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日軍佔領了孔子的家鄉曲阜時，中國人的目光均放在民族存亡的大事上，對於曲阜的陷落，並不特別關注，日後抗戰史的研究者亦鮮所著墨。不過，英美兩份主流刊物，美國《生活》雜誌和英國《倫敦新聞畫刊》，1938年1月卻從曲阜發出了戰地現場報道，記錄了日軍佔領曲阜的情形。圖為孔子的墳冢。
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美國《生活》雜誌攝影記者沃爾特·博薩德開著他的小汽車，駛進曲阜坑坑窪窪的鄉間小路，車陷泥中，只能以驢代力，慢慢把車從坑裡拉出來。這位美國記者將攝影鏡頭對準了孔廟的各個角落。
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孔廟是古代封建王朝祭祀孔子最大的場所，與北京故宮、河北承德避暑山莊並稱為中國三大古建築群。故宮與避暑山莊是屬於帝王的，而孔廟是屬於孔子的，生前未有帝王之實的孔子在這裡，處處顯示出帝王的尊貴和威嚴。圖為大成殿。
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4.殿內的孔子塑像，全然一副帝王打扮：頭戴十二旒冕，身穿十二章王服，手捧鎮圭，全身塗金。儘管孔子在世時，周遊列國，推廣他的治國方案，但對於急於富國強兵的列國諸王而言，孔夫子禮教之說，形式上歡迎即可，付諸實現，恐陳義過高。儘管如此，漢武帝將儒家思想提到新的高度，漢朝以降，孔子先後被追封為“宣尼公”“先聖”“宣父”“先師”“文宣王”“至聖文宣王”“至聖先師”等等，地位極其崇高。圖為孔子神位
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5.對於象徵孔家文化的衍聖公孔德成，日本人也積極拉攏，而孔德成始終不為所動。1938年1月3日晚，就在曲阜陷落的前一日，蔣介石命令國民黨第二十師師長孫桐萱，率部護送孔德成夫婦離開孔府，前往武漢。在武漢，孔德成發表了抗日宣言。後武漢陷落，又轉往重慶，蔣介石特在歌樂山為其修建了奉祀官府，並且邀他參加國民參政會。圖為孔林。
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日本深受中國文化影響，深知儒家思想的精髓，東京大學教授高田真治曾經上書日本軍部：“山東作戰，如破壞曲阜古蹟，日本將負破壞世界文化遺蹟的責任。”日軍侵略中國時，曾出現一種表面矛盾的現象，日軍視中國人人命如螻蟻，卻又強調保護中國重要的名勝古蹟。圖為孔廟大成殿內景。
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日軍佔領各大城市時，經常貼出保護古蹟的告示。後代史家對這種現象有不同的解釋，其中較常見的是，日軍屠殺中國百姓是為了震懾反抗力量，保護中國古蹟，一是基於對中國古代文化的敬畏，二是為了據之己有。日軍在完全佔領山東之前，提前派先遣部隊進駐“三孔”。圖為英國《倫敦新聞畫報》的報道，孔廟配殿一景。
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1938年1月，曲阜淪陷。日軍進入曲阜後，派兵把守孔廟，組織軍官和士兵進行參拜。直到1945年8月日軍投降為止，曲阜“三孔”在日軍佔領時期沒有受到任何破壞。圖為大成殿一角。
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日軍曾表示，這是由於“日本人對孔子抱有尊敬之情”。對於孟子廟，日軍也採取了保護措施，日軍參拜孟子廟注意事項：一、孟子和孔子一樣，都是中國人人最尊崇的偉人，也是我們日本人精神文化領域的大恩人；二、日本軍人蔘拜孟子廟時，也要像參拜日本的神社、佛寺一樣，遵守注意事項謹慎行動；三、模範的行為能使中國民眾更加親近日本軍隊，這一點千萬不能忘記。圖為日軍侵佔下的曲阜主街道
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儘管如此，日軍並不是對中國大地上的所有孔廟都異常尊敬。除曲阜孔廟之外，中國其他地區的孔廟幾乎都遭到了侵華日軍的掠奪和損壞。譬如，戰爭後期，日軍把騰衝文廟中位於大成殿後面的啟聖宮，也就是供奉孔子父母的地方，改造成專供軍官淫樂的“慰安所”，戰爭即將結束時，這些慰安婦大多被日軍槍殺在騰衝的文廟後面的竹林中，騰衝文廟也毀於戰火。圖為孔廟景觀。
