998年中國地圖
喀喇汗國和于闐的第二次有史料記載的衝突則在二十多年之後。971年的喀什噶爾之戰後，喀喇汗國將注意力轉向西部，進攻當時國勢衰弱的薩曼王朝，在992年一度攻下了布哈拉，但因大汗染病而被迫撤退。這次衝突持續時間很長，最終在999年喀喇汗國聯合加茲尼王朝(在阿富汗的另一個突厥人國家)消滅了薩曼王朝。可以確定的是，喀喇汗國的軍隊在這一時期均被牽制在了西線而無力應對於闐的進攻，因此于闐人得以在998年包圍了喀什噶爾。
關於998年對喀什噶爾的圍城，據說于闐人的來勢洶洶，組織了近三萬人的大軍合圍喀什噶爾。駐在喀什噶爾的副汗阿里·阿爾斯蘭起初籠城固守，不久城內爆發饑荒，阿爾斯蘭汗決心背水一戰，一度擊退了于闐軍隊。接著兩軍在英吉沙交戰，阿爾斯蘭汗在此役中戰死。根據維吾爾人的傳說，這位可汗擁有刀槍不入的祕術，唯獨在做禮拜時不頂用。於是乎于闐軍隊就在晨禮時發起突襲，果然將其斬殺。除去刀槍不入的部分，阿爾斯蘭汗是在禮拜時被襲擊而死還是可信的，他的屍體體按照伊斯蘭教習慣便就地掩埋，稱作“奧達木麻扎”（“麻扎”指墳墓），至今還保留在英吉沙附近的沙漠裡。

奧達木麻扎
奧達木麻扎碑文
(奧達木麻扎，和前面的博格拉汗麻扎不同，未有經過修繕。保留了一千多年前的風貌。)
在英吉沙取勝之後，于闐人乘勝追擊再度佔領了喀什噶爾。這時，喀喇汗國對薩曼王朝的戰爭已近尾聲，可以抽出手來對付于闐王國了，汗國從布哈拉派來了優素福·卡迪爾汗，帶領了一隻有四萬餘人的聖戰大軍直撲喀什噶爾，並在1000年收復此城。不久這隻大軍繼續向于闐進發，于闐人進行了殊死的抵抗，聖戰軍包圍了于闐整整一年才將其攻破，隨後將於闐城焚燬，將城池遷移了好幾裡地。
關於于闐城最終的陷落的時間說法不一，根據阿拉伯史家的記載，1006年時優素福·卡迪爾汗已經成為“喀什噶爾和于闐的統治者”。宋史則載“大中祥符二年(公元1009年),其國黑韓王遣回鶻羅廝溫等以方物來獻。”無論如何，在十一世紀初，于闐原有的伊朗人種政權崩潰是事實，當地的統治權轉移到了信仰伊斯蘭教的突厥人手中。

約特幹遺址
約特幹遺址
(和田市附近的約特幹遺址，斯坦因認為這就是1006年左右被穆斯林軍隊摧毀的于闐國都。)
于闐王李聖天和他的兒子李德太子都自奉中國守臣(其實中國的中央政府忙於內戰，根本無法給他們任何援助，只是個名義而已)，也是出色的軍事家，依靠對佛教信仰的忠誠和歸義軍的支援，雖然兵力遠遠遜於喀喇汗王朝卻把它打得落花流水。公元998年，喀喇汗王朝首都喀什噶爾(今伊梨首府)被于闐軍攻佔，阿里。阿爾斯蘭汗戰死。
但是，喀喇汗王朝實際上是伊斯蘭擴張主義者作為東侵的據點，因此中亞穆斯林紛紛派出聖戰者前往中國參戰。巴格達派出將軍賈拉里丁。穆哈提前往中國參戰，他率領的兩萬名遠征軍被認為是征服中國的決定力量，穆哈提的頭銜是“中國總督'，部下有從麥加來的四位大伊瑪目，幾乎是哈立發王朝所能動用的全部精銳了。而喀喇汗王朝被伊斯蘭教主授予“中國王'的稱號(桃花石汗)。這支軍隊在前往中國的路上得到中亞烏茲別克等穆斯林志願軍的加盟，到達伊梨(疏勒)的時候達到了14萬人，不但精銳，而且部隊數量是中國方面的6倍，氣焰囂張。
他們主要都是騎兵，帶來的，就是純血阿拉伯駿馬 -- 也是伊梨古種馬的另一個祖先。但是，于闐軍為主的“中國邊防軍團'巧妙地採用阿史那必寒流傳下來的誘敵深入戰法，在“殉教者嶺'設下埋伏，公元 1000年11月11日，一場激戰，“中國總督”和他部下的四個大伊瑪目(只有什葉派才稱伊瑪目)全部埋骨舍依德(聖戰殉難之墓)麻扎，“聖戰者們像雪崩一樣被殺死'，于闐軍大獲全勝。雖然多年以後于闐和歸義軍在伊斯蘭軍和西夏的夾擊下最終覆滅，伊斯蘭擴張的黃金時機也過去了，中原已經重新出現了強盛的中央政權。伊斯蘭的東侵被遏制在西域，以後在中國的穆斯林，也逐漸轉向比較溫和的遜尼派，喀喇汗朝的人民可以說這一戰改變了東方歷史。
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