宋代人多將其製成散劑服用，於是稱為“藿香正氣散”。藿香正氣散在服用時要加生薑3片、大棗1枚，同煎後才能服用。為了解決服用不便的缺陷，後來的醫學者將藿香正氣散製成了丸劑，有蜜丸、水丸兩種，稱為藿香正氣丸，取代了藿香正氣散。但丸劑服用量大，口感也不太好，隨著中成藥製劑技術的發展，近年又製成了藿香正氣水、藿香正氣液、藿香正氣軟膠囊等多種製劑，其不同製劑各有優勢。
藿香正氣丸：特點是藥效持久，但吸收比較慢，服藥量相對較大，多用於一些成人慢性病的調養。
藿香正氣顆粒劑、沖劑：特點是作用迅速，味道可口，體積較小，服用方便等。其抗病毒能力優於丸劑。
藿香正氣液：將藥物煎煮去渣取汁後製成的液體劑型，其特點是吸收快，迅速發揮藥效。藿香正氣液不含酒精，口感好，便於小孩服用，適宜於不喜就為及對酒精過敏者。
藿香正氣水：由於煮及酒浸製而成，有效成分含量高，療效好，服藥劑量相對較小，作用發揮迅速。但口感較差，對酒精過敏或不能飲酒者慎用，小兒、孕婦應慎用。
藿香正氣片：用量準確，體積小，易於服用。但含揮發性成分的片劑，儲存日久含量會下降，影響療效的發揮。
藿香正氣軟膠囊：在胃腸道種崩解快，療效較丸、片劑吸收好，含油量高，穩定性好，劑量準確，兒童服用尤為方便。
藿香正氣滴丸：生物利用度高，起效快，口感舒適，對胃腸道無刺激，符合現代中藥標準，確保產品之療效。
值得注意的是：症狀較重的患者初次用藥時，可適當加大劑量；有發熱的感冒患者，服藥後可多喝熱水或用點發汗藥來幫助發汗。服用藿香正氣膠囊時，可用針在囊壁上刺幾個小孔，利於吸收。服藥期間不宜同時服用滋補性中成藥。有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者、孕婦或正在接受其它治療的患者，均應在醫師指導下服用。
藿香正氣膠囊和軟膠囊的藥效均不及藿香正氣水，但易服用、吸收快、攜帶方便，符合現代生活方式，對於懼怕中藥苦味的人來說比較合適。
總體來說，選擇藿香正氣類中成藥，在體質允許的情況下，最好選顏色深、氣味重的藿香正氣水，因為中藥的藥效離不開其性味，沒有了藥味，藥效也就相對打了折扣。
藿香正氣口服液是藿香正氣水的換代產品，不含酒精，口感好，對腸胃無刺激，藥效介於水與丸、散劑之間，尤其適合老人、婦女及兒童服用。
藿香正氣滴丸相比之下更趨現代化，是中藥新劑型，保留了易揮發的有效成分，口服後約6分鐘可溶解吸收，具有高效速效的特點，能作為急救藥品使用，多用於中暑、胃腸型感冒等。