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明洪武二十年（1387年）在嘉禾裡西南端築“ 廈門城 ”——意寓國家大廈之門，“廈門”之名自此列入史冊。康熙二十三年（1684年），設立閩海關廈門口，1685年5月正式對外辦公。
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乾隆二十二年（1757年），實行廣州一口通商，關閉包括廈門口的其他海關。鴉片戰爭期間，1841年（道光二十一年），英軍攻陷廈門，霸佔道署，1845年將其拆毀，改建為英國駐廈門領事館。1863年（同治二年），清朝收回道署舊址。
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鴉片戰爭後，廈門港成為中國最早開放的五個口岸城市之一，來自周邊泉州、漳州等地的民眾開始湧入廈門，融合了泉州話和漳州話特點的廈門話於此時開始形成。1852年，在廈門設英租界。1902年，鼓浪嶼成為公共租界。
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鼓浪嶼開拓於宋末元初，原名“ 圓沙洲 ”、“ 圓洲仔 ”。明朝改稱“鼓浪嶼”。鄭成功曾以此為軍事據點屯兵操練，對抗清兵。目前日光巖上尚存有當時建造的水操臺、石寨門故址。
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鴉片戰爭時期，英軍曾佔領鼓浪嶼，直到1845年撤軍。1843年後，廈門根據《中英南京條約》開闢為通商口岸。中日甲午戰爭以後，日本佔領臺灣，為避免日本進一步覬覦廈門，清朝政府決定請列強“兼護廈門” 。
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1902年1月10日（光緒二十七年十二月初一日），英國、美國、德國、法國、西班牙、丹麥、荷蘭、瑞挪聯盟、日本等9國駐廈門領事與清朝福建省興泉永道臺延年在鼓浪嶼日本領事館簽訂《廈門鼓浪嶼公共地界章程》。
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鼓浪嶼成為公共租界，次年1月，鼓浪嶼公共租界工部局成立。在此前後，陸續有英、美、法、德、日等13個國家先後在島上設立領事館。這段時期，有很多傳教士來到鼓浪嶼，他們建立的學校對中國現代教育有重大影響。
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1935年2月7日，國民政府行政院核准廈門設市。4月1日，廈門市政府正式成立，直屬福建省政府，廈門市是福建省第一個設市的城市，比省會福州早了11年。1938年5月13日，日軍攻佔廈門，廈門全島淪陷。
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抗日戰爭勝利後，民國政府收回鼓浪嶼，恢復廈門市政府建制。1949年09月，同安縣、廈門市分別解放，同安縣屬第五專區（1950年改泉州專區、晉江專區），廈門為福建省轄市。1994年02月，國務院批准廈門市行政級別升格為副省級。【廈門鼓浪嶼，1880年至1890年。攝影：Oswald】
