艾薩克·牛頓同時代的時候，還有一位大科學家，叫羅伯特·波義耳。
波義耳有一本書，叫《懷疑的化學家》，因此近代化學史的開端，必定要提他和他的這本著作。
但是，近代化學之父，雖說也有推崇波義耳的，但更通行的說法還是這位——
法國科學家，安託萬·拉瓦錫。
或許還可以加上一位，約翰·道爾頓。
拉瓦錫和道爾頓活躍的年份，比波義耳晚了一個世紀還不止。
波義耳與牛頓是非常好的朋友，倆人先後擔任了皇家學會會長。與此同時，他倆還都喜歡鍊金術，經常為此討論，牛頓的心胸不算特別寬，這我們都不避諱，但對於波義耳，他是從內而外地尊重與合作，一方面是波義耳算是前輩，另一方面也是因為，波義耳在化學雛形上的造詣十分高超。
在《懷疑的化學家》中，波義耳很巧妙地設計了幾個角色，對當時的鍊金術、傳統醫學等前化學學科提出了質疑，尤其是關於元素究竟是什麼，他內心並不同意亞里士多德的那一套，也認為鍊金術點石成金之類的目標不靠譜。
但是，這個“但是”很重要，波義耳不敢直接反駁，當時教會的力量非常強大，波義耳也好，牛頓也好，吃的其實還是教會的俸祿，潛移默化中，會去尋找對上帝力量的合理解釋，而不是純粹的科學，眾所周知，牛頓還一度鑽研神學去了。波義耳倒沒有那麼走火入魔，但咱們現在站在後世的視角說，他畢竟也沒有那麼強的革命性。
還有一方面，是當時也沒有可能出現一種可以替代“水火土氣”四元素概念的新理論，實驗科學才剛剛興起，波義耳只能做些氣體實驗，但區分不同的氣體，他其實也無能為力，他就算否定氣體是元素，也提不出空氣是混合物這麼個結論，儘管這結論我們這時代的小學生都知道。可見，他只能懷疑，卻無法提出一套成型的系統。
所以，實驗基礎不夠，近代化學起于波義耳，但卻不能說由他奠基。直到拉瓦錫推翻了燃素，建立起了新的元素概念（也有瑕疵，比如拉瓦錫認為光也是元素），再由道爾頓用邏輯和他不太靠譜的實驗能力建立了原子假說，近代化學才真正出現了。
這樣說來，牛頓為什麼沒有在化學方面有突出貢獻？一是因為術業有專攻，牛頓很偉大，但終究不是全才，在化學知識系統方面，同時代的波義耳更強一些，牛頓雖向他討教不少，卻未曾有所突破；另一點是時代侷限，即便是波義耳的巨大貢獻（波義耳氣體定律至今仍是高中化學知識點），在當時的教會環境和不充分的經驗之下，也達不成劃時代的質變。
化學家和物理學家是兩種天賦
牛頓這個人是很有大宗師風範的，他做的每一項成就都是很基礎的，有廣泛適用性。物理研究的東西可以很宏觀，也可以很微觀，牛頓顯然對自然規律更感興趣，也更有天份。
化學在牛頓時代根本談不上科學，晚牛頓100年的偉大的拉瓦錫，之後的道爾頓才開創了現代化學學科。
牛頓晚年沉迷煉丹術和貴金屬的提煉，比如用黃銅冶煉黃金，留下一大堆化學手稿，現在看來基本就是廢紙一堆。
牛頓化學沒有成就，一是時代背景還沒有成熟，化學反應從最開始就涉及到原子分子，氧化還原這些涉及到物質微觀分析的東西，量子時代才真正說的清。二是牛頓確實沒有天份，比化學之父拉瓦錫差遠了。
