公元一二五九年，鐵木真的孫子蒙哥在釣魚臺與敵軍作戰的時候死去，消息來得太突然，而此時的汗位屬於誰還沒有確定。
汗位的空缺導致了國內的極不穩定。
公元一二六零年春，忽必烈召開蒙古貴族會議，在會上宣佈繼承汗位。同年4月，忽必烈的弟弟阿里不哥在一眾人的支持下，在和林這個地方也宣佈自己為蒙古大汗。於是，蒙古在同一年間就出現了兩個最高領導人，在接下去的四年間，兩兄弟之間爆發了數次的汗位爭奪戰，最終，以忽必烈的勝利宣告結束。
在戰爭剛開始的時候，主動權其實掌握在弟弟阿里不哥的手中，大多數的漠北軍隊都歸屬於他的陣營。相比之下，忽必烈的軍隊僅有漠南的一支和一些的世侯部隊，力量對比上，忽必烈自然處於絕對的劣勢。
不僅在軍事力量方面，在政治合法性的對比上，兩人也有明顯的差距。雖然都是經過族內貴族會議推選出來的，但是，因為阿里不哥處在蒙古的中心地帶，中心地帶有著數量眾多的宗親王室。所以，在參加推選大會的時候，阿里不哥的這一方，有更多的皇室宗親參加，比如窩闊臺一族、蒙哥一族、察合臺一族等都是支持他的。
因此，從這兩個層面上來說，在戰爭剛開始的時候，阿里不哥是佔有絕對優勢的，他的繼承更具有政治上的合法性。但是，打贏戰爭並不是只靠佔據這兩個優勢就可以的。在其它方面，比如經濟、戰略、人心等，忽必烈做得比他的弟弟好得多的多。
所以，這也決定了忽必烈可以最終贏得這場兄弟之爭。
經濟層面上，阿里不哥的根據地在漠北的草原地帶，雖然軍隊數量大，但是，由於地理環境的因素，這個地方常年乾旱無雨，土地貧瘠。這樣的土地上自然就無法生產軍隊所需的大量物資，因此，阿里不哥的軍隊難以實現自給自足。
相反，處在較南端的忽必烈依靠其所擁有的農耕地，獲得了大量的物資資源和財富，向在前線作戰的部隊輸送源源不斷的軍需，免去了前線戰士的後顧之憂，穩住了軍心。最終，阿里不哥的物資難以自給使得他在經濟層面上處於劣勢。
戰略方面，阿里不哥因為長時間駐紮在漠北，缺少作戰經驗，忽必烈則長期統治著漢地，在長年累月的作戰生涯中積累了豐富的作戰經驗和軍事策略。俗話說，師出有名，在戰前，忽必烈就聲稱他的弟弟謀反，自己攻打弟弟是有合法性的。
在對待南宋的策略上，兩人也是大相徑庭。阿里不哥對南宋持不友好的政策態度，不斷的向下侵犯漢地，這就引起了南宋方面的不爽。相反，忽必烈重視修繕和南宋的關係，他主動重用了一批漢人，派使者前去南宋談判，努力改善和南宋的關係。
這樣一樣，忽必烈就可以集中精力去對抗自己的弟弟，而不用擔心南宋方面的軍事力量。此外，他還注重拉攏蒙古貴族以獲得他們的支持。
人心方面，阿里不哥不懂得拉攏人心，他在部隊裡不顧軍風軍紀，整日沉迷酒色，還隨意的殘殺士兵和民眾。這樣一來，阿里不哥就逐漸失去了部分將士的支持，甚至，有士官帶領部隊投向了他的哥哥。相反的，忽必烈深知人心齊、泰山移的道理，他利用以漢治漢的策略穩固漢地。積極的採取底下人的建議，同時注重鼓舞將士，使得士兵們都源願意捨身追隨他。
甚至，在攻下阿里不哥的根據地後，他採用安撫的策略，很快阿里不哥的勢力土崩瓦解。為時四年的戰爭就這樣結束了。
忽必烈在這次的兄弟之戰中獲得了勝利，一方面鞏固了自己在國內的位置，制止了蒙古一些貴族企圖用蒙古的制度來治理漢地的陰謀。另一方面上，這場來自於蒙古內部的兄弟相殘，使得蒙古國的內耗加劇，帝國的崩潰被加速了。
自此，強盛一時的蒙帝國不再是一個統一的政治實體了。
早在蒙哥統治的時候，他的兩個兄弟的兩系就已經不是那麼團結了，忽必烈和阿里不哥之間的戰爭使得這種趨勢更加強烈，帝國表面上看起來還很強大，實際上核心早已面臨瓦解。在國內出現多股勢力，既有阿里不哥的勢力，也有忽必烈的，還有兩邊都不沾邊的勢力。
遙想當年，鐵木真的鐵蹄能夠踏平亞洲，橫掃歐洲，建立強盛一時的帝國，憑的不就是蒙古各族擰成一股繩的力量嗎？
但是，話又說回來，阿里不哥兵敗被囚禁，這不得不說是漢人的不幸，因為和信奉漢法的忽必烈相比，阿里不哥頂多是多佔些土地，多荼毒一些百姓，但是，他絕對不可能滅了南宋。
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