李世民是李淵最愛的兒子，給他起名世民就是希望他能濟世安民，對他寄予了很高的期望，李淵在太原搞事，身邊帶的就是李世民，而不是老大李建成和老三李元吉，可見李淵對他的器重。正是李世民和劉文靜促使李淵下了起義的決心。李淵起兵半路遇到大雨準備撤回家，李世民在轅門外哭著跪了好幾個時辰勸諫方才讓李淵改變了主意。然後父子幾個齊心協力進了長安城，此時是李世民和李淵的蜜月期。但是這個時間並不長。
武德二年的劉文靜事件標誌著李淵和李世民之間已經有了隔閡。劉文靜是李世民的重要謀臣，也是最早太原起兵的元老，向突厥稱臣借兵就是他一手搞的。李唐建國後，劉文靜的地位卻低於一同起事的裴寂，因此心存怨恨，多次跟裴寂作對，結果被李淵殺了。李淵殺劉文靜的時候李世民多次給劉文靜求情，而且有關部門的調查結果也證實劉文靜罪不至死，可是李淵仍然一意孤行將劉文靜殺了。其實李淵殺掉劉文靜就是剪除想李世民的羽翼，可謂殺雞駭猴。
武德三年，李世民奉詔征討王世充，打下洛陽之後開始籌建自己的軍政班子，遲遲不入長安，將洛陽的珍寶美人都賞賜了親信嫡系，李淵無可奈何，只好派張婕妤和尹德妃以接收洛陽宮人的名義前去監視李世民的一舉一動，可是李淵的命令在洛陽根本沒人聽。李神通被李世民賜了一塊地，李淵故意讓尹德妃的父親和他要，還親自下詔讓李神通讓給尹德妃父親，結果李神通說，這是秦王給我的，我不能再退出來。此時李淵已經洞察了李世民的狼子野心，跟裴寂說，我這個兒子已經不是以前我認識的李世民了，他有了二心。
所以李世民入長安後，秦王府是和太子府以及李淵分庭抗禮的，各單位接到誰的命令早聽誰的，李淵的詔令並不比秦王府和太子府的命令佔優勢。因此李淵為了增強皇權，開始了對李建成和李世民的處處打壓，楊文幹事件就是李淵精心策劃的一石二鳥之計，同時打壓了太子府和秦王府。但是李建成和李世民經過多年的苦心經營，羽翼已成，不是一時半會就能解決的。所以李淵只好向秦王府拋石頭摻沙子挖牆腳，把李世民的嫡系貶黜的貶黜，外調的外調，準備等李世民成為光桿司令時一舉拿下，沒想到卻被李世民冒險一搏逆轉局面。
李淵為啥對李世民從極度寵愛變成極度討厭，直至對他起了殺心，就是因為李淵對李世民的定位並非皇帝繼承人，而是和李孝恭李靖等一樣的將帥。但是李世民對自己的定位卻是成為九五之尊黃袍加身，所以父子二人關係日趨惡劣。其實李淵對李建成也不喜歡，但是為何他要力挺李建成，因為李建成相對溫和，而且李建成的定位就是皇位繼承人。李世民對於李建成的劣勢，就是晚生了幾年，這就叫輸在了起跑線上。