袁世凱死後，北洋集團迅速瓦解，分化出了皖系、直系和奉系三個勢力最強的軍閥。在剛開始的時候，皖系的勢力最大，因為其首領段祺瑞是安徽人，故稱之為皖系。皖系軍閥的主要將領包括靳雲鵬、徐樹錚、盧永祥等。
袁世凱當政期間，段祺瑞曾一度代理國務總理並長期出任陸軍總長一職，獨攬軍權，後來因為聲望日隆受到袁世凱的猜忌，逐漸被邊緣化。袁世凱死後，被架空的段祺瑞東山再起重新擔任了國務總理兼陸軍總長，並以北洋集團中僅次於袁世凱的二號人物在內部網羅各方力量。
在全國的各省中，皖、魯、浙、滬、閩等地方軍閥都是段祺瑞的鐵桿嫡系，而晉系的閻錫山、川系的劉存厚在政治上也甘願追隨段祺瑞，這些軍政勢力以段祺瑞為核心，逐漸形成了一支獨立的軍閥勢力——皖系。
1916年到1920年的四年多時間內，皖系控制著北京政府，掌控陝西、山西、安徽、山東、浙江、福建、甘肅、新疆等省份以及熱河、察哈爾、淞滬所轄區域。而皖系直接掌控的軍隊為9個師和14個混成旅，此外，皖系所屬的地方兵力還有2個師、2個暫編師、1個旅、7個混成旅，以及一個安武軍和一個定武軍，如此雄厚的勢力加上外部還有日本的支持，皖系成為了名副其實的老大。
段祺瑞控制北京政府期間，政局混亂，先後出現了“府院之爭”、“張勳復辟”、“護法運動”、“五四運動”等鬥爭。張勳復辟失敗後，直系首領馮國璋出任代理大總統，直系的勢力也開始染指和掌控北京政府，皖系和直系的暗中較勁便開始了。
在軍事上，皖係為了清除異己，大肆向日本借款和購買軍火，採取武力統一的政策，與西南軍閥進行了長期的混戰，1918年，皖系主導的北京政府與日本簽訂了《中日共同防敵軍事協定》，由日本提供軍事訓練和裝備，編練了3個精銳師。
為了擴大地盤和增強實力，段祺瑞還組建了西北邊防軍，由皖系得力干將徐樹錚親領，為皖系開闢新疆、蒙古等新地盤。
政治上，皖系奉行的是親日賣國的外交政策，1919年的五四愛國運動使皖系主導的北京政府聲名狼藉。此外，段祺瑞還通過收買政客，組成“安福國會”操縱選舉，將馮國璋拉下馬，把徐世昌推上了總統寶座供其操控。在政治鬥爭中，皖、直的矛盾隨著馮國璋的下臺日益加劇。
1920年，皖系與直系爆發了直皖戰爭，段祺瑞組建了5個師和1個混成旅的定國軍參加戰鬥，但是由於奉系的加入，直奉實力壓倒了皖系，這場戰爭只持續了幾天時間，段祺瑞一手打造的皖系便被打敗了，戰敗後皖系的軍隊被直系收編，皖系軍閥從此一蹶不振。
經過直皖戰爭後，直系的實力大增，從而成為新的霸主，不過直系的日子過得也不舒坦，由於篇幅有限，關於直系的是是非非下次再單獨和各位閒聊。
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