太平軍自桂林撤圍後，毫不費力地佔領了興安，然後分水陸兩路兵馬大張旗鼓殺奔全州，約在四月十五日抵達全州。此時，守城的全州知州曹燮培、參將楊映河帶領著500人鎮守城池，湖南寶慶的協都司武昌顯也率有兵丁400人奉調入桂，兩者共計約900人，兵力異常空虛。為固守城防，曹燮培招募有民團，並強徵婦女上城熬粥，釋放出城裡的囚犯來與太平軍對戰，總兵力有1000餘人。

實際上，當時太平軍並沒有要攻打全州的打算，打算和平過境，迅速擺脫追兵，陸路軍只繞城而過，水軍前鋒已經到達了全州鎮的蓑衣渡。全州守軍也不敢出城挑釁。太平軍前隊已過多時，可是偏偏有一個守城的清軍不識時務，自恃有從桂林跟隨而來的援軍，因而挑起戰端。

其時，南王馮雲山正坐在部屬抬著的一乘黃轎上路過全州城外，全州一炮兵看見後隊有一黃轎，知道是太平天國的巨頭，忍不住向黃轎放了一炮。這個炮兵確實是一個神炮手，僅一炮即命中了黃轎，轎內的南王馮雲山被清軍開炮打成了重傷，這炮打得太過犀利了，這還了得，天王洪秀全也被這一炮極大地激怒了，致使太平軍全軍都悲憤不已，洪秀全、楊秀清決定命令回師攻城復仇，已過境的前隊紛紛開回，定要血洗全州，於是楊秀清下令所有太平軍人馬回師攻打全州城。

太平軍在全州城先是從東、西、南三面對城池進行圍攻，全州城的守軍雖不多，但城牆堅固，西面城牆高有一丈五六，東面城牆也高達丈二三，城牆上每隔二、三十步遠就有一個可住十人的小房，城門是用石頭築成的，加上守軍準備充足，又釋放有囚犯出來作戰，在城上又有強徵的婦女幫煮粥熬桐油，桐油中和上松脂或大糞，以至太平軍多次使用呂公車、雲梯攻城都被清軍擊退，守城的清軍將滾燙的桐油稀粥往下潑，或浸泡竹筒將滾熱的桐油射到攻城的太平軍身上，受傷的太平軍皮肉腐爛不堪，卻無藥可醫，因此死傷非常之多，太平軍圍攻了10日，仍沒有將全州城攻破，太平軍為此發誓，破城之後要蕩平全州城，不留任何一個戰俘。

其時，從桂林一直尾隨太平軍的清軍提督餘萬清、劉長清則率領著萬餘清兵，因懼怕太平軍聲勢，駐紮在全州城西門外，為保住自身性命，一直在城西的魯板橋和城北的太平鋪兩地觀戰，始終不敢和太平軍接仗。曹燮培見孤城危在旦夕，先後三次用血書向餘萬清和劉長清救援，但餘萬清和劉長清一直都置之不理。因城裡的清軍的守城人數有限，隨著太平軍不斷的加緊攻勢，已感到無力支撐了。這時，駐紮在全州江西會館的太平軍，利用門前的戲臺窗眼，架設炮位將炮彈打進全州城裡，守城清軍見有炮彈飛來，一直不敢抬頭，太平軍開始趁清軍顧不上這裡看守的時候，開始組織人馬挖掘地道。

1852年4月16日地道得以掘成，太平軍即用棺材裝滿16擔火藥埋入城牆底下，隨著“轟隆”一聲巨響，城牆被炸開二丈有餘，太平軍乘著硝煙瀰漫之際，發起了衝鋒，一舉攻入了全州城內，入城後馬上開始四處搜索敵人，大開殺戒，當場就擊斃了千總葉永林，把總張之福、前州牧瑞麟。知州曹燮培在城還沒有破時就蜷縮在城東義倉底之下，被太平軍搜出後當場殺死，太平軍入到全州城後這一通斬殺，到第二天中午才收手，破城之後，1000多名守軍無一生還。

攻克全州城後，太平軍在城內休整了三天，然後分水陸兩路大軍繼續向湖南永州進發。

對於“太平軍血洗全州城”一說，流傳甚為廣泛，在民間也有不同的說法。

據清人的記載，太平軍曾經在全州進行屠城：“全州破，賊屠之，男女死者六千四百餘人”，“積屍塞途，三日不盡”。

據考證，全州之戰前，清軍已經開城讓百姓從小南門逃出，城內的老百姓也只剩下1000多人。先前出城的老百姓肯定都已平安地從太平軍嚴密設防的陣地穿行離開，不可能會有6000人遭到屠殺。

清軍在戰後點齊共有1000多具屍體，其中有七八百具屍體是清軍士兵留下來的，可見當時並沒有多少非戰鬥人員被太平軍所殺，從守軍的人數就可以看出全州並無屠城事件。

據《全州縣誌》載，當時，城內有兵丁約500人，湖南寶慶協都司武昌顯奉調入桂，所率兵丁有400人，兩者相加約900人。為固守城防，曹燮培急忙招募民團，並強徵婦女上城熬粥，釋放出監獄中的囚犯一併出來助戰，總兵力達1000餘人，與太平軍殺死的守城人數相當。

“屠城”一說是清軍醜化太平軍的說法，或者是針對守城的清軍文武官員和助守城池之人而言。

所以當地的老人認為，那些守城的清軍被殺，是罪有應得的。事實上，為避免傷及老百姓，大戰前太平軍就放出了風聲，凡是老百姓從小南門出逃的人，都不殺，所以，戰時城內基本上沒有什麼老百姓了，以致如今的當地老百姓，還有將全州小南門稱為“生門”的說法。而太平軍入城之後，雖燒盡了豪強地主的住宅和當鋪，但並沒有燒燬民房住宅，甚至連衙門也沒有燒。由此可以看出，太平軍“屠城”的真相併非清人所言有6400人之說。

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