周瑜在東吳政權的地位是比較特殊的，從孫策時期就已經加入東吳陣營，而且地位比較高。
一定意義上，可以說他是孫策創業的合夥人，而不是普通的下屬。原因很簡單，他是帶資入股的，來的時候自己就帶了一部分人馬。
孫策留給孫權的班子是，他父親孫堅時期的一部分老臣，以及他在江東創業期間招攬的文臣武將。而在孫策自己招攬的文臣武將之中，周瑜在孫策還在世的時候，地位就已經非常高了，遠在其他文武臣僚之上。
孫策臨死時，給孫權的遺囑是“內事不決問張昭，外事不決問周瑜”。這不僅是因為周瑜比較有主意，能力強，也是因為周瑜實際上是孫策時期加入孫氏陣營的文武臣僚的領袖，重要將領都會唯他馬首是瞻。周瑜的態度，可以影響其他將領的態度。
孫權繼位時年齡還很小，沒有能力獨自執掌東吳內外大局，所以必須在內部事務上依賴張昭的協助，而在對外事務，尤其是軍事問題上，必須得到周瑜的支持。而在這樣的亂世之中，槍桿子顯然比筆桿子更重要，能否掌握得了軍隊，會直接決定自己能否順利繼承全部權力。
託孤在三國時期是一個很有意思的話題。劉備託孤給諸葛亮，結果是蜀國“政由葛氏，祭則寡人”，只是諸葛亮的兒子年齡太小，沒有能力繼承諸葛亮的權力。司馬懿是曹丕、曹叡兩代皇帝的託孤大臣，結果他發動高平陵之變，控制了曹魏政權，兩代之後篡位自立。孫權死後，諸葛恪也成為執掌東吳內外事務的權臣。
這時候，孫策等於託孤給張昭和周瑜。稍微不同的是，周瑜這時候領兵在外，並沒有當面託孤。孫策死後，周瑜也長期率兵在外，內政事務則由張昭協助處理。孫權則還處在實習期，才剛開始學習處理內外事務。
霍光是漢昭帝的託孤大臣，漢昭帝曾說，他對霍光是很害怕的。孫權這時候的情況與漢昭帝還不同，因為孫權割據江東，軍事上要有所作為，還必須依賴周瑜。但同時，作為君主，軍隊不能完全由自己掌握，而必須通過別人去指揮，顯然也是讓他感到壓力比較大的一件事。如果他和周瑜出現意見分歧，周瑜一怒之下，率軍而來，他就很尷尬了。
所以，這時候孫權對周瑜的感情是比較複雜的，一方面時如芒刺在背，必欲取之而後快，但另一方面又不得不依賴周瑜來抵抗來自外部的軍事壓力，以及彈壓東吳的各級將領。
到赤壁之戰前東吳君臣關於戰與降的討論的時候，這個問題就暴露得比較清楚了。在周瑜回來之前，東吳內部存在投降與抵抗兩種意見，而且主降的還是孫策託孤的另一位重臣張昭。
張昭這時候為什麼主張投降呢？魯肅說得對，孫權投降了就不能南面稱孤了，而張昭、魯肅這樣的地方豪族不管跟誰混，只要想統治這個地區，都必須得依靠他們，反正他們都是當臣子，給孫權當臣子也是當，給曹操當也是當，沒什麼太大分別。
除此之外，還有一個重要原因，張昭的態度實際上反應了東吳不掌握軍權的文臣們的主流態度。因為他們是文臣，不掌握軍隊，而在軍事壓力比較大的情況下，他們的重要性遠不如掌握軍權的將領們。但是，只要進入和平時期，他們的地位會比武將上升得快很多。
東吳一旦決定與曹操正面開戰，那麼東吳的所有資源都必須服從於軍事需要，而這個戰爭必然會交給周瑜指揮，那麼張昭的地位自然而然的會下降。
所以，張昭選擇了勸孫權投降。
更有意思的是，這時候孫權其實已經打定主意要抗曹了，魯肅說的道理他自己早就懂了。但在魯肅說出來之後，他馬上表示同意，卻仍然不是最後決定，而是要等待周瑜回來之後再做最後決定。
周瑜回來之後，文官勸降，武將主戰，各不相下。可以想象一下，這時候孫權內心的陰影面積有多大。名義上孫權是東吳之主，但在如此重大的事情上，自己的文臣武將卻要勸周瑜來拿主意，那麼，東吳到底是誰說了算，是孫權還是周瑜？
但同時，孫權也很清楚，無論是戰是降，周瑜的決定都是決定性的。即便孫權自己已經打定主意要戰，也必須爭取到周瑜的支持，才有可能付諸實施。
周瑜的選擇自然是非常正常的，主戰。但他在見到孫權之前，裝作非常淡定的樣子，虛懷若谷，虛心聽各方面的意見，並沒有明確表態到底是主戰還是主降。見到孫權之後，才終於明確表態，他本人是主戰的。這是符合周瑜的利益，也符合孫權利益的選擇。
赤壁之戰後，周瑜在東吳的聲望和地位更加水漲船高，但周瑜此時畢竟年齡並不大，才只有36歲，仍然可以從容地為東吳的整體利益服務。而孫權則在此期間，逐步調整和培養他更能夠控制的將領，來掌握軍隊。
可以想象一下，如果周瑜沒有早死，而是孫權早死，東吳出現一個幼年即位的主公，而周瑜別說像司馬懿那樣長壽，哪怕只是活到五六十歲，他的兒子都已長大成人，吳國是否還能繼續姓孫，就很成問題了。
孫權運氣好的地方就在於，他的健康狀況不錯，很長壽，而周瑜卻短命，才36歲就去世了。周瑜去世之後，孫權才終於完全掌握了東吳的內外權力，他自己提拔起來的呂蒙等將領也已經在軍中嶄露頭角，他本人也通過幾次抗曹和圍攻合肥，積累了更多的政治和軍事經驗，已經成長為一個成熟的君主。
周瑜死後，孫權一度給周瑜很高的評價，給予各種豐厚待遇。但是，在對待周瑜的孩子的問題上，孫權就暴露出了他內心對周瑜的另一面，周瑜的兩個兒子，長子周循早亡，次子胤因罪被貶，還是諸葛瑾等人後來求情，才準備啟用，結果周胤死了。
周瑜的侄兒周峻也因為周瑜的原因，被拜為偏將軍。周峻死後，全琮推薦周峻的兒子周護為將，孫權表示很生氣，直接說：“昔走曹操，拓有荊州，皆是公瑾，常不忘之。初聞峻亡，仍欲用護，聞護性行危險，用之適為作禍，故便止之。孤念公瑾，豈有已乎？”
就是說，這時候孫權不同意用周護為將，但又要向全琮等人表態，不是不念周瑜的功勳了，而是因為周護“性行危險”。但這樣的辯解顯然很無力，恰好說明孫權當時已經很清楚的知道，文武臣僚中間不少人認為，孫權對周瑜過於刻薄寡恩，不念周瑜的功勳了。