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歷史上南京既受益又罹禍於其得天獨厚的地理位置和氣度不凡的風水佳境，過去曾多次遭受兵燹之災，但亦屢屢從瓦礫荒煙中重整繁華。且在中原被異族所佔領，漢民族即將遭受滅頂之災時，通常漢民族都會選擇南京休養生息，立志北伐，恢復華夏。
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大明、民國二次北伐成功；東晉、蕭樑、劉宋三番北伐功敗垂成。南宋初立，群臣皆議以建康為都以顯匡復中原之圖，惜宋高宗無意北伐而定行在於臨安，但迫於輿論仍定金陵為行都。
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太平天國以南京為都，也以驅除異族統治為動員基礎和合法性之一。所以南京被視為漢族的復興之地，在中國歷史上具有特殊地位和價值。
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故朱偰先生在比較了長安、洛陽、金陵、燕京四大古都後，言“此四都之中，文學之昌盛，人物之俊彥，山川之靈秀，氣象之宏偉，以及與民族患難相共，休慼相關之密切，尤以金陵為最。
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明代中葉，南京城人口達120萬，成為當時世界上最大的首都。萬曆年間，西方傳教士利瑪竇遊歷中國後，在《利瑪竇評傳》中寫到：“目睹南京這座大城，未免眼花繚亂…明代的南京城極其雄偉壯觀，堪與十六世紀的歐洲任何最大的首都相比擬。本朝開國皇帝洪武把它造成奇蹟，東方所能見到的一切都無法望其項背。
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1645年，清軍兵臨江南，攻陷南京後遂即廢除國都地位，改應天府為江寧府，成為江南省省府。南京成為統轄今江蘇（含上海）、安徽和江西三省軍民政務的兩江總督都署駐地。在經濟方面南京也具有相當的重要性，在南京設立的規模龐大的江寧織造府，生產絲織品以供應皇家需求。
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1911年12月29日，起義的17省代表在南京選舉孫中山為臨時大總統，中華民國建立。1912年元旦，中華民國臨時政府在南京成立，孫中山宣誓就任臨時大總統。1927年3月24日，國民革命軍北伐攻克南京。4月18日在成立南京國民政府，定南京為首都。
