這部電影以陳永仁殉職為分割點，在描述了劉建明“洗地”失敗的過程中插入陳永仁的零星片段。
2002年5月，陳永仁殉職前6個月。阿強在按摩店惹了麻煩，叫過來陳永仁砸了店，打傷人。阿強因為陳永仁下手太重而絮絮叨叨，像《大話西遊》裡的唐僧，結果被“至尊寶”陳永仁在電梯裡扁。
2002年6月14日，內地不法商人兄弟（其實是公安）沈澄沈亮來找韓琛談生意。韓琛因為對沈澄和陳永仁的不信任，指使陳永仁毆打了沈亮。兩人被正在調查沈澄的總督察楊錦榮抓捕。
此時，黃志成的女兒滿月，劉建明的妻子懷孕。
逃過一劫的陳永仁在黃志成運作之後去看心理醫生（李心兒），才不至於被律政司抓去坐牢。陳永仁接受心理醫生治療週期為6個月，陳永仁擔心被醫生催眠，一開始不配合，之後一來醫生那兒就睡覺，並與醫生互生情愫。
期間，傻強和陳永仁與沈澄談定軍火生意。之後陳永仁跟蹤韓琛到圖書館，並發現他和楊錦榮會面（此時陳永仁不認識楊錦榮）。
交貨那天，陳永仁被韓琛出賣，軍火被掉包，陳永仁，楊錦榮，沈澄不打不相識，原來三人都是警察。交易失敗後，沈澄回去內地，陳永仁回去復明。
2002年11月，陳永仁將藏在一家音像店的毒品取出，並賣給了劉建明一臺膽機（此時兩人也並不認識）。
之後便是第一部的情節了，韓琛犯罪集團被破獲，陳永仁殉職。
2002年12月，陳永仁殉職後10天，楊錦榮和沈澄一起來祭拜陳永仁。
劉建明在接受調查期間在庶務部工作。
2003年10月，劉建明憑藉一手“寫報告”的能力騙過了所有人，成功使自己脫罪，並官復原職。
2003年的9月某天，保安科楊錦榮用毒品脅迫夜店老闆栽贓兩個軍火販子（毒品應該是陳永仁從音像店取出交給韓琛，再由韓琛給的楊錦榮）。
之後在保安科，陳俊警長在楊錦榮面前自殺，陳俊後來被證實是韓琛的人，楊錦榮則被“放了一個月假”。
10月，劉建明到了內務部，繼續調查臥底，因為陳俊自殺，所以劉建明懷疑楊錦榮也是臥底。之後又在證物室發現楊錦榮和沈澄的合照。結合另一名被殺臥底大B（林國平）所說，共有5名臥底，而楊錦榮就應該是最後一位沒露面的臥底了。只要幹掉楊錦榮，自己的祕密就不會暴露。
11月，李心兒回到香港，到墳前看望陳永仁，悲傷得不能自已，找來劉建明傾訴。當天，劉建明偷走其電腦，想查看陳永仁的資料，並開始監視楊錦榮。
與此同時，沈澄再次來到香港，配合楊錦榮調查劉建明。
楊錦榮從保險櫃中取出一盒錄音帶，外出投入信箱，劉建明取不出便燒燬了信箱，這一幕被沈澄看到。
過了幾天，李心兒給劉建明打電話稱收到陳永仁的寄的錄音帶。劉建明隨後趕到，在載著李心兒去往警局的途中發生了車禍，並在醫院產生了幻覺，劉建明漸漸地把自己當成了陳永仁。李心兒發現了劉建明的異常，催眠了他並發現了其祕密。劉建明打暈李心兒後，潛入楊錦榮辦公室取走其保險櫃裡的錄音帶，計劃以此抓捕楊錦榮。
警局內，眾人當面對質，劉建明把自己當成了陳永仁，把楊錦榮當成了劉建明，拿著劉建明臥底的證據要抓捕楊錦榮。承受了大半年壓力的劉建明崩潰了，幹掉了楊錦榮，並自殺未遂，終生癱瘓。
楊錦榮其實也是韓琛的臥底，不過是“雙面間諜”，他比劉建明要聰明，更比陳俊，林國平聰明，而且記性也好，他記得一起進入警校的劉建明，記得警校的陳永仁，所以他職位最高。他這一身份應該他的上司也知道，他們利用這一優勢繼續挖除了劉建明這一隱藏最深的臥底。
下一篇文章我會把《無間道》三部曲按時間順序串一遍，溫故而知新嘛^。^