1959年，黃仁宇先生在密支根大學歷史系讀書，選定了“明代的漕運”作為博士論文的題目。這一研究過程花了5年。論文完成後，為了解決自己的困惑，並圖對明代的財政與稅收窺其全豹，黃仁宇先生開始收集材料，撰寫Taxation and Governmental Finance in 16th Century Ming-China 一書。之後為《萬曆十五年》收集材料，參考各地方誌，搜尋國內外有關的新舊著作等，該書從計劃撰寫到殺青定稿，歷時7年，1974年由英國劍橋大學出版。
結論從材料中來。多年以來摸索於材料之中，使作者對明史中的若干方面形成了自己初步的看法，開始擺脫了人云亦云的束縛。
比如，過去關於明史的敘述，幾乎無不有“稅重民窮”的說法。如果意在說明當日的官僚貪汙百出，無力的百姓被攤派的賦役過重，富者愈富，貧者愈貧，這可以言之成理。要是認為全國稅收總額過高而導致百姓貧困，則與事實有所出入。16世紀末，全國田賦額最重的為南直隸蘇州府，約佔農村收入的20%。此外各府縣一般都在10%以下，其中又有輕重的不同，山東曹縣全縣的賦役約佔農村收入的9% ,去蘇州不遠的溧陽縣，情形就更為奇怪，約在1%至5%之間。而以比例而言，與此同時的日本大明政權，稅額佔收入的50%。以總額而言， 17世紀末期的英國，人口為5,000,000，稅收每年竟達7,000,000英鎊，摺合約銀兩千餘萬兩，和人口為30倍的中國大體相埒。據此而做進一步探索，可知民窮的根本原因不在國家的賦稅過重，而端在法律的腐敗和政府的低能。國家的稅率低，受惠者並非農民，只是鼓勵了大小地主加重剝削以及官僚鄉里額外加徵。
中國幅員廣大，情形複雜。明朝採取嚴格的中央集權，施政方針不著眼於提倡扶助先進的經濟，以增益全國財富，而是保護落後的經濟，以均衡的姿態維持王朝的安全。這種情形，在世界史中實屬罕見，在中國歷史中也以明代為甚，而其始作俑者厥為明太祖朱元璋。下面一例可以作為管中窺豹。洪武二十一年（1388），朱元璋親自指示，讓人民納稅實物不入倉庫，直接供應于軍事的家庭，軍事則不再發給軍餉，並規定先在應天府抽派若干稅民，和金吾衛的五千軍士對口。實驗一年以後，朱元璋認為成績良好，乃通令全國一體實行。這一辦法之脫離實際，窒礙難通，自不待言而自明，於是只好虎頭蛇尾，銷聲匿跡。這種安排雖然不再執行，但與之相適應的其他經濟措施，則依然危害極大。如果軍需稅收總收總髮，國內的交通通訊必然相應而有較大的進步，次之則銀行業、保險業就會應客觀的需要而產生，商業組織和法律也會有所發展。各地區既互通有無，以後就可以分工合作，各按其本地的特殊情況而發展其生產技術。西歐各國在14世紀已經朝著這個方向前進，日本在德川幕府末期，亦復如是。而明代的財政稅收制度則和民間經濟的發展相脫節。萬曆二十年（1592），北京的宛平縣知縣沈榜聲稱，他每年要向27個不同的機構交款總數則不出白銀兩千兩了。與此相似，全國佈滿了這短距離的補給線，此來彼往，側面收受，既無架構，而提出的統計數字，經常為一紙具文，以致發生了上述稅率層次不一的現象。這種維護落後的農業經濟、不願發展商業金融的做法，正是中國在世界範圍內由先進的漢唐演變為落後的明清的主要原因。
明代萬曆年間，中國的封建經濟已向資本主義經濟發展。資本主義是一種組織，一種系統。即馬克思在《資本論》第二卷中論述資本主義的流通方式，其公式以為C-M-C，即商品(Commodity)交換為貨幣(Money)，貨幣又再交換為商品，川流不息。但是貨幣是一種公正的制度，它把原來屬於公眾的權力授予私人。私人資本積累愈多，它操縱公眾生活的權利也愈大。同時，商業資本又是工業資本的先驅，商業有了充分的發展，工業的發展才能同樣的增進。這是歐美資本主義發展的特徵。中國的傳統政治既無此組織能力，也絕不願私人財富擴充至不易控制的地步，為王朝的安全之累。
明代張瀚所著的《鬆窗夢雨》中，記載了他的家庭以機杼起家。中外治明史的學者，對這段文字多加引用，以說明當時工商業的進步及資本主義的萌芽。其實細閱全文，即知張瀚所敘其祖先夜夢神人授銀一錠、因以購機織布云云，乃在於宣揚因果報應及富貴由命的思想。姑不論神人授銀的荒誕不經，即以一錠銀而論，也不足以購買織機，所以此說顯然也不能作為信史。
同時代的書法家王世懋，在《二酉委談》中提到江西景德鎮燒造瓷器，火光燭天，因而稱之為“四時雷電鎮”。當代好幾位學者據此而認為此即工業超時代發展的徵象。實則王世懋的本意，是在於從堪輿家的眼光出發，不滿當地居民穿鑿地脈，以致沒有人登科中舉；而後來時局不靖，停窯三月，即立竿見影，有一名秀才鄉試中式。
作者認為，中國兩千年來，以道德代替法治，至明代而極，這就是一切問題的癥結。寫作《萬曆十五年》的目的，也重在說明這一看法。
以上觀點轉述自黃仁宇《萬曆十五年》自序