本拉登信任的信使被反覆提到，這位落網的基地分子將這名信使的具體情況也告訴了美國人。
讓美國意外的是，本拉登信任的這位信使就是當年策劃911事件的幕後者之一，同時這位信使還是已經落網的哈立德·謝赫·默罕默德的親信，也是基地前三位頭目之一阿布·法拉傑·利比的貼身助手，美國在將這位信使鎖定後，對找到本拉登的行蹤是有很大幫助的。
通過這位情報人員，美國人先知道了本拉登的信使的下落，根據信使的行蹤，美國知道了本拉登的藏身之處，本拉登確實是在巴基斯坦巴波塔巴德附近的一座建築內。不過，當美國鎖定這個建築的時候，發現建築內沒有電話，也沒有任何網絡設備，美國祕密進行偵察的時候，發現這裡的居民不會聚集垃圾，而是將垃圾全部焚燒掉，這更加引起了美國人的注意。
在一切工作準備完成後，奧巴馬與2011年3月命令美國軍方和中央情報局開始對本拉登進行抓捕，為了成功抓捕本拉登，美國方面開展過數次討論，而且海豹突擊隊還進行過演習。2011年5月1日，24名海豹突擊隊成員乘坐直升機，對本拉登所在的建築發動攻擊，突擊隊員用四十分鐘的時間將反抗的本拉登擊斃。
本拉登的遺體被送往卡爾文森航母上，經過DNA檢測確定無疑後，屍體被包裹著投入阿拉伯海海葬了。美國花費了十年時間，終於將本拉登擊斃。本拉登的死並不意味著反恐工作的結束，基地組織現在已經分化成小團隊，繼續在世界各國進行各種恐怖活動。反恐工作依舊任重道遠。
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