對後代的學者來說，牛頓決定潛心研究神學和鍊金術往往令他們費解，那種行徑就好像他決定不再投稿《自然》，開始為山達基教撰寫文宣一樣。不過，那樣評斷牛頓，就忽略了科學主體的真正範疇，因為牛頓之所以辛勤地投入物理學、神學和鍊金術的研究，其實可以用一個共同的目標一言以蔽之：為了探究世界的真相。
稍微思考一下牛頓的辛勤探索其實很有趣－－不是因為那些探索證明是對的，也不是因為那些探索證明牛頓有時候很瘋狂，而是因為它們突顯出科學探索最後究竟是成果豐碩、還是徒勞無功，往往只是一線之隔。
牛頓實驗室失火
聖經承諾上天會對虔誠的人揭示真相，雖然單純閱讀文本時，某些元素不是那麼顯而易見，不過牛頓依然相信聖經的承諾。他也相信，以前的虔誠信徒，包括瑞士醫生帕拉賽瑟斯（Paracelsus）之類的卓越煉金術士，已經推測出重要的見解，並以暗碼的形式把那些見解寫在他們的作品中，以避免不虔誠的人知道。牛頓推演出萬有引力定律以後，他甚至開始相信摩西、畢達哥拉斯、柏拉圖都比他早知道那個定律。
由於牛頓天賦過人，他想以數學來分析聖經其實是可以理解的。他的研究促使他算出創世、諾亞方舟，以及其他聖經事件的確切日期。此外，他也根據聖經預測了世界末日，並持續修正他的算法。最後幾次預測中，他有一次預測世界末日是介於 2060 年到 2344 年之間。（不知道那會不會證實是真的，但怪的是，那確實和全球氣候變遷的一些情境非常吻合。）
牛頓預測世界末日是介於2060年到2344年之間。
此外，牛頓也開始懷疑一些聖經段落的真實性，並深信有一樁龐大的騙局為了支持耶穌是上帝的概念，而破壞了早期教會的傳承，他覺得那個概念是一種偶像崇拜。總之，他不相信三位一體，這實在有點諷刺，畢竟他是三一學院的教授。他抱持這樣的觀念也很危險，因為萬一有心人士得知他的觀點，他肯定會因此失去教職，或許還會失去更多的東西。不過，儘管牛頓投入很多心血去重新詮釋基督教，他對於公開自己的研究極其小心謹慎。（但牛頓認為，他最重要的研究其實是宗教研究，而不是科學方面的革新。）
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