《星際爭霸Ⅱ》劇情上延續了《星際爭霸》初代作品的劇情和世界觀，保留了一些《星際爭霸》的兵種與建築，同時一些兵種被賦予了新的技能，一些兵種被淘汰或代替了。舊有兵種、升級兵種以及全新的兵種一一登場，為了各自種族的生存，展開搏殺，戰火燒遍整個星系。
在母巢之戰的四年後，吉姆‧雷諾和他的追隨者組件了反抗組織遊騎兵，他們乘著休伯利安號發動對阿克圖爾斯‧蒙斯克元首的革命，而後者通過宣傳與恐嚇手段，逐漸重掌了帝國的控制權。在追尋神器的過程中，雷諾逐漸發現除了他之外，刀鋒女王凱瑞甘的蟲群、星靈極端分子塔達林等勢力也在覬覦神器碎片，這令他對神器感興趣的同時也越發困惑。在一次搶劫帝國的補給火車的戰役中，雷諾偶然獲得了一個老舊的聯邦“副官”機器人，通過解鎖機器人，他們掌握了蒙斯克利用異蟲打擊舊聯邦首都的罪證。與此同時，數年未見的黑暗聖堂武士澤拉圖突然登上休伯利安旗艦，帶來一顆記錄著有關末日預言的伊翰水晶。
凱瑞甘還在澤拉圖的提醒下，重回蟲族的發祥地，擊敗了原生蟲族，同時獲取了那裡古老的力量，而她也失去了人型，變回了刀鋒女王的外形。但是她仍然保留著人類的理性以及對雷諾的感情。在返回自治聯盟星域之前，她還去摧毀了混元體的實驗室，在那裡她又遇到了納魯德博士(杜蘭)，在殺死納魯德時，她感受到了薩爾娜迦的強大力量，不過她認為眼下的主要任務是復仇蒙斯克。最終蟲族大軍攻入了克哈星——自治聯盟的主星。蒙斯克企圖用靈能干擾器消滅蟲族，但原生蟲族的部隊不受其影響，它們摧毀了干擾器，蟲族大軍順利攻入了首都。這時，雷諾的部隊也趕來幫忙，凱瑞甘順利的攻入了蒙斯克的宮殿，此時蒙斯克十分淡定，因為他還有薩爾娜迦神器做最後的王牌。凱瑞甘幾乎被神器殺死，在緊要關頭，雷諾出現了，他擊倒了蒙斯克，破壞了神器的操作裝置，凱瑞甘則親自對蒙斯克進行了靈能侵襲。
人類與星靈建立起了和平的盟約，人類擴張了自己的領土，星靈也在艾爾上發展自己的世界。而異蟲在扎加拉的領導下，也佔領了查爾星周邊的眾多星球。但是再也沒有人看見吉姆·雷諾，人們都不知道他去哪了。同時，人們也發現在宇宙中眾多荒蕪的星球上，產生了生機，這些奇蹟是如何發生的，至今也無法解釋。星靈的觀察者建造出來就會隱形，但無法實施攻擊行動。母艦可隱形自己一圈的單位，但無法隱形自己和其他的母艦。星靈的隱形一直就是持續的。異蟲雖然不會隱形，但蟲族的地上單位會鑽地，效果猶如隱形，但鑽地時無法攻擊和移動，也會被敵人偵測出來，鑽地後可隨時鑽出地面來。
《星際爭霸2》的畫面效果、生效、上手體驗以及耐玩性都獲得了很高的評價，但是在主線劇情上，暴雪將《星際爭霸2》的故事分成了一個三部曲，這一做法有利有弊，從《蟲群之心》的正式發售開始，證實了大型資料片比起小型DLC更容易獲得玩家的認可；而《虛空之遺》的泛用性評價更高，人能夠同時被休閒玩家和核心對戰玩家接受，被評為最好玩的一個版本，其執政官模式和任務合作模式兼顧了兩類玩家的需求。