從公元11世紀末到13世紀末對於是伊斯蘭教來說，可能是最黑暗的兩百年。先是歐洲基督徒發動了著名的“十字軍東征”，後又有來自蒙古的致命打擊。
在十字軍近兩百年的持續打擊下，伊斯蘭教世界許多城市化為灰燼、農村蕩然無存。然而當蒙古人在東方崛起後，他們騎著快馬，拿著彎刀，走到哪裡就打到哪裡。中亞布哈拉的清真寺被當成蒙古人的馬廄；撒馬爾罕的百姓不是被屠殺殆盡，就是被掠為奴隸；花剌子模更是被從地圖上抹去。
然而到了13世紀末，形勢卻發生了巨大的變化。最後一批十字軍被趕下了海，企圖摧毀伊斯蘭教的成吉思汗的子孫們在不到200年的時間內，全部變成了虔誠的穆斯林。金帳汗國率先布伊斯蘭教為國教，成了伊斯蘭教的保護神。
金帳汗國的創始人拔都並不是一位穆斯林，僅僅因為他較好地貫徹了成吉思汗“對各宗教一視同仁, 不分彼此”的政策，反而成為穆斯林的最好的朋友。波斯史學家評價其為：
“（拔都）是一個無宗教信仰的國王：他僅信仰天神，不盲目地歸依這派那教。他的施捨無數，他的恩澤無窮。各國的國王、四海的諸侯，及其他所有人都去朝見他，就在把他們多年積存的貢禮運進府庫之前，他已把它們統統賞給了蒙古人、穆斯林及一切在場者，不管貢物是多是少……”
不管穆斯林學者對拔都有多少溢美之辭，但拔都依然是薩滿教的忠實信徒，而且對於征服區內的其他宗教也同樣友善，比如羅斯大主教、教士、修士等基督徒偶讀可以免徵商稅和貢稅。
不過拔都的寬容讓伊斯蘭教有了合法的地位和傳播的土壤，從這個意義上來說，拔都對伊斯蘭教的貢獻是巨大的，畢竟在蒙古人到來之前，很多區域都已經接受了伊斯蘭教。
拔都去世後，蒙古大汗蒙哥任命拔都之子撒裡答繼位。撒裡答是位虔誠的基督徒，但他在返回薩萊（金帳汗國國都）接掌汗位的途中病逝，蒙哥隨即又任命拔都的幼子烏剌黑赤繼位。不料僅同年烏剌黑赤又病死在汗位上，於是金帳汗國的汗位最終落到了拔都的弟弟別爾哥手上。
別爾哥的封地靠近波斯，不僅治下百姓大部分是穆斯林，手中還掌握著三萬穆斯林軍隊。撒裡答和烏剌黑赤死得過於蹊蹺，中外史學家都認為別爾哥很可能是藉助了伊斯蘭教的勢力陰謀奪權。歷史上蒙古王公靠宗教勢力奪權的例子比比皆是，比如金帳汗國後來的月即別也是如此。
蒙哥汗在位時，其弟旭烈兀發動了蒙古第三次西征。旭烈兀的妻子是基督徒，蒙古大軍在攻陷巴格達時對穆斯林進行了慘無人道的屠殺，並聯合基督教共同打擊伊斯蘭教勢力。旭烈兀攻佔波斯後，立刻出兵敘利亞，希望以此打開通往埃及之路。
埃及的馬穆魯克王朝感到了極大的威脅，埃及蘇丹選擇了與金帳汗國的別爾哥結盟。1262年，別爾哥的軍隊在高加索地區大敗旭烈兀，迫使其對敘利亞的征服以失敗告終。金帳汗國以穆斯林的保衛者出現後，首都薩萊吸引了伊斯蘭各教派人士前往，從而又加速了金帳汗國的伊斯蘭化。
月即別汗在依靠宗教勢力成功篡位後，伊斯蘭教正式成為金帳汗國的國教。金帳汗國皈依伊斯蘭教的時間雖然早於伊爾汗國和察哈臺汗國，但他們伊斯蘭化的程度卻是最淺的，草原上的牧民仍舊信仰長生天，這一點對於金帳汗國兩百多年的國運是至關重要的。
在政權初期，金帳汗國依靠伊斯蘭教的勢力逐步鞏固了統治，但皈依伊斯蘭教的僅限於城市中的統治者和貴族。因為草原上的牧民依舊忠於戰鬥民族的傳統，這使得成吉思汗的子孫們在西方完全崩潰的情況下，金帳汗國仍能以征服者的姿態出現。
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