如果修改後的"規章制度"與"勞動合同"有不一致的條款，建議企業同時和員工協商變更勞動合同相應條款。
根據《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題（二）》第16條規定，用人單位指定的內部規章制度與勞動合同約定的內容不一致的，勞動者如請求優先適用合同約定，人民法院應予支持。這裡勞動者有了一個選擇的權利，如果規章制度的規定對勞動者更為有利，勞動者當然也可以主張按照規章制度執行。這樣一來，用人單位就落到了相對被動的境地。
還有些用人單位把規章制度作為勞動合同的附件，這樣一來，修改規章制度內容實際上就是變更勞動合同，需要經合同雙方協商一致，給用人單位造成很多不必要的麻煩。
參考法規：
1.《勞動合同法》第4條；
2.《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題（二）》第16條；
3.《勞動合同法》第35條。
例：
王某自2008年起在一家公司工作，與公司簽訂的勞動合同期限到2010年2月，約定了她的工資是5,000元。勞動合同同時寫明"如果公司的工資制度發生變化或者員工的工作崗位變動，按照新的工資標準確定"。
2009年6月公司以規範管理薪酬體系為由，實施新的《績效管理方案》，方案將員工的工資改為基本工資和績效工資兩部分，績效工資由員工完成的工作數量和質量來折算。王某的月基本工資降為3,000元，經過三個月的運行，王某的工資逐月降低。王某非常不滿，多次提出異議，但公司認為公司有權制定新的規章制度。於是王某提起了勞動仲裁，要求公司支付差額部分的工資以及解除勞動合同的經濟補償金。
解：
本例提示了以下法律要點：
如果用人單位未與勞動者協商一致，用人單位不能通過修改規章制度的方式來排除勞動合同中約定的條款的適用。
根據《勞動合同法》第35條的規定，"用人單位與勞動者協商一致，可以變更勞動合同約定的內容。變更勞動合同，應當採用書面形式。"用人單位未經勞動者同意，不能擅自降薪。按照《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋（二）》第16條的規定，用人單位制定的內部規章制度與集體合同或者勞動合同約定的內容不一致，勞動者請求優先適用合同約定的，人民法院應予支持。
因此，規章制度的修改如果與勞動合同不一致，且這種不一致對員工不利時，勞動者可以選擇適用合同而不適用新的制度。
本例中，修改後的規章制度在實際上降低了王某的勞動報酬，因此王某有權要求適用合同的規定而不適用規章制度的規定。
操作提示：
1）在勞動者簽收新制度時，讓其書面確認：同意執行新的規章制度，新的規章制度與原規章制度或勞動合同不一致的，以新的規章制度為準。
2）建議用人單位在勞動合同中約定："當勞動合同與規章制度衝突時，適用規章制度的規定。"