番茄酸甜可口，容易烹調，生吃熟吃均可。無論中餐的番茄燉牛腩、番茄炒雞蛋，還是西餐的番茄沙司番茄醬，總能為美食錦上添花。但對某些人來說，吃得太多太頻繁，也會對人體產生明顯的副作用。
番茄過敏人士。儘管很多人不知道，但番茄的確是已知過敏原之一。在易感人群中會引起打噴嚏、溼疹、皮疹等問題，及紅眉毛、眼瞼，咽喉瘙癢和口腔、面部腫脹等不同症狀。某些情況下，即使僅接觸番茄也會引起某些人的過敏反應（如皮炎）。歐洲食品安全局稱，吃過量番茄會造成某些金屬元素在體內的積累，從而對某些敏感人群造成不良影響。例如，鎳是被汙染番茄中常見的重金屬之一，短期接觸會引起過敏反應，長期暴露則對實驗中的動物發育和生殖產生影響。
腎功能障礙人士。美國衛生和公共服務部指出，有腎臟問題的人應減少鉀攝入量，而番茄含高濃度的鉀。也有人擔心，番茄及其製品，特別是番茄醬中的草酸，也是具有潛在風險的化合物，大量攝入時與體內的鈣結合，可能會對腎結石的形成和復發產生不利影響。不過，這種影響還有待流行病學研究進一步證實。
胃食管反流病/胃灼熱人士。胃食管反流病主要與飲食習慣相關，食用番茄及其加工製品則是誘發和加重胃食管反流病的主要原因之一。在這種疾病狀態下，大量的胃酸返流到食道中，從而引起胸部、喉嚨的反酸味和灼痛感。番茄中存在的檸檬酸和蘋果酸，很可能是導致易感個體和高頻番茄消費者患病的主要誘因。
腸易激綜合徵患者。腸易激綜合徵是一種常見的胃腸道疾病，症狀主要包括排便異常、腹脹、腹痛和便祕或腹瀉的頻繁發作，而不良的飲食習慣是引發這種疾病的最重要因素。番茄的致敏性可能引發一些人的腸道問題。同時，番茄的皮和種子可能會對某些人的腸胃造成刺激，從而導致腹脹、腹瀉。
容易胃痛和腹痛人士。未成熟的綠色番茄中含有生物鹼——茄鹼，它具有一定毒性，以幫助植物抵擋昆蟲、真菌和細菌的侵害。隨番茄成熟，生物鹼的含量會降低。但對某些敏感者來說，大量進食番茄，仍可能導致胃腸道不適和疼痛。
尿失禁和膀胱炎人士。酸味的食品，如水果、蔬菜和飲料等，通常被認為是潛在的膀胱刺激物，對部分敏感人群來說，可能會增加尿失禁風險，有酸味的番茄也不例外。
過量食用某些食物，包括番茄、巧克力、含咖啡因的飲料，以及某些人造甜味劑，都可能引起膀胱炎，並加劇膀胱疾病的症狀。也有研究顯示，番茄及其加工製品對疼痛性膀胱綜合徵有不良影響。
偏頭痛者。飲食被認為是影響偏頭痛發病、加重的誘發因素之一。在170例偏頭痛患者的病例對照研究中發現，在病例組中包括番茄在內的幾種蔬菜的食用量顯著更高。也有實驗表明，食用番茄對偏頭痛的發病具有明顯影響。
擔心皮膚變色的人。番茄是番茄紅素的豐富來源，番茄紅素是種有效的抗氧化劑。 然而，食用大量番茄會導致個體血液和血漿中含有過量的番茄紅素，從而導致皮膚變色發紅，稱為番茄紅素血癥。
不過，番茄作為一種低能量密度、高營養素密度、富含抗氧化劑的食物，對大多數健康人來說，每天吃個番茄，或吃一勺番茄醬，是個很健康的飲食習慣。
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